PDB-2z0b: Crystal structure of CBM20 domain of human putative glycerophosph...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2z0b

タイトル

Crystal structure of CBM20 domain of human putative glycerophosphodiester phosphodiesterase 5 (KIAA1434)

要素

Putative glycerophosphodiester phosphodiesterase 5

キーワード

HYDROLASE / GDE5 / KIAA1434 / CBM20 domain / starch-binding / Structural Genomics / NPPSFA / National Project on Protein Structural and Functional Analyses / RIKEN Structural Genomics/Proteomics Initiative / RSGI

機能・相同性

機能・相同性情報

glycerophosphocholine phosphodiesterase / Hydrolysis of LPE / glycerophosphocholine phosphodiesterase activity / Hydrolysis of LPC / glycerophospholipid catabolic process / starch binding / skeletal muscle tissue development / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

多波長異常分散 / 解像度: 2 Å

データ登録者

Saijo, S. / Nishino, A. / Kishishita, S. / Shirouzu, M. / Yokoyama, S. / RIKEN Structural Genomics/Proteomics Initiative (RSGI)

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of CBM20 domain of human putative glycerophosphodiester phosphodiesterase 5 (KIAA1434)
著者: Saijo, S. / Nishino, A. / Kishishita, S. / Shirouzu, M. / Yokoyama, S.

履歴

登録	2007年5月7日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2008年5月6日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.2	2024年11月13日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2z0b.cif.gz	149.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2z0b.ent.gz	118.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2z0b.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/z0/2z0b ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/z0/2z0b	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	3h6n-d 3aqx-1 2wds-d 5cm4-1 3aqx-2 6qqh-d 5yj0-16 4agj-d 6omw-5 2lpj-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetDB: hsk002101406.2

類似構造データ

Omokage検索で類似形状データを探す (詳細)

その他のデータベース

TargetDB: hsk002101406.2

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#239 - 2019年11月ホスホリパーゼA2 (Phospholipase A2) 類似性 (1) #74 - 2006年2月 α-アミラーゼ (alpha-Amylase) 類似性 (5)

登録構造単位

A: Putative glycerophosphodiester phosphodiesterase 5

B: Putative glycerophosphodiester phosphodiesterase 5

C: Putative glycerophosphodiester phosphodiesterase 5

D: Putative glycerophosphodiester phosphodiesterase 5

E: Putative glycerophosphodiester phosphodiesterase 5

F: Putative glycerophosphodiester phosphodiesterase 5

ヘテロ分子

84.6 kDa, 6 ポリマー
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1

A: Putative glycerophosphodiester phosphodiesterase 5

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
14.2 kDa, 1 ポリマー
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2

B: Putative glycerophosphodiester phosphodiesterase 5

登録者が定義した集合体
14.1 kDa, 1 ポリマー
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3

C: Putative glycerophosphodiester phosphodiesterase 5

登録者が定義した集合体
14.1 kDa, 1 ポリマー
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4

D: Putative glycerophosphodiester phosphodiesterase 5

登録者が定義した集合体
14.1 kDa, 1 ポリマー
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5

E: Putative glycerophosphodiester phosphodiesterase 5

登録者が定義した集合体
14.1 kDa, 1 ポリマー
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6

F: Putative glycerophosphodiester phosphodiesterase 5

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
14.2 kDa, 1 ポリマー
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7

A: Putative glycerophosphodiester phosphodiesterase 5

F: Putative glycerophosphodiester phosphodiesterase 5

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
28.3 kDa, 2 ポリマー
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8

B: Putative glycerophosphodiester phosphodiesterase 5

C: Putative glycerophosphodiester phosphodiesterase 5

ソフトウェアが定義した集合体
28.1 kDa, 2 ポリマー
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9

D: Putative glycerophosphodiester phosphodiesterase 5

E: Putative glycerophosphodiester phosphodiesterase 5

ソフトウェアが定義した集合体
28.1 kDa, 2 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	111.040, 111.040, 77.385
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	144
Space group name H-M	P3₁

#1: タンパク質	Putative glycerophosphodiester phosphodiesterase 5 / GDE5 / KIAA1434 分子量: 14062.577 Da / 分子数: 6 / 断片: CBM20 domain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: GDE5, KIAA1434 / プラスミド: PK051017-07 / 発現宿主: Cell-free protein synthesis 参照: UniProt: Q9NPB8, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素
#2: 化合物	ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION 分子量: 94.971 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO₄
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 448 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.26 Å³/Da / 溶媒含有率: 62.32 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5 詳細: 1.0M Sodium/Potassium Phosphate, pH 5.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

SPring-8

/ ビームライン: BL26B2 / 波長: 0.979270, 0.979740, 0.96400

検出器

タイプ: RIGAKU JUPITER 210 / 検出器: CCD / 日付: 2006年9月22日 / 詳細: rhodium coated mirror

放射

モノクロメーター: fixed exit double crystal monochrometer
プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

ID	波長 (Å)	相対比
1	0.97927	1
2	0.97974	1
3	0.964	1

反射

解像度: 2→50 Å / Num. obs: 65368 / % possible obs: 90.7 % / 冗長度: 5.1 % / B_iso Wilson estimate: 10.3 Å² / R_sym value: 0.052 / Net I/σ(I): 29.9

反射シェル

解像度: 2→2.03 Å / 冗長度: 3.8 % / Mean I/σ(I) obs: 3.8 / Num. unique all: 1809 / R_sym value: 0.287 / % possible all: 50.4

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.2.0019	精密化
BSS		データ収集
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
SOLVE		位相決定

精密化

構造決定の手法:

多波長異常分散 / 解像度: 2→50 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.933 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.919 / SU B: 7.127 / SU ML: 0.11 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.175 / ESU R Free: 0.154 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: The structure was refined also with CNS 1.1

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.243	3302	5.1 %	RANDOM
R_work	0.221	-	-	-
obs	0.222	62030	90.73 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 16.625 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.54 Å²	0.27 Å²	0 Å²
2-	-	0.54 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.8 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2→50 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5132	0	10	448	5590

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.008	0.022	5308
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.233	1.955	7220
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	4.169	5	659
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	29.833	24.336	226
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	11.578	15	847
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	13.216	15	25
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.08	0.2	799
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.004	0.02	4007
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.184	0.2	2176
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.303	0.2	3514
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.181	0.2	461
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.174	0.2	52
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.193	0.2	20
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.552	1.5	3407
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	0.88	2	5334
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.049	3	2222
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	1.568	4.5	1880
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2.001→2.053 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.322	162	-
R_work	0.253	2582	-
obs	-	2744	51.19 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.6963	-1.8079	1.2533	4.7796	-2.3274	5.2408	0.0761	-0.0925	-0.0835	0.0359	0.1673	0.1908	0.3168	0.2957	-0.2434	0.1019	0.0539	0.0182	0.0383	0.0068	-0.1025	42.403	57.111	4.095
2	5.9578	-1.3194	1.3472	4.7749	0.6785	4.0849	0.0855	0.1493	-0.3894	-0.1337	-0.1321	1.1496	0.3371	-0.5028	0.0466	0.0137	-0.073	-0.0859	-0.0516	-0.0219	0.1124	26.901	48.363	-25.299
3	2.6515	-0.3491	1.0136	1.5498	-0.1524	4.672	-0.0429	0.0088	0.1437	-0.0359	0.0528	0.0292	-0.3299	0.3049	-0.0099	0.1115	-0.0562	0.0244	0.0829	-0.0046	-0.1248	56.371	37.335	-13.524
4	2.307	0.3645	-1.0426	1.7369	-0.3606	5.1356	-0.0641	-0.0056	-0.1346	0.0271	0.0628	0.041	0.358	0.3226	0.0013	0.0956	0.0551	-0.0218	0.0744	-0.0057	-0.1371	56.503	90.646	-10.688
5	7.1217	1.5249	-1.3795	5.8521	0.8073	4.2059	0.0936	-0.1027	0.4412	0.212	-0.1171	1.2119	-0.3998	-0.5018	0.0235	0.0302	0.0723	0.099	-0.0662	-0.018	0.0885	27.123	80.202	0.991
6	1.4741	1.6934	-1.0222	4.5053	-2.4981	5.1056	0.0682	0.072	0.0882	-0.0152	0.1651	0.1833	-0.2968	0.3071	-0.2333	0.1035	-0.0542	-0.0155	0.0417	0.0091	-0.1019	42.322	70.994	-28.465

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	A	6 - 120	6 - 120
2	X-RAY DIFFRACTION	2	B	B	6 - 118	6 - 118
3	X-RAY DIFFRACTION	3	C	C	1 - 121	1 - 121
4	X-RAY DIFFRACTION	4	D	D	4 - 120	4 - 120
5	X-RAY DIFFRACTION	5	E	E	8 - 119	8 - 119
6	X-RAY DIFFRACTION	6	F	F	8 - 118	8 - 118

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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