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- PDB-2ys1: Solution structure of the PH domain of Dynamin-2 from human -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2ys1
タイトルSolution structure of the PH domain of Dynamin-2 from human
要素Dynamin-2
キーワードSIGNALING PROTEIN / PH domain / dynamin 2 / Structural Genomics / NPPSFA / National Project on Protein Structural and Functional Analyses / RIKEN Structural Genomics/Proteomics Initiative / RSGI
機能・相同性
機能・相同性情報


organelle fission / cellular response to carbon monoxide / postsynaptic endocytic zone membrane / : / negative regulation of non-motile cilium assembly / negative regulation of membrane tubulation / regulation of Golgi organization / positive regulation of clathrin-dependent endocytosis / positive regulation of P-type sodium:potassium-exchanging transporter activity / synaptic vesicle budding from presynaptic endocytic zone membrane ...organelle fission / cellular response to carbon monoxide / postsynaptic endocytic zone membrane / : / negative regulation of non-motile cilium assembly / negative regulation of membrane tubulation / regulation of Golgi organization / positive regulation of clathrin-dependent endocytosis / positive regulation of P-type sodium:potassium-exchanging transporter activity / synaptic vesicle budding from presynaptic endocytic zone membrane / macropinocytosis / NOSTRIN mediated eNOS trafficking / transferrin transport / dynamin GTPase / regulation of nitric-oxide synthase activity / postsynaptic neurotransmitter receptor internalization / WW domain binding / regulation of Rac protein signal transduction / Toll Like Receptor 4 (TLR4) Cascade / Retrograde neurotrophin signalling / cellular response to X-ray / Formation of annular gap junctions / clathrin-coated endocytic vesicle / Gap junction degradation / Golgi to plasma membrane transport / membrane organization / phosphatidylinositol 3-kinase regulatory subunit binding / coronary vasculature development / NGF-stimulated transcription / cellular response to dopamine / mitochondrial fission / G protein-coupled receptor internalization / regulation of synapse structure or activity / aorta development / ventricular septum development / regulation of axon extension / Lysosome Vesicle Biogenesis / synaptic vesicle transport / Golgi Associated Vesicle Biogenesis / dendritic spine head / nitric-oxide synthase binding / Recycling pathway of L1 / phagocytic cup / response to light stimulus / cellular response to nitric oxide / postsynaptic density, intracellular component / D2 dopamine receptor binding / phagocytosis / positive regulation of lamellipodium assembly / clathrin-coated pit / positive regulation of substrate adhesion-dependent cell spreading / positive regulation of phagocytosis / MHC class II antigen presentation / photoreceptor inner segment / neuron projection morphogenesis / receptor-mediated endocytosis / response to cocaine / mitochondrial membrane / negative regulation of transforming growth factor beta receptor signaling pathway / trans-Golgi network / receptor internalization / ruffle membrane / SH3 domain binding / endocytosis / phagocytic vesicle membrane / G2/M transition of mitotic cell cycle / antigen processing and presentation of exogenous peptide antigen via MHC class II / endocytic vesicle membrane / microtubule cytoskeleton / positive regulation of nitric oxide biosynthetic process / presynapse / lamellipodium / Clathrin-mediated endocytosis / midbody / growth cone / cytoplasmic vesicle / spermatogenesis / microtubule binding / postsynaptic membrane / microtubule / dendritic spine / membrane fusion / postsynaptic density / endosome / positive regulation of apoptotic process / Golgi membrane / axon / focal adhesion / GTPase activity / centrosome / glutamatergic synapse / synapse / protein-containing complex binding / regulation of DNA-templated transcription / GTP binding / protein kinase binding / positive regulation of DNA-templated transcription / perinuclear region of cytoplasm / Golgi apparatus / enzyme binding
類似検索 - 分子機能
Dynamin-2 / Dynamin GTPase effector / Dynamin GTPase effector domain / Dynamin GTPase effector domain / Dynamin, GTPase region, conserved site / Dynamin-type guanine nucleotide-binding (G) domain signature. / Dynamin stalk domain / Dynamin central region / GTPase effector domain / GED domain profile. ...Dynamin-2 / Dynamin GTPase effector / Dynamin GTPase effector domain / Dynamin GTPase effector domain / Dynamin, GTPase region, conserved site / Dynamin-type guanine nucleotide-binding (G) domain signature. / Dynamin stalk domain / Dynamin central region / GTPase effector domain / GED domain profile. / Dynamin, GTPase domain / Dynamin, GTPase / Dynamin / Dynamin-type guanine nucleotide-binding (G) domain / Dynamin-type guanine nucleotide-binding (G) domain profile. / Dynamin family / Pleckstrin-homology domain (PH domain)/Phosphotyrosine-binding domain (PTB) / PH-domain like / PH domain / PH domain profile. / Pleckstrin homology domain. / Pleckstrin homology domain / PH-like domain superfamily / Roll / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法溶液NMR / torsion angle dynamics
データ登録者Li, H. / Sato, M. / Tochio, N. / Koshiba, S. / Watanabe, S. / Harada, T. / Kigawa, T. / Yokoyama, S. / RIKEN Structural Genomics/Proteomics Initiative (RSGI)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Solution structure of the PH domain of Dynamin-2 from human
著者: Li, H. / Sato, M. / Tochio, N. / Koshiba, S. / Watanabe, S. / Harada, T. / Kigawa, T. / Yokoyama, S.
履歴
登録2007年4月3日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02008年4月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22022年3月16日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_nmr_software ...database_2 / pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_nmr_spectrometer.model / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.32024年5月29日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond
Remark 650HELIX DETERMINATION METHOD: AUTHOR DETERMINED
Remark 700SHEET DETERMINATION METHOD: AUTHOR DETERMINED

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Dynamin-2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,0781
ポリマ－13,0781
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 100structures with the least restraint violations, target function
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質 Dynamin-2


分子量: 13077.794 Da / 分子数: 1 / 断片: PH domain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 解説: cell-free protein synthesis / 遺伝子: DNM2 / プラスミド: P060904-04 / 参照: UniProt: P50570

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1113D 13C-separated NOESY
1213D 15N-separated NOESY

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試料調製

詳細内容: 1.17mM PH domain U-15N,13C; 20mM d-Tris-HCl; 100mM NaCl; 1mM d-DTT; 0.02% NaN3; 90% H2O, 10% D2O
溶媒系: 90% H2O/10% D2O
試料状態イオン強度: 120mM / pH: 7.0 / 圧: ambient / 温度: 296 K

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NMR測定

NMRスペクトロメータータイプ: Bruker AVANCE / 製造業者: Bruker / モデル: AVANCE / 磁場強度: 800 MHz

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
XwinNMR3.5Brukercollection
NMRPipe20031121Delaglio, F.解析
NMRView5.0.4Johnson, B.A.データ解析
KUJIRA0.982Kobayashi, N.データ解析
CYANA2.0.17Guntert, P.構造決定
CYANA2.0.17Guntert, P.精密化
精密化手法: torsion angle dynamics / ソフトェア番号: 1
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the least restraint violations, target function
計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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