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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2yzd | ||||||
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タイトル | Crystal structure of uricase from Arthrobacter globiformis in complex with 8-azaxanthin (inhibitor) | ||||||
![]() | Uricase | ||||||
![]() | OXIDOREDUCTASE / uricase / 8-azaxanthin | ||||||
機能・相同性 | ![]() purine nucleobase catabolic process / factor-independent urate hydroxylase / urate oxidase activity / urate catabolic process / peroxisome 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Juan, E.C.M. / Hossain, M.T. / Hoque, M.M. / Suzuki, K. / Sekiguchi, T. / Takenaka, A. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Trapping of the uric acid substrate in the crystal structure of urate oxidase from Arthrobacter globiformis 著者: Juan, E.C.M. / Hossain, M.T. / Hoque, M.M. / Yamamoto, T. / Imamura, S. / Suzuki, K. / Sekiguchi, T. / Takenaka, A. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 470.6 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 387.9 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 513 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 558.2 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 96.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 132.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 33900.629 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() 参照: UniProt: D0VWQ1*PLUS, factor-independent urate hydroxylase #2: 化合物 | ChemComp-AZA / #3: 水 | ChemComp-HOH / | 配列の詳細 | THE SEQUENCE DATABASE FOR THIS PROTEIN DOES NOT CURRENTLY EXIST IN UNP. IT WILL BE SUBMITTED TO UNP ...THE SEQUENCE DATABASE FOR THIS PROTEIN DOES NOT CURRENTLY EXIST IN UNP. IT WILL BE SUBMITTED TO UNP DATABASE SOON. | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.67 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.87 % |
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結晶化 | 温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 9 詳細: PEG 8000, lithium sulfate, sodium borate buffer, pH 9.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2003年12月12日 |
放射 | モノクロメーター: SI(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.24→20 Å / Num. obs: 132537 / % possible obs: 97.4 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 5.4 % / Rmerge(I) obs: 0.067 |
反射 シェル | 解像度: 2.24→2.32 Å / 冗長度: 5.4 % / Rmerge(I) obs: 0.237 / % possible all: 87.7 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: PDB entry 1uox ![]() 1uox 解像度: 2.24→20 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 3
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原子変位パラメータ |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.24→20 Å
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