PDB-2yn0: tau55 histidine phosphatase domain

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2yn0

タイトル

tau55 histidine phosphatase domain

要素

TRANSCRIPTION FACTOR TAU 55 KDA SUBUNIT

キーワード

TRANSCRIPTION / RNA POLYMERASE III

機能・相同性

機能・相同性情報

5S class rRNA transcription by RNA polymerase III / transcription factor TFIIIC complex / transcription initiation at RNA polymerase III promoter / phosphatase activity / transcription by RNA polymerase III / DNA binding / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

SACCHAROMYCES CEREVISIAE (パン酵母)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単一同系置換・異常分散 / 解像度: 1.5 Å

データ登録者

Taylor, N.M.I. / Glatt, S. / Hennrich, M. / von Scheven, G. / Grotsch, H. / Fernandez-Tornero, C. / Rybin, V. / Gavin, A.C. / Kolb, P. / Muller, C.W.

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2013
タイトル: Structural and Functional Characterization of a Phosphatase Domain within Yeast General Transcription Factor Iiic.
著者: Taylor, N.M.I. / Glatt, S. / Hennrich, M.L. / Von Scheven, G. / Grotsch, H. / Fernandez-Tornero, C. / Rybin, V. / Gavin, A.C. / Kolb, P. / Muller, C.W.

履歴

登録	2012年10月11日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2013年4月3日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2013年4月17日	Group: Database references
改定 1.2	2013年6月12日	Group: Database references
改定 1.3	2019年4月3日	Group: Data collection / Other / Source and taxonomy カテゴリ: entity_src_gen / pdbx_database_proc / pdbx_database_status Item: _entity_src_gen.pdbx_host_org_cell_line / _pdbx_database_status.recvd_author_approval
改定 2.0	2024年5月8日	Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Other カテゴリ: atom_site / chem_comp_atom ...atom_site / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / struct_site Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2yn0.cif.gz	165.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2yn0.ent.gz	135.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2yn0.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

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文書・詳細版	2yn0_full_validation.pdf.gz	421.4 KB	表示
XML形式データ	2yn0_validation.xml.gz	14 KB	表示
CIF形式データ	2yn0_validation.cif.gz	21 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yn/2yn0 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yn/2yn0	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	2yn2C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5o85-1 5ewo-d 5lub-1 1yu6-1 4y6n-d 6yw3-d 5fbg-1 3igs-1 1pl9-d 4fek-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#257 - 2021年5月胎児ヘモグロビン (Fetal Hemoglobin) 類似性 (4) #50 - 2004年2月解糖系酵素 (Glycolytic Enzymes) 類似性 (4) #225 - 2018年9月フィターゼ (Phytase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: TRANSCRIPTION FACTOR TAU 55 KDA SUBUNIT

ヘテロ分子

31.1 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	80.580, 86.730, 44.310
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	18
Space group name H-M	P2₁2₁2

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-2046- HOH

#1: タンパク質	TRANSCRIPTION FACTOR TAU 55 KDA SUBUNIT / TFIIIC 55 KDA SUBUNIT / TRANSCRIPTION FACTOR C SUBUNIT 7 / TAU55 分子量: 31047.025 Da / 分子数: 1 / 断片: HISTIDINE PHOSPHATASE DOMAIN, RESIDUES 1-272 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) SACCHAROMYCES CEREVISIAE (パン酵母) 株: S288C / 細胞株 (発現宿主): High Five / 発現宿主: TRICHOPLUSIA NI (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: Q12415
#2: 化合物	ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト分子量: 94.971 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO₄
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 293 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

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実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶	マシュー密度: 2.5 Å³/Da / 溶媒含有率: 50.75 % / 解説: NONE
結晶化	詳細: 0.77 M NAH2PO4, 1.23 M K2HPO4

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データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: BM14 / 波長: 1.00849
検出器	タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2008年7月24日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.00849 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.5→50 Å / Num. obs: 50268 / % possible obs: 99.5 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.05 % / B_iso Wilson estimate: 15.411 Å² / R_merge(I) obs: 0.16 / Net I/σ(I): 15.5
反射シェル	解像度: 1.5→1.54 Å / 冗長度: 4.02 % / R_merge(I) obs: 0.99 / Mean I/σ(I) obs: 2.19 / % possible all: 99.9

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解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(PHENIX.REFINE)	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
SHARP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単一同系置換・異常分散
開始モデル: NONE

解像度: 1.5→43.365 Å / SU ML: 0.16 / σ(F): 1.78 / 位相誤差: 17.15 / 立体化学のターゲット値: ML
詳細: RESIDUES 2-260 ARE VISIBLE IN THE ELECTRON DENSITY, EXCEPT FOR RESIDUES 216-225 WHICH ARE DISORDERED

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1826	2551	5.1 %
R_work	0.1559	-	-
obs	0.1573	50251	99.44 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.77 Å / VDWプローブ半径: 0.9 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 45.494 Å² / k_sol: 0.46 e/Å³

原子変位パラメータ

B_iso mean: 20.35 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-5.6438 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-1.6942 Å²	0 Å²
3-	-	-	7.338 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.5→43.365 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2013	0	5	293	2311

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.01	2161
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.248	2960
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.444	833
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.079	313
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.007	384

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.5-1.5536	0.2823	274	0.2667	4694	X-RAY DIFFRACTION	100
1.5536-1.6158	0.2452	277	0.2367	4688	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6158-1.6894	0.2397	266	0.2102	4702	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6894-1.7785	0.2265	246	0.1833	4751	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7785-1.8899	0.1843	230	0.1585	4752	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8899-2.0358	0.1624	240	0.1372	4780	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0358-2.2407	0.164	281	0.1342	4755	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2407-2.5649	0.1767	243	0.1381	4790	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5649-3.2313	0.1648	252	0.1373	4825	X-RAY DIFFRACTION	99
3.2313-43.3831	0.1657	242	0.1495	4963	X-RAY DIFFRACTION	98

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.2158	-0.1712	0.137	0.5731	0.0658	0.1086	0.0291	-0.0386	-0.0032	0.0037	-0.0214	-0.0862	0.0125	0.0622	0	0.0886	0.0053	-0.0013	0.1006	0.0006	0.0863	32.9499	11.4417	40.7012
2	0.006	-0.0055	-0.0017	0.0047	0.0026	0.0198	0.0033	-0.2383	0.052	0.0717	0.0454	-0.2128	-0.0434	0.1124	0.0001	0.1533	0.0073	-0.0192	0.1589	-0.0161	0.1027	31.449	15.1412	51.8378
3	0.0168	-0.0242	-0.0081	0.1405	0.1392	0.1512	-0.0634	-0.1217	0.0612	-0.0079	-0.0748	0.0554	-0.0078	-0.0788	-0.2097	0.0962	0.0291	0.0117	0.1758	-0.0141	0.0424	20.1729	15.7561	56.7089
4	0.6179	-0.2058	0.1397	0.2315	-0.1115	0.0977	0.0231	0.0223	-0.1409	0.0371	-0.0244	0.0078	0.033	0.0463	0.003	0.1071	0.0021	0.0008	0.0873	0.0163	0.073	22.7627	6.077	44.5845
5	0.0174	-0.0057	-0.0003	0.0511	-0.0069	0.0007	0.0589	0.3017	0.1622	-0.0306	-0.0227	-0.0725	-0.1084	0.0873	0.0028	0.2608	0.0745	-0.0234	0.4801	0.0276	0.0401	29	10.7703	21.7452
6	0.1247	-0.0318	0.0718	0.0077	-0.0164	0.038	0.0174	0.2522	-0.3483	-0.0519	-0.1372	-0.1572	0.13	0.0065	0	0.1669	0.0349	-0.0013	0.1789	-0.0324	0.1829	28.436	-0.8801	34.439
7	0.0072	-0.0064	-0.0049	0.0055	0.0047	0.0087	0.0736	0.0649	-0.1365	0.0186	0.0177	0.058	-0.0189	0.0951	0.0001	0.1505	0.0227	-0.0025	0.1089	0.0311	0.1824	31.4079	-3.008	45.5345
8	0.0052	0.0144	-0.0087	0.051	-0.0567	0.051	0.0717	0.036	-0.4778	0.0068	-0.0225	0.1805	0.0484	0.0929	0	0.169	0.0074	-0.02	0.1222	0.0372	0.2567	19.6084	-3.6742	45.8253
9	0.0036	-0.0004	0.0037	0.0013	-0.0012	0.0037	0.0726	0.1478	-0.2642	-0.0284	-0.0767	0.1558	-0.0211	-0.095	-0	0.1699	0.0011	-0.0187	0.1685	-0.0631	0.2023	15.9455	1.7589	32.4664
10	0.0104	0.003	0.0012	0.0063	0.0052	0.0039	0.0031	0.0129	-0.1263	-0.0697	-0.0274	-0.0056	0.0499	-0.0807	-0	0.2181	0.1085	-0.0165	0.3401	-0.0318	0.1087	22.4866	3.2354	23.1476
11	0.0836	-0.0206	0.0193	0.0848	0.0106	0.1469	0.118	0.2101	0.0162	0.0255	-0.1136	0.0985	0.0994	0.0622	-0.067	0.1402	0.0552	-0.017	0.2024	-0.0072	0.0551	15.0772	12.7717	25.9843
12	0.0201	0.0172	0.0007	0.0147	-0.0023	0.0242	0.1015	0.0523	-0.0481	-0.0703	-0.0152	0.0905	0.0436	0.0553	0	0.1265	0.0034	-0.0218	0.1271	-0.0144	0.1232	9.5823	9.3092	33.6355
13	0.1762	0.1082	-0.1109	0.0601	-0.0758	0.3376	-0.0107	0.1121	-0.3231	0.1198	0.0172	-0.0644	-0.0753	-0.0203	0.002	0.1146	-0.0303	-0.0103	0.0969	0.0017	0.2196	6.5568	1.9836	42.5204
14	0.1708	0.0597	0.1881	0.5193	0.4808	0.5208	-0.0179	0.0313	0.0129	-0.0565	-0.0543	0.1381	0.0015	0.0065	-0.2561	0.089	0.0048	-0.0014	0.0877	0.0171	0.093	13.4348	17.1723	37.8309
15	0.0249	-0.0115	-0.0088	0.0309	0.0159	0.0074	-0.0227	-0.1325	0.0023	-0.2079	-0.0946	0.1523	-0.2812	0.1342	-0.0004	0.2119	-0.0078	-0.0623	0.0986	-0.0004	0.2129	13.4274	32.7573	36.5808
16	0.0629	-0.0487	0.0833	0.0352	-0.0618	0.099	-0.0501	0.0022	0.1777	0.0209	0.0208	0.0715	0.0336	-0.0098	-0	0.088	0.001	0.0017	0.1003	0.0043	0.137	16.9708	19.9453	44.1331
17	0.0039	-0.0023	0.0045	0.0039	0.0005	0.0053	-0.0405	0.011	-0.295	0.2024	0.1583	0.0828	-0.0697	0.1857	-0.0001	0.1496	0.0149	-0.0182	0.1554	0.0104	0.2356	-3.2497	18.6593	48.6523
18	0.0191	0.0138	-0.0138	0.0105	-0.0097	0.0064	-0.2589	0.3188	-0.3381	0.1076	0.2323	-0.1812	0.2003	-0.3171	-0.0001	0.2449	0.0052	0.0112	0.1983	-0.0147	0.3344	-6.3678	13.8805	52.9716
19	0.3643	-0.4801	-0.0413	0.6329	0.0406	0.0034	-0.0262	-0.0234	0.1641	0.0034	0.0034	0.1298	-0.0075	0.0228	-0	0.1053	-0.0005	-0.0037	0.1015	0.0024	0.1504	15.0605	19.5746	43.9687
20	0.0014	0.0032	-0.0053	0.0053	-0.0087	0.0141	-0.0986	-0.0273	0.0839	-0.2117	-0.0185	0.0003	-0.2184	-0.0168	0.0003	0.262	-0.0593	-0.0768	0.2555	0.0668	0.1931	23.5285	23.9602	29.0504

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	(CHAIN A AND RESID 3:41)
2	X-RAY DIFFRACTION	2	(CHAIN A AND RESID 42:45)
3	X-RAY DIFFRACTION	3	(CHAIN A AND RESID 46:57)
4	X-RAY DIFFRACTION	4	(CHAIN A AND RESID 58:94)
5	X-RAY DIFFRACTION	5	(CHAIN A AND RESID 95:99)
6	X-RAY DIFFRACTION	6	(CHAIN A AND RESID 100:111)
7	X-RAY DIFFRACTION	7	(CHAIN A AND RESID 112:115)
8	X-RAY DIFFRACTION	8	(CHAIN A AND RESID 116:124)
9	X-RAY DIFFRACTION	9	(CHAIN A AND RESID 125:129)
10	X-RAY DIFFRACTION	10	(CHAIN A AND RESID 130:133)
11	X-RAY DIFFRACTION	11	(CHAIN A AND RESID 134:143)
12	X-RAY DIFFRACTION	12	(CHAIN A AND RESID 144:147)
13	X-RAY DIFFRACTION	13	(CHAIN A AND RESID 148:159)
14	X-RAY DIFFRACTION	14	(CHAIN A AND RESID 160:191)
15	X-RAY DIFFRACTION	15	(CHAIN A AND RESID 192:196)
16	X-RAY DIFFRACTION	16	(CHAIN A AND RESID 197:209)
17	X-RAY DIFFRACTION	17	(CHAIN A AND RESID 210:213)
18	X-RAY DIFFRACTION	18	(CHAIN A AND RESID 214:227)
19	X-RAY DIFFRACTION	19	(CHAIN A AND RESID 228:255)
20	X-RAY DIFFRACTION	20	(CHAIN A AND RESID 256:260)

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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