+
データを開く
-
基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2yyx | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | The Y65A mutant of tetraheme cytochrome c3 from Desulfovibrio Vulgaris Miyazaki F | ||||||
![]() | Cytochrome c3 | ||||||
![]() | ELECTRON TRANSPORT | ||||||
機能・相同性 | ![]() anaerobic respiration / periplasmic space / electron transfer activity / heme binding / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() | ||||||
![]() | Higuchi, Y. / Komori, H. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Structures of Noncoordinated Aromatic Residue Mutants in Tetraheme Cytochrome c3 from Desulfovibrio vulgaris Miyazaki F 著者: Takayama, Y. / Komori, H. / Morita, K. / Higuchi, Y. / Akutsu, H. | ||||||
履歴 |
|
-
構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
---|
-
ダウンロードとリンク
-
ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 71.2 KB | 表示 | ![]() |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | ![]() | 57.1 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 1.6 MB | 表示 | ![]() |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | ![]() | 1.6 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 10.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 16.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-
リンク
-
集合体
登録構造単位 | ![]()
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||
単位格子 |
|
-
要素
#1: タンパク質 | 分子量: 11466.186 Da / 分子数: 1 / 変異: Y65A / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 生物種: Desulfovibrio vulgaris / 株: Miyazaki F / プラスミド: pKF19k / 発現宿主: ![]() | ||
---|---|---|---|
#2: 化合物 | ChemComp-HEM / #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
---|
-
試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.65 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.52 % |
---|
-データ収集
放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
---|---|
検出器 | 日付: 2004年11月15日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.7 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1→20.6 Å / Num. obs: 65863 |
-
解析
ソフトウェア |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 構造決定の手法: AB INITIO / 解像度: 1→10 Å / Num. parameters: 11325 / Num. restraintsaints: 13193 / 交差検証法: FREE R / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber 詳細: ANISOTROPIC REFINEMENT REDUCED FREE R (NO CUTOFF) BY ?
| |||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine analyze | Num. disordered residues: 0 / Occupancy sum hydrogen: 0 / Occupancy sum non hydrogen: 1258 | |||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1→10 Å
| |||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
|