PDB-2z1c: Crystal structure of HypC from Thermococcus kodakaraensis KOD1

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2z1c

タイトル

Crystal structure of HypC from Thermococcus kodakaraensis KOD1

要素

Hydrogenase expression/formation protein HypC

キーワード

CHAPERONE / METAL BINDING PROTEIN / [NiFe] hydrogenase maturation / OB-fold

機能・相同性

機能・相同性情報

carbon dioxide binding / protein maturation / iron ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Thermococcus kodakarensis (古細菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

多重同系置換・異常分散 / 解像度: 1.8 Å

データ登録者

Watanabe, S. / Matsumi, R. / Arai, T. / Atomi, H. / Imanaka, T. / Miki, K.

引用

ジャーナル: Mol.Cell / 年: 2007
タイトル: Crystal Structures of [NiFe] Hydrogenase Maturation Proteins HypC, HypD, and HypE: Insights into Cyanation Reaction by Thiol Redox Signaling
著者: Watanabe, S. / Matsumi, R. / Arai, T. / Atomi, H. / Imanaka, T. / Miki, K.

履歴

登録	2007年5月8日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2007年7月17日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年4月30日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.3	2024年3月13日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2z1c.cif.gz	54.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2z1c.ent.gz	40.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2z1c.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	2z1c_validation.pdf.gz	464.6 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2z1c_full_validation.pdf.gz	469.9 KB	表示
XML形式データ	2z1c_validation.xml.gz	11.3 KB	表示
CIF形式データ	2z1c_validation.cif.gz	15.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/z1/2z1c ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/z1/2z1c	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2z1dC 2z1eC 2z1fC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	2kzi-d 5z1v-1 1ss1-d 4ive-6 6qfj-5 4ltk-1 165d-d 2y4q-d 2k5n-d 3ig9-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#32 - 2002年8月シャペロン (Chaperones) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Hydrogenase expression/formation protein HypC

B: Hydrogenase expression/formation protein HypC

C: Hydrogenase expression/formation protein HypC

ヘテロ分子

25.1 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Hydrogenase expression/formation protein HypC

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
8.36 kDa, 1 ポリマー
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2

B: Hydrogenase expression/formation protein HypC

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
8.46 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

3

C: Hydrogenase expression/formation protein HypC

登録者が定義した集合体
8.26 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	78.237, 59.130, 53.973
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 109.01, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-235- HOH

#1: タンパク質	Hydrogenase expression/formation protein HypC 分子量: 8264.673 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Thermococcus kodakarensis (古細菌) 株: KOD1 / 遺伝子: hypC / プラスミド: pET21a(+) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q5JII0
#2: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#3: 化合物	ChemComp-PG4 / TETRAETHYLENE GLYCOL / テトラエチレングリコ-ル分子量: 194.226 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₁₈O₅ / コメント: 沈殿剤*YM
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 106 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.38 Å³/Da / 溶媒含有率: 48.3 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.5 詳細: 0.1M citrate acid, pH 4.3-4.5, 100-600mM NaBr, 17-20% PEG4000, 20% Glycerol, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: AR-NW12A / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2003年10月28日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.8→50 Å / Num. obs: 21035 / % possible obs: 97.3 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.3 % / B_iso Wilson estimate: 31.7 Å² / R_sym value: 0.035 / Net I/σ(I): 31.3
反射シェル	解像度: 1.8→1.86 Å / Mean I/σ(I) obs: 4.3 / R_sym value: 0.213 / % possible all: 93.8

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.2.0005	精密化
HKL-2000		データ収集
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
SOLVE		位相決定

精密化

構造決定の手法:

多重同系置換・異常分散 / 解像度: 1.8→46.18 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.939 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.929 / SU B: 6.145 / SU ML: 0.096 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / Isotropic thermal model: isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.149 / ESU R Free: 0.134

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.246	1045	5 %	RANDOM
R_work	0.222	-	-	-
obs	0.223	21030	97.06 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 48.431 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.98 Å²	0 Å²	0.57 Å²
2-	-	2.52 Å²	0 Å²
3-	-	-	-1.16 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.8→46.18 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1601	0	19	106	1726

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.007	0.022	1647
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.331	1.975	2229
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.11	5	211
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	35.404	25.517	58
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	16.608	15	269
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	11.393	15	5
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.085	0.2	260
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.02	1200
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.21	0.2	725
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.307	0.2	1110
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.13	0.2	104
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.204	0.2	54
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.183	0.2	14
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.749	1.5	1087
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.22	2	1706
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.268	3	629
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.7	4.5	523

LS精密化シェル

解像度: 1.8→1.847 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.269	74	-
R_work	0.234	1380	-
obs	-	-	93.15 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	5.051	-2.6275	-2.0812	3.0967	0.7008	5.8446	-0.0437	-0.0392	-0.2644	0.0544	-0.1593	0.0096	0.389	0.4216	0.203	-0.1618	0.0706	-0.0277	-0.2289	0.0022	-0.2506	24.8681	8.37	35.8536
2	11.1879	-4.4656	1.0008	4.915	-1.8564	4.3541	-0.3554	0.0912	0.6165	0.2889	0.0525	-0.5431	-0.3755	0.2346	0.3028	-0.1776	0.0111	-0.0491	-0.2655	0.0411	-0.1636	11.4826	29.8777	30.7015
3	16.9249	-2.2908	-8.5231	12.2695	7.4772	18.1589	-0.9975	-3.0185	-1.0579	1.6123	0.2268	0.2281	1.201	0.7803	0.7707	0.3779	0.4519	0.2368	0.7643	0.6533	0.1148	-5.3717	20.5817	51.8628
4	18.1931	3.2311	-6.1957	15.8413	-9.9815	12.5089	-0.1617	-1.6843	-2.4582	0.4868	0.4297	1.2608	0.524	-0.1522	-0.2679	-0.1066	0.0317	0.0665	-0.0716	0.3064	0.3633	2.4745	14.9793	35.5922

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	A	3 - 72	3 - 72
2	X-RAY DIFFRACTION	2	B	B	2 - 75	2 - 75
3	X-RAY DIFFRACTION	3	C	C	3 - 51	3 - 51
4	X-RAY DIFFRACTION	4	C	C	53 - 75	53 - 75

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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