PDB-2ymm: Sulfate bound L-haloacid dehalogenase from a Rhodobacteraceae fam...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2ymm

タイトル

Sulfate bound L-haloacid dehalogenase from a Rhodobacteraceae family bacterium

要素

L-HALOACID DEHALOGENASE

キーワード

HYDROLASE

機能・相同性

機能・相同性情報

(S)-2-haloacid dehalogenase / (S)-2-haloacid dehalogenase activity
類似検索 - 分子機能

生物種

RHODOBACTERACEAE (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.64 Å

データ登録者

Novak, H.R. / Sayer, C. / Isupov, M.N. / Paszkiewicz, K. / Gotz, D. / Spragg, A.M. / Littlechild, J.A.

引用

ジャーナル: FEBS J. / 年: 2013
タイトル: Marine Rhodobacteraceae L-Haloacid Dehalogenase Contains a Novel His/Glu Dyad that Could Activate the Catalytic Water.
著者: Novak, H.R. / Sayer, C. / Isupov, M.N. / Paszkiewicz, K. / Gotz, D. / Mearns Spragg, A. / Littlechild, J.A.

履歴

登録	2012年10月9日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2013年5月1日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2013年9月25日	Group: Atomic model
改定 1.2	2023年12月20日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2ymm.cif.gz	212.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2ymm.ent.gz	172.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2ymm.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	2ymm_validation.pdf.gz	462.5 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2ymm_full_validation.pdf.gz	471.9 KB	表示
XML形式データ	2ymm_validation.xml.gz	43.8 KB	表示
CIF形式データ	2ymm_validation.cif.gz	64.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ym/2ymm ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ym/2ymm	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2ymlSC 2ympC 2ymqC 2yn4C S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	2ymp-d 4dif-2 2id4-1 4ce6-d 2ymq-d 4cf3-1 4cf5-1 4cf4-d 2yml-d 2jfd-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#220 - 2018年4月脱ハロゲン酵素 (Dehalogenases) 類似性 (5) #118 - 2009年10月ナトリウム・カリウムポンプ (Sodium-Potassium Pump) 類似性 (1)

登録構造単位

A: L-HALOACID DEHALOGENASE

B: L-HALOACID DEHALOGENASE

C: L-HALOACID DEHALOGENASE

D: L-HALOACID DEHALOGENASE

ヘテロ分子

103 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

C: L-HALOACID DEHALOGENASE

D: L-HALOACID DEHALOGENASE

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
51.7 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

A: L-HALOACID DEHALOGENASE

B: L-HALOACID DEHALOGENASE

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
51.7 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	42.780, 68.550, 283.290
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

非結晶学的対称性 (NCS)

NCS oper:

ID	Code	Matrix	ベクター
1	given	(-0.99993, 0.01095, 0.00383), (0.00529, 0.72422, -0.68955), (-0.01032, -0.68948, -0.72423)	-19.12816, -57.95612, -145.3053
2	given	(-0.99993, 0.01095, 0.00383), (0.00529, 0.72422, -0.68955), (-0.01032, -0.68948, -0.72423)	-19.12816, -57.95612, -145.3053
3	given	(-0.99883, 0.00663, -0.04797), (0.03005, -0.69197, -0.7213), (-0.03798, -0.7219, 0.69096)	-6.09838, -66.372, 71.88003

#1: タンパク質	L-HALOACID DEHALOGENASE 分子量: 25746.334 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) RHODOBACTERACEAE (バクテリア) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): RIPL / 参照: UniProt: R4GRT2*PLUS
#2: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 812 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
配列の詳細	SEQUENCE MATCHES TO GENBANK JX868516

-
実験

実験	手法: X線回折

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.9 Å³/Da / 溶媒含有率: 37.1 % / 解説: NONE

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.97
検出器	タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.64→55.34 Å / Num. obs: 97923 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 12.8 % / R_merge(I) obs: 0.08 / Net I/σ(I): 18.2
反射シェル	解像度: 1.64→1.68 Å / R_merge(I) obs: 0.83 / Mean I/σ(I) obs: 3.4 / % possible all: 99.8

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.7.0029	精密化
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2YML

2yml

解像度: 1.64→55.47 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.971 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.957 / SU B: 1.876 / SU ML: 0.065 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.099 / ESU R Free: 0.1 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.20502	5153	5 %	RANDOM
R_work	0.16301	-	-	-
obs	0.1651	97923	99.82 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 23.791 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.36 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	0.49 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.85 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.64→55.47 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6940	0	20	812	7772

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.01	0.019	7899
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.42	1.982	10981
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.178	5	1135
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	32.618	24.012	344
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.115	15	1321
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	19.045	15	53
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.092	0.2	1288
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.008	0.021	6181
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 1.642→1.684 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.34	393	-
R_work	0.272	7086	-
obs	-	-	99.67 %

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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