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万見
- PDB-2z0o: Crystal structure of APPL1-BAR-PH domain -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2z0o
タイトルCrystal structure of APPL1-BAR-PH domain
要素DCC-interacting protein 13-alpha
キーワードSIGNALING PROTEIN / helix bundle / Cell cycle / Coiled coil / Endosome / Membrane / Nucleus / Phosphorylation / Structural Genomics / NPPSFA / National Project on Protein Structural and Functional Analyses / RIKEN Structural Genomics/Proteomics Initiative / RSGI
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of Fc-gamma receptor signaling pathway involved in phagocytosis / positive regulation of macropinocytosis / adiponectin-activated signaling pathway / macropinosome / regulation of fibroblast migration / protein kinase B binding / regulation of D-glucose import / maintenance of synapse structure / signaling / positive regulation of melanin biosynthetic process ...negative regulation of Fc-gamma receptor signaling pathway involved in phagocytosis / positive regulation of macropinocytosis / adiponectin-activated signaling pathway / macropinosome / regulation of fibroblast migration / protein kinase B binding / regulation of D-glucose import / maintenance of synapse structure / signaling / positive regulation of melanin biosynthetic process / regulation of toll-like receptor 4 signaling pathway / early phagosome / Caspase activation via Dependence Receptors in the absence of ligand / positive regulation of cytokine production involved in inflammatory response / vesicle membrane / cellular response to hepatocyte growth factor stimulus / intracellular vesicle / regulation of innate immune response / phosphatidylserine binding / beta-tubulin binding / regulation of G1/S transition of mitotic cell cycle / regulation of protein localization to plasma membrane / ruffle / transforming growth factor beta receptor signaling pathway / phosphatidylinositol binding / positive regulation of D-glucose import / protein import into nucleus / insulin receptor signaling pathway / presynapse / early endosome membrane / cytoplasmic vesicle / postsynapse / early endosome / endosome membrane / endosome / glutamatergic synapse / protein-containing complex binding / signal transduction / protein homodimerization activity / extracellular exosome / identical protein binding / membrane / nucleus / plasma membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
APPL1, BAR domain / : / : / : / BAR domain of APPL family / Arfaptin homology (AH) domain/BAR domain / BAR domain / Phosphotyrosine interaction domain (PTB/PID) / Phosphotyrosine interaction domain (PID) profile. / Phosphotyrosine-binding domain, phosphotyrosine-interaction (PI) domain ...APPL1, BAR domain / : / : / : / BAR domain of APPL family / Arfaptin homology (AH) domain/BAR domain / BAR domain / Phosphotyrosine interaction domain (PTB/PID) / Phosphotyrosine interaction domain (PID) profile. / Phosphotyrosine-binding domain, phosphotyrosine-interaction (PI) domain / PTB/PI domain / AH/BAR domain superfamily / Substrate Binding Domain Of Dnak; Chain:A; Domain 2 / Pleckstrin-homology domain (PH domain)/Phosphotyrosine-binding domain (PTB) / PH-domain like / PH domain / PH domain profile. / Pleckstrin homology domain. / Pleckstrin homology domain / PH-like domain superfamily / Roll / Up-down Bundle / Mainly Beta / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
DCC-interacting protein 13-alpha
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.58 Å
データ登録者Murayama, K. / Kato-Murayama, M. / Terada, T. / Shirouzu, M. / Yokoyama, S. / RIKEN Structural Genomics/Proteomics Initiative (RSGI)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of APPL1-BAR-PH domain
著者: Murayama, K. / Kato-Murayama, M. / Terada, T. / Shirouzu, M. / Yokoyama, S.
履歴
登録2007年5月7日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02008年5月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DCC-interacting protein 13-alpha


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,0021
ポリマ－45,0021
非ポリマー00
水1,24369
1
A: DCC-interacting protein 13-alpha

A: DCC-interacting protein 13-alpha


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)90,0042
ポリマ－90,0042
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-x,-y,z1
Buried area13160 Å2
ΔGint-102 kcal/mol
Surface area34900 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)103.449, 111.003, 36.853
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212

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要素

#1: タンパク質 DCC-interacting protein 13-alpha / APPL1 / Dip13-alpha / Adapter protein containing PH domain / PTB domain and leucine zipper motif 1


分子量: 45002.203 Da / 分子数: 1 / 断片: residues 1-385 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / プラスミド: PX061018-05 / 発現宿主: cell-free protein synthesis (unknown) / 参照: UniProt: Q9UKG1
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 69 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.35 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.68 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: 25% PEG3350, 0.2M Ammonium acetate, 0.1M Bis-tris, 0.3M Non-Detergent Sulfo-betaine 195, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: AR-NW12A / 波長: 0.9792, 0.964, 0.97942
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2006年12月2日
放射プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.97921
20.9641
30.979421
反射解像度: 2.58→30.7 Å / Num. obs: 13536 / % possible obs: 98.1 % / Observed criterion σ(F): -3 / 冗長度: 4.5 % / Biso Wilson estimate: 44 Å2 / Rsym value: 0.073 / Net I/σ(I): 14.1
反射 シェル解像度: 2.58→2.67 Å / Rsym value: 0.17 / % possible all: 99

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS1.1精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
SOLVE位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2.58→30.7 Å / Rfactor Rfree error: 0.008 / Data cutoff high absF: 1036991.96 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.299 1377 10.2 %RANDOM
Rwork0.235 ---
obs0.235 13508 97.3 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 42.9513 Å2 / ksol: 0.37266 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 44.6 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--4.87 Å20 Å20 Å2
2--8.4 Å20 Å2
3----3.52 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.47 Å0.34 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.46 Å0.32 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.58→30.7 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2848 0 0 69 2917
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.007
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.1
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d19
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.71
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.341.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it2.262
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it2.142
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it3.22.5
LS精密化 シェル解像度: 2.58→2.74 Å / Rfactor Rfree error: 0.027 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.381 195 9.8 %
Rwork0.292 1787 -
obs--87.5 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1protein_rep.paramprotein.top
X-RAY DIFFRACTION2water_rep.paramwater.top
X-RAY DIFFRACTION3ion.paramion.top

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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