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- PDB-2z3b: Crystal Structure of Bacillus Subtilis CodW, a non-canonical HslV... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2z3b
タイトルCrystal Structure of Bacillus Subtilis CodW, a non-canonical HslV-like peptidase with an impaired catalytic apparatus
要素ATP-dependent protease hslV
キーワードHYDROLASE / N-terminal nucleophile hydrolase
機能・相同性
機能・相同性情報


HslUV protease complex / proteasome core complex / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; セリンエンドペプチターゼ / threonine-type endopeptidase activity / serine-type peptidase activity / proteolysis involved in protein catabolic process / metal ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
ATP-dependent protease, HslV subunit / Aminohydrolase, N-terminal nucleophile (Ntn) domain / Glutamine Phosphoribosylpyrophosphate, subunit 1, domain 1 / Proteasome B-type subunit / Proteasome beta-type subunit profile. / Proteasome subunit / Proteasome, subunit alpha/beta / Nucleophile aminohydrolases, N-terminal / 4-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ATP-dependent protease subunit ClpQ
類似検索 - 構成要素
生物種Bacillus subtilis (枯草菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Rho, S.H. / Park, H.H. / Kang, G.B. / Lim, Y.J. / Kang, M.S. / Lim, B.K. / Seong, I.S. / Chung, C.H. / Wang, J. / Eom, S.H.
引用ジャーナル: Proteins / 年: 2007
タイトル: Crystal structure of Bacillus subtilis CodW, a noncanonical HslV-like peptidase with an impaired catalytic apparatus
著者: Rho, S.H. / Park, H.H. / Kang, G.B. / Im, Y.J. / Kang, M.S. / Lim, B.K. / Seong, I.S. / Seol, J. / Chung, C.H. / Wang, J. / Eom, S.H.
履歴
登録2007年6月3日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02008年3月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22017年10月11日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.32024年3月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ncs_dom_lim / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ATP-dependent protease hslV
B: ATP-dependent protease hslV
C: ATP-dependent protease hslV
D: ATP-dependent protease hslV
E: ATP-dependent protease hslV
F: ATP-dependent protease hslV
G: ATP-dependent protease hslV
H: ATP-dependent protease hslV
I: ATP-dependent protease hslV
J: ATP-dependent protease hslV
K: ATP-dependent protease hslV
L: ATP-dependent protease hslV
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)232,74224
ポリマ－232,46612
非ポリマー27612
水4,522251
1
A: ATP-dependent protease hslV
B: ATP-dependent protease hslV
C: ATP-dependent protease hslV
D: ATP-dependent protease hslV
E: ATP-dependent protease hslV
F: ATP-dependent protease hslV
ヘテロ分子

A: ATP-dependent protease hslV
B: ATP-dependent protease hslV
C: ATP-dependent protease hslV
D: ATP-dependent protease hslV
E: ATP-dependent protease hslV
F: ATP-dependent protease hslV
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)232,74224
ポリマ－232,46612
非ポリマー27612
水21612
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_556-x,y,-z+11
Buried area37030 Å2
ΔGint-316.9 kcal/mol
Surface area72500 Å2
手法PISA
2
G: ATP-dependent protease hslV
H: ATP-dependent protease hslV
I: ATP-dependent protease hslV
J: ATP-dependent protease hslV
K: ATP-dependent protease hslV
L: ATP-dependent protease hslV
ヘテロ分子

G: ATP-dependent protease hslV
H: ATP-dependent protease hslV
I: ATP-dependent protease hslV
J: ATP-dependent protease hslV
K: ATP-dependent protease hslV
L: ATP-dependent protease hslV
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)232,74224
ポリマ－232,46612
非ポリマー27612
水21612
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-x,y,-z1
Buried area36880 Å2
ΔGint-329.3 kcal/mol
Surface area73650 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)185.050, 106.800, 152.700
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 112.00, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
31C
41D
51E
61F
12G
22H
32I
42J
52K
62L

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Beg auth comp-ID: SER / Beg label comp-ID: SER / End auth comp-ID: GLU / End label comp-ID: GLU / Refine code: 5 / Auth seq-ID: 1 - 180 / Label seq-ID: 1 - 180

Dom-IDEns-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
11AA
21BB
31CC
41DD
51EE
61FF
12GG
22HH
32II
42JJ
52KK
62LL

NCSアンサンブル:
ID
1
2

-
要素

#1: タンパク質
ATP-dependent protease hslV / ATP-DEPENDENT PROTEASE CODW


分子量: 19372.135 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bacillus subtilis (枯草菌) / 遺伝子: CODW / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: P39070, 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; スレオニンエンドペプチターゼ
#2: 化合物
ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 251 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.01 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.12 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.4
詳細: NA HEPES, NA CITRATE, pH 7.40, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293.0K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PAL/PLS / ビームライン: 6B / 波長: 1.12714 / 波長: 1.12714 Å
検出器タイプ: MACSCIENCE / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2001年6月27日 / 詳細: MIRRORS
放射モノクロメーター: DOUBLE CRYSTAL MONOCHROMATOR / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.12714 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→30 Å / Num. all: 90904 / Num. obs: 90904 / % possible obs: 95.3 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / Rsym value: 0.055 / Net I/σ(I): 17.2
反射 シェル解像度: 2.5→2.54 Å / Mean I/σ(I) obs: 2.76 / % possible all: 88.5

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS精密化
REFMAC5.1.24精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.5→29.88 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.941 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.911 / SU B: 13.403 / SU ML: 0.272 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.531 / ESU R Free: 0.3 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.265 4576 5 %RANDOM
Rwork0.226 ---
all0.228 86652 --
obs0.228 86652 95.4 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 11.07 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.07 Å20 Å2-0.06 Å2
2--0 Å20 Å2
3----0.12 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→29.88 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数16308 0 12 251 16571
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.017
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.001
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.528
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg2.061
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.417
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数タイプRms dev position (Å)Weight position
11A1061medium positional0.170.5
12B1061medium positional0.320.5
13C1061medium positional0.210.5
14D1061medium positional0.230.5
15E1061medium positional0.320.5
16F1061medium positional0.230.5
21G1061medium positional0.220.5
22H1061medium positional0.260.5
23I1061medium positional0.210.5
24J1061medium positional0.240.5
25K1061medium positional0.250.5
26L1061medium positional0.250.5
11A1583loose positional0.365
12B1583loose positional0.665
13C1583loose positional0.435
14D1583loose positional0.55
15E1583loose positional0.465
16F1583loose positional0.395
21G1583loose positional0.45
22H1583loose positional0.655
23I1583loose positional0.45
24J1583loose positional0.415
25K1583loose positional0.45
26L1583loose positional0.415
11A1061medium thermal0.842
12B1061medium thermal1.032
13C1061medium thermal1.022
14D1061medium thermal1.192
15E1061medium thermal1.052
16F1061medium thermal0.992
21G1061medium thermal0.862
22H1061medium thermal0.872
23I1061medium thermal0.832
24J1061medium thermal0.92
25K1061medium thermal0.872
26L1061medium thermal1.042
11A1583loose thermal1.0710
12B1583loose thermal1.3910
13C1583loose thermal1.3510
14D1583loose thermal1.3310
15E1583loose thermal1.4310
16F1583loose thermal1.2410
21G1583loose thermal1.0310
22H1583loose thermal1.0810
23I1583loose thermal1.0510
24J1583loose thermal1.1510
25K1583loose thermal1.1410
26L1583loose thermal1.2110
LS精密化 シェル解像度: 2.5→2.56 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rfree0.352 289
Rwork0.336 5768

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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