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- PDB-2yqh: Crystal structure of uridine-diphospho-N-acetylglucosamine pyroph... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2yqh
タイトルCrystal structure of uridine-diphospho-N-acetylglucosamine pyrophosphorylase from Candida albicans, in the substrate-binding form
要素UDP-N-acetylglucosamine pyrophosphorylase
キーワードTRANSFERASE / Pyrophosphorylase / N-acetylglucosamine / Uridine-diphospho-N-acetylglucosamine / N-acetylglucosamine-1-phosphate / Candida albicans
機能・相同性
機能・相同性情報


UDP-N-acetylglucosamine diphosphorylase / UDP-N-acetylglucosamine diphosphorylase activity / UDP-N-acetylglucosamine biosynthetic process / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
UDP-sugar pyrophosphorylase / UDPGP family / UTP--glucose-1-phosphate uridylyltransferase / Spore Coat Polysaccharide Biosynthesis Protein SpsA; Chain A / Spore Coat Polysaccharide Biosynthesis Protein SpsA; Chain A / Nucleotide-diphospho-sugar transferases / Alpha-Beta Complex / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-GN1 / UDP-N-acetylglucosamine pyrophosphorylase
類似検索 - 構成要素
生物種Candida albicans (酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Miki, K. / Maruyama, D. / Nishitani, Y. / Nonaka, T. / Kita, A.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2007
タイトル: Crystal Structure of Uridine-diphospho-N-acetylglucosamine Pyrophosphorylase from Candida albicans and Catalytic Reaction Mechanism
著者: Maruyama, D. / Nishitani, Y. / Nonaka, T. / Kita, A. / Fukami, T.A. / Mio, T. / Yamada-Okabe, H. / Yamada-Okabe, T. / Miki, K.
履歴
登録2007年3月30日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02007年5月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Non-polymer description / Version format compliance
改定 2.02020年7月29日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id ..._atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12021年11月10日Group: Database references / Structure summary / カテゴリ: chem_comp / database_2 / struct_ref_seq_dif
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details
改定 2.22023年10月25日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: UDP-N-acetylglucosamine pyrophosphorylase
B: UDP-N-acetylglucosamine pyrophosphorylase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)110,3678
ポリマ－109,4562
非ポリマー9116
水4,630257
1
A: UDP-N-acetylglucosamine pyrophosphorylase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)55,2415
ポリマ－54,7281
非ポリマー5144
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: UDP-N-acetylglucosamine pyrophosphorylase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)55,1253
ポリマ－54,7281
非ポリマー3972
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)47.431, 61.804, 90.438
Angle α, β, γ (deg.)90.01, 97.72, 92.88
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

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タンパク質 / 糖 , 2種, 4分子 AB

#1: タンパク質 UDP-N-acetylglucosamine pyrophosphorylase


分子量: 54727.832 Da / 分子数: 2 / 変異: S216L / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Candida albicans (酵母) / プラスミド: pGEX-2T / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): JM109
参照: UniProt: O74933, UDP-N-acetylglucosamine diphosphorylase
#2: 糖 ChemComp-GN1 / 2-acetamido-2-deoxy-1-O-phosphono-alpha-D-glucopyranose / 2-(ACETYLAMINO)-2-DEOXY-1-O-PHOSPHONO-ALPHA-D-GLUCOPYRANOSE / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE-1-PHOSPHATE / N-acetyl-1-O-phosphono-alpha-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-1-O-phosphono-alpha-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-1-O-phosphono-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-1-O-phosphono-glucose / 2-(アセチルアミノ)-2-デオキシ-α-D-グルコピラノ-ス1-りん酸


タイプ: D-saccharide / 分子量: 301.188 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H16NO9P
識別子タイププログラム
a-D-Glcp1PO3NAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0

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非ポリマー , 4種, 261分子

#3: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#5: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 257 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.4 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.67 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.7
詳細: 30% PEG 6000, 0.1M ammonium sulfate, 5% glycerol, 0.01M N-acetylglucosamine-1-phosphate, 0.1M citrate, pH 5.7, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293.0K

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データ収集

回折平均測定温度: 95 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL45XU / 波長: 1 Å
検出器タイプ: RIGAKU JUPITER 210 / 検出器: CCD / 日付: 2004年12月6日
放射モノクロメーター: DIAMOND / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→50 Å / Num. obs: 43334 / % possible obs: 93 % / 冗長度: 2 % / Biso Wilson estimate: 16.6 Å2 / Rsym value: 0.07 / Net I/σ(I): 11.2
反射 シェル解像度: 2.3→2.38 Å / 冗長度: 2 % / Mean I/σ(I) obs: 6.8 / Rsym value: 0.12 / % possible all: 86.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS1.1精密化
HKL-2000データ収集
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
AMoRE位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2YQC

2yqc


解像度: 2.3→38.31 Å / Rfactor Rfree error: 0.005 / Data cutoff high absF: 1221673.59 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
詳細: The intensity of the reflection used for the refinement is more than 0 sigma, but that of the unique reflections in the table of the statistics of the X-ray crystallography at the article is ...詳細: The intensity of the reflection used for the refinement is more than 0 sigma, but that of the unique reflections in the table of the statistics of the X-ray crystallography at the article is more than 1 sigma. Therefore, the number of reflections in the refinement section is larger than that in the data collection.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.238 2188 5 %RANDOM
Rwork0.193 ---
obs0.193 44027 97.7 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 29.1403 Å2 / ksol: 0.347987 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 22.9 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.13 Å21.29 Å21.24 Å2
2--0.63 Å2-0.63 Å2
3----2.76 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.31 Å0.25 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.25 Å0.16 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→38.31 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7259 0 55 257 7571
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.009
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.4
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d894.2
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.351.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it2.12
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it2.152
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it3.12.5
LS精密化 シェル解像度: 2.3→2.44 Å / Rfactor Rfree error: 0.015 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.277 350 4.9 %
Rwork0.201 6754 -
obs-7104 94.4 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1protein_rep.paramprotein.top
X-RAY DIFFRACTION2water_rep.paramwater.top
X-RAY DIFFRACTION3ion.paramion.top
X-RAY DIFFRACTION4ligand2.paramligand2.top

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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