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- PDB-2yyn: Crystal structure of human bromodomain protein -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2yyn
タイトルCrystal structure of human bromodomain protein
要素Transcription intermediary factor 1-alpha
キーワードTRANSCRIPTION / bromo domain / Structural Genomics / NPPSFA / National Project on Protein Structural and Functional Analyses / RIKEN Structural Genomics/Proteomics Initiative / RSGI
機能・相同性
機能・相同性情報


perichromatin fibrils / regulation of vitamin D receptor signaling pathway / Signaling by cytosolic FGFR1 fusion mutants / cellular response to estrogen stimulus / estrogen response element binding / calcium ion homeostasis / Signaling by FGFR1 in disease / epithelial cell proliferation / regulation of signal transduction by p53 class mediator / male germ cell nucleus ...perichromatin fibrils / regulation of vitamin D receptor signaling pathway / Signaling by cytosolic FGFR1 fusion mutants / cellular response to estrogen stimulus / estrogen response element binding / calcium ion homeostasis / Signaling by FGFR1 in disease / epithelial cell proliferation / regulation of signal transduction by p53 class mediator / male germ cell nucleus / nuclear receptor binding / lysine-acetylated histone binding / RING-type E3 ubiquitin transferase / regulation of protein stability / euchromatin / protein catabolic process / response to peptide hormone / negative regulation of epithelial cell proliferation / Signaling by BRAF and RAF1 fusions / ubiquitin protein ligase activity / p53 binding / regulation of apoptotic process / transcription by RNA polymerase II / transcription coactivator activity / protein kinase activity / protein ubiquitination / signaling receptor binding / negative regulation of DNA-templated transcription / chromatin binding / positive regulation of gene expression / chromatin / mitochondrion / zinc ion binding / nucleoplasm / nucleus / cytosol
類似検索 - 分子機能
B-box, C-terminal / B-Box C-terminal domain / B-box zinc finger / B-Box-type zinc finger / B-box-type zinc finger / Zinc finger B-box type profile. / Zinc finger, RING-type, conserved site / Zinc finger RING-type signature. / Zinc finger, PHD-type, conserved site / PHD-finger ...B-box, C-terminal / B-Box C-terminal domain / B-box zinc finger / B-Box-type zinc finger / B-box-type zinc finger / Zinc finger B-box type profile. / Zinc finger, RING-type, conserved site / Zinc finger RING-type signature. / Zinc finger, PHD-type, conserved site / PHD-finger / Ring finger / Zinc finger PHD-type signature. / Zinc finger PHD-type profile. / Zinc finger, PHD-finger / Zinc finger, PHD-type / PHD zinc finger / Bromodomain-like / Histone Acetyltransferase; Chain A / Zinc finger RING-type profile. / Zinc finger, RING-type / Zinc finger, FYVE/PHD-type / Bromodomain, conserved site / Bromodomain signature. / Bromodomain / Bromodomain profile. / bromo domain / Bromodomain / Bromodomain-like superfamily / Zinc finger, RING/FYVE/PHD-type / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Transcription intermediary factor 1-alpha
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Kishishita, S. / Uchikubo-Kamo, T. / Murayama, K. / Terada, T. / Shirouzu, M. / Yokoyama, S. / RIKEN Structural Genomics/Proteomics Initiative (RSGI)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of human bromodomain protein
著者: Kishishita, S. / Uchikubo-Kamo, T. / Murayama, K. / Terada, T. / Shirouzu, M. / Yokoyama, S.
履歴
登録2007年4月30日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02008年5月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22020年9月9日Group: Database references / Structure summary / カテゴリ: citation / struct / Item: _citation.title / _struct.title
改定 1.32022年12月21日Group: Database references / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Transcription intermediary factor 1-alpha
B: Transcription intermediary factor 1-alpha
C: Transcription intermediary factor 1-alpha
D: Transcription intermediary factor 1-alpha


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)61,9554
ポリマ－61,9554
非ポリマー00
水1,78399
1
A: Transcription intermediary factor 1-alpha
B: Transcription intermediary factor 1-alpha


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,9772
ポリマ－30,9772
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
C: Transcription intermediary factor 1-alpha
D: Transcription intermediary factor 1-alpha


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,9772
ポリマ－30,9772
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
A: Transcription intermediary factor 1-alpha

B: Transcription intermediary factor 1-alpha


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,9772
ポリマ－30,9772
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation3_656-x+1,y+1/2,-z+3/21
Buried area1110 Å2
ΔGint-8 kcal/mol
Surface area13800 Å2
手法PISA
4
C: Transcription intermediary factor 1-alpha

D: Transcription intermediary factor 1-alpha


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,9772
ポリマ－30,9772
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_566x+1/2,-y+3/2,-z+11
Buried area1230 Å2
ΔGint-9 kcal/mol
Surface area13460 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)75.855, 76.160, 107.599
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質
Transcription intermediary factor 1-alpha / TIF1-alpha / Tripartite motif-containing protein 24 / RING finger protein 82


分子量: 15488.742 Da / 分子数: 4 / 断片: bromo domain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TRIM24, RNF82, TIF1, TIF1A / プラスミド: PK050711-18 / 発現宿主: cell-free protein synthesis (unknown) / 参照: UniProt: O15164
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 99 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.51 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.96 % / 解説: The file contains Friedel pairs.
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.4
詳細: 0.2M ammonium acetate, 0.1M HEPES, 25% PEG 3350, pH 7.4, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL26B2 / 波長: 0.9792, 0.9797, 0.964
検出器タイプ: RIGAKU JUPITER 210 / 検出器: CCD / 日付: 2006年9月21日 / 詳細: mirror
放射モノクロメーター: Si II / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.97921
20.97971
30.9641
反射解像度: 2.5→50 Å / Num. obs: 40227 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 7.07 % / Biso Wilson estimate: 44.1 Å2 / Rsym value: 0.095 / Net I/σ(I): 31.1
反射 シェル解像度: 2.5→2.63 Å / Mean I/σ(I) obs: 3.69 / Rsym value: 0.56 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS1.1精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
SOLVE位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2.5→48.08 Å / Rfactor Rfree error: 0.006 / Data cutoff high absF: 82137.76 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 詳細: The file contains Friedel pairs.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.285 2017 5 %RANDOM
Rwork0.239 ---
obs0.239 40227 96.5 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 26.3936 Å2 / ksol: 0.316412 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 40.8 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.33 Å20 Å20 Å2
2--0.67 Å20 Å2
3----2.01 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.45 Å0.35 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.49 Å0.38 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→48.08 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3797 0 0 99 3896
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.008
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.3
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d20.7
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.95
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it
LS精密化 シェル解像度: 2.5→2.66 Å / Rfactor Rfree error: 0.022 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.408 345 5.5 %
Rwork0.336 5967 -
obs--91 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1protein_rep.paramprotein.top
X-RAY DIFFRACTION2water_rep.paramwater.top

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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