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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2yku | ||||||
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タイトル | Structural Determinants of the Beta-Selectivity of a Bacterial Aminotransferase | ||||||
![]() | BETA-TRANSAMINASE | ||||||
![]() | TRANSFERASE | ||||||
機能・相同性 | ![]() | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Wybenga, G.G. / Crismaru, C.G. / Janssen, D.B. / Dijkstra, B.W. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Structural Determinants of the Beta-Selectivity of a Bacterial Aminotransferase. 著者: Wybenga, G.G. / Crismaru, C.G. / Janssen, D.B. / Dijkstra, B.W. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 280.5 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 225.7 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 49592.793 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 詳細: SCHIFF BASE BETWEEN K280 ETA-AMINE AND THE C4A OF THE PLP COFACTOR 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() #2: 化合物 | #3: 化合物 | #4: 化合物 | ChemComp-EDO / #5: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.82 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.36 % / 解説: NONE |
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結晶化 | 詳細: 0.1 M HEPES PH 7.5, 8% V/V ETHYLENE GLYCOL, 10 % W/V PEG 8K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2009年7月27日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.933 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.9→48.35 Å / Num. obs: 129742 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 2.6 % / Biso Wilson estimate: 16.8 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.06 / Net I/σ(I): 12.6 |
反射 シェル | 解像度: 1.9→2 Å / 冗長度: 2.6 % / Rmerge(I) obs: 0.33 / Mean I/σ(I) obs: 3.2 / % possible all: 99.8 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: PDB ENTRIES 2E7U,2CY8,1OHV 解像度: 1.9→96.03 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.958 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.941 / SU B: 2.44 / SU ML: 0.072 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.118 / ESU R Free: 0.111 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 20.688 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.9→96.03 Å
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拘束条件 |
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