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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2z0g | ||||||
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タイトル | The crystal structure of PII protein | ||||||
![]() | Nitrogen regulatory protein P-II | ||||||
![]() | SIGNALING PROTEIN / Nitrogen regulatory protein / Nucleotide-binding / Transcription / Transcription regulation / Structural Genomics / NPPSFA / National Project on Protein Structural and Functional Analyses / RIKEN Structural Genomics/Proteomics Initiative / RSGI | ||||||
機能・相同性 | ![]() | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Sakai, H. / Shinkai, A. / Kitamura, Y. / Kuramitsu, S. / Yokoyama, S. / RIKEN Structural Genomics/Proteomics Initiative (RSGI) | ||||||
![]() | ![]() タイトル: The crystal structure of PII protein 著者: Sakai, H. / Shinkai, A. / Kitamura, Y. / Kuramitsu, S. / Yokoyama, S. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 88.4 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 67.9 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 459.8 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 465.8 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 18 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 23.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 12515.567 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() #2: 化合物 | ChemComp-PO4 / #3: 化合物 | #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 1.762478 Å3/Da / 溶媒含有率: 30.211884 % |
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結晶化 | 温度: 291 K / 手法: マイクロバッチ法 / pH: 6.2 詳細: Na/K phosphate, PEG 400, MgCl2, ATP, alpha-ketoglutarate, pH 6.2, microbatch, temperature 291K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: RIGAKU JUPITER 210 / 検出器: CCD / 日付: 2007年3月28日 / 詳細: Monochromator |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.1→50 Å / Num. obs: 19959 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 5.6 % / Biso Wilson estimate: 19.3 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.05 / Rsym value: 0.05 / Net I/σ(I): 29.7 |
反射 シェル | 解像度: 2.1→2.18 Å / 冗長度: 5.7 % / Rmerge(I) obs: 0.276 / Mean I/σ(I) obs: 6.4 / Num. unique all: 1997 / Rsym value: 0.276 / % possible all: 100 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: PDB ENTRY 2EG1 解像度: 2.1→33.03 Å / Rfactor Rfree error: 0.007 / Data cutoff high absF: 557231.41 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber / 詳細: BULK SOLVENT MODEL USED
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 57.5477 Å2 / ksol: 0.4 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 35.6 Å2
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.1→33.03 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.1→2.23 Å / Rfactor Rfree error: 0.021 / Total num. of bins used: 6
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Xplor file |
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