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- PDB-2ysu: Structure of the complex between BtuB and Colicin E2 receptor bin... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2ysu
タイトルStructure of the complex between BtuB and Colicin E2 receptor binding domain
要素
  • Colicin-E2
  • Vitamin B12 transporter btuB
キーワードTRANSPORT PROTEIN/HYDROLASE / BETA-BARREL / COILED-COIL / TRANSPORT PROTEIN-HYDROLASE COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


ABC-type vitamin B12 transporter activity / extrachromosomal circular DNA / cobalamin transport / siderophore uptake transmembrane transporter activity / porin activity / pore complex / transmembrane transporter complex / monoatomic ion transmembrane transport / cell outer membrane / endonuclease activity ...ABC-type vitamin B12 transporter activity / extrachromosomal circular DNA / cobalamin transport / siderophore uptake transmembrane transporter activity / porin activity / pore complex / transmembrane transporter complex / monoatomic ion transmembrane transport / cell outer membrane / endonuclease activity / killing of cells of another organism / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / defense response to bacterium / protein domain specific binding / calcium ion binding / membrane / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Helix Hairpins / TonB-dependent vitamin B12 transporter BtuB / Colicin/Pyocin-S2, DNase domain / Colicin/pyocin, DNase domain superfamily / Colicin, receptor domain / Coiled-coil receptor-binding R-domain of colicin E2 / TonB-dependent receptor (TBDR) proteins signature 1. / TonB-dependent receptor, beta-barrel domain / Cloacin colicin family / Colicin-like bacteriocin tRNase domain ...Helix Hairpins / TonB-dependent vitamin B12 transporter BtuB / Colicin/Pyocin-S2, DNase domain / Colicin/pyocin, DNase domain superfamily / Colicin, receptor domain / Coiled-coil receptor-binding R-domain of colicin E2 / TonB-dependent receptor (TBDR) proteins signature 1. / TonB-dependent receptor, beta-barrel domain / Cloacin colicin family / Colicin-like bacteriocin tRNase domain / TonB-dependent receptor, plug domain / Pyosin/cloacin translocation domain / Pyosin/cloacin translocation domain superfamily / Maltoporin; Chain A / HNH nucleases / TonB box, conserved site / Ferric Hydroxamate Uptake Protein; Chain A, domain 1 / TonB-dependent receptor, conserved site / TonB-dependent receptor (TBDR) proteins signature 2. / TonB-dependent receptor (TBDR) proteins profile. / Vitamin B12 transporter BtuB-like / TonB-dependent receptor-like, beta-barrel / TonB dependent receptor-like, beta-barrel / TonB-dependent receptor, plug domain superfamily / TonB-dependent receptor, plug domain / TonB-dependent receptor-like, beta-barrel domain superfamily / TonB-dependent Receptor Plug Domain / His-Me finger superfamily / HNH nuclease / Beta Complex / Helix Hairpins / Beta Barrel / Orthogonal Bundle / Mainly Beta / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Colicin-E2 / Vitamin B12 transporter BtuB
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.5 Å
データ登録者Cramer, W.A. / Sharma, O. / Yamashita, E.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2007
タイトル: Structure of the complex of the colicin E2 R-domain and its BtuB receptor. The outer membrane colicin translocon
著者: Sharma, O. / Yamashita, E. / Zhalnina, M.V. / Zakharov, S.D. / Datsenko, K.A. / Wanner, B.L. / Cramer, W.A.
履歴
登録2007年4月4日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02007年6月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.32024年3月13日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Vitamin B12 transporter btuB
B: Colicin-E2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)81,5492
ポリマ－81,5492
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2550 Å2
ΔGint-13 kcal/mol
Surface area32880 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)76.231, 80.685, 235.916
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Vitamin B12 transporter btuB / VITAMIN B12 RECEPTOR / Cobalamin receptor / Outer membrane cobalamin translocator


分子量: 66386.180 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / プラスミド: pJC3 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P06129
#2: タンパク質 Colicin-E2


分子量: 15162.725 Da / 分子数: 1 / Fragment: R-DOMAIN(RESIDUES 313-447) / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / プラスミド: pET41b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: P04419, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.45 Å3/Da / 溶媒含有率: 72.34 %

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97934 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97934 Å / 相対比: 1
反射最高解像度: 3.5 Å / Num. obs: 18963 / 冗長度: 6.7 % / Rmerge(I) obs: 0.108

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0019精密化
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
REFMAC5.2.0019位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 3.5→47.61 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.876 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.812 / SU B: 66.187 / SU ML: 0.491 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.626 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.31535 969 5.1 %RANDOM
Rwork0.24973 ---
obs0.25301 18963 99.15 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 77.197 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.04 Å20 Å20 Å2
2--5.72 Å20 Å2
3----4.68 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.5→47.61 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5537 0 0 0 5537
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0070.0215663
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.0181.9287686
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.6625696
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.53424.02301
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg18.93215889
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg13.3351542
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0730.2803
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0030.024476
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1960.22394
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3010.23759
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1270.2190
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1450.219
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.3141.53532
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.56425509
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it0.54132485
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it0.9374.52177
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 3.501→3.592 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.302 66 -
Rwork0.25 1193 -
obs--91.43 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.4616-0.396-0.21852.5574-1.45466.1036-0.0311-0.0211-0.05240.15880.29410.0581-0.38010.6424-0.263-0.4034-0.09210.0543-0.3350.0199-0.389811.485637.2416108.7809
21.7399-0.24580.53281.9224-0.68754.170.01070.13570.148-0.0038-0.00950.1159-0.57940.4496-0.0012-0.3940.02330.0733-0.16040.0433-0.280910.42336.7107104.8576
30.2992-0.529-0.89829.17817.77667.34240.10.3271-0.37640.0750.0936-0.06460.18850.1803-0.19360.13560.2289-0.17340.2997-0.3562-0.126513.8836.385457.9108
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1AA7 - 1337 - 133
2X-RAY DIFFRACTION2AA137 - 594137 - 594
3X-RAY DIFFRACTION3BB321 - 4439 - 131

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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