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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2z08 | ||||||
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タイトル | Crystal structure of uncharacterized conserved protein from Thermus thermophilus HB8 | ||||||
![]() | Universal stress protein family | ||||||
![]() | STRUCTURAL GENOMICS / UNKNOWN FUNCTION / Uncharacterized conserved protein / NPPSFA / National Project on Protein Structural and Functional Analyses / RIKEN Structural Genomics/Proteomics Initiative / RSGI | ||||||
機能・相同性 | ![]() | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Iino, H. / Yokoyama, S. / Kuramitsu, S. / RIKEN Structural Genomics/Proteomics Initiative (RSGI) | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Crystal structure of uncharacterized conserved protein from Thermus thermophilus HB8 著者: Iino, H. / Yokoyama, S. / Kuramitsu, S. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 41.2 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 27.2 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 779.7 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 783.9 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 9.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 12.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 14775.985 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() プラスミド: pET-11a / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: ![]() ![]() | ||||
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#2: 化合物 | #3: 化合物 | ChemComp-ATP / | #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 1.86 Å3/Da / 溶媒含有率: 34 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.6 詳細: 11mM ATP, 40mM Magnesium Chloride, 0.1M Sodium acetate trihydrate, 2.0M Sodium chloride, pH 4.6, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: RIGAKU JUPITER 210 / 検出器: CCD / 日付: 2005年9月28日 |
放射 | モノクロメーター: SI Double-Crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.5→50 Å / Num. obs: 17645 / % possible obs: 97.2 % / 冗長度: 6.7 % / Biso Wilson estimate: 16.1 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.035 / Net I/σ(I): 40.9 |
反射 シェル | 解像度: 1.5→1.52 Å / 冗長度: 2.4 % / Rmerge(I) obs: 0.11 / Mean I/σ(I) obs: 6.85 / % possible all: 75.1 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 1WJG 解像度: 1.55→19.96 Å / Rfactor Rfree error: 0.006 / Data cutoff high absF: 1348130.56 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 52.096 Å2 / ksol: 0.408667 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 19 Å2
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.55→19.96 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.55→1.65 Å / Rfactor Rfree error: 0.015 / Total num. of bins used: 6
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Xplor file |
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