PDB-2yks: PENTAMERIC LIGAND GATED ION CHANNEL ELIC MUTANT F246A

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2yks

タイトル

PENTAMERIC LIGAND GATED ION CHANNEL ELIC MUTANT F246A

要素

CYS-LOOP LIGAND-GATED ION CHANNEL

キーワード

TRANSPORT PROTEIN / MEMBRANE PROTEIN / PROKARYOTIC CYS-LOOP RECEPTOR / CATION SELECTIVE CHANNEL

機能・相同性

機能・相同性情報

extracellular ligand-gated monoatomic ion channel activity / transmembrane signaling receptor activity / identical protein binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

ERWINIA CHRYSANTHEMI (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 3.3 Å

データ登録者

Zimmermann, I. / Dutzler, R.

引用

ジャーナル: Plos Biol. / 年: 2011
タイトル: Ligand Activation of the Prokaryotic Pentameric Ligand-Gated Ion Channel Elic.
著者: Zimmermann, I. / Dutzler, R.

履歴

登録	2011年5月30日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2011年7月6日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年11月16日	Group: Database references / Version format compliance
改定 1.2	2023年12月20日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Other / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2yks.cif.gz	1.2 MB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2yks.ent.gz	1 MB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2yks.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	2yks_validation.pdf.gz	537.1 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2yks_full_validation.pdf.gz	722.8 KB	表示
XML形式データ	2yks_validation.xml.gz	124.6 KB	表示
CIF形式データ	2yks_validation.cif.gz	159.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yk/2yks ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yk/2yks	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2vl0S S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	5lid-1 5heo-2 2vl0-1 5hew-2 4twd-1 3uq5-1 3uq5-2 3uq4-1 4twf-1 3uq4-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#191 - 2015年11月グルタミン酸開閉型塩化物イオン受容体 (Glutamate-gated Chloride Receptors) 類似性 (5) #71 - 2005年11月アセチルコリン受容体 (Acetylcholine Receptor) 類似性 (5)

登録構造単位

A: CYS-LOOP LIGAND-GATED ION CHANNEL

B: CYS-LOOP LIGAND-GATED ION CHANNEL

C: CYS-LOOP LIGAND-GATED ION CHANNEL

D: CYS-LOOP LIGAND-GATED ION CHANNEL

E: CYS-LOOP LIGAND-GATED ION CHANNEL

F: CYS-LOOP LIGAND-GATED ION CHANNEL

G: CYS-LOOP LIGAND-GATED ION CHANNEL

H: CYS-LOOP LIGAND-GATED ION CHANNEL

I: CYS-LOOP LIGAND-GATED ION CHANNEL

J: CYS-LOOP LIGAND-GATED ION CHANNEL

367 kDa, 10 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: CYS-LOOP LIGAND-GATED ION CHANNEL

B: CYS-LOOP LIGAND-GATED ION CHANNEL

C: CYS-LOOP LIGAND-GATED ION CHANNEL

D: CYS-LOOP LIGAND-GATED ION CHANNEL

E: CYS-LOOP LIGAND-GATED ION CHANNEL

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
184 kDa, 5 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

F: CYS-LOOP LIGAND-GATED ION CHANNEL

G: CYS-LOOP LIGAND-GATED ION CHANNEL

H: CYS-LOOP LIGAND-GATED ION CHANNEL

I: CYS-LOOP LIGAND-GATED ION CHANNEL

J: CYS-LOOP LIGAND-GATED ION CHANNEL

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
184 kDa, 5 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	105.502, 266.147, 110.851
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 109.52, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID
1	1
2	1
3	1
4	1
5	1
6	1
7	1
8	1
9	1
10	1

NCSドメイン領域:

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Selection details
1	1	1	CHAIN A AND (RESSEQ 11:316 )
2	1	1	CHAIN B AND (RESSEQ 11:316 )
3	1	1	CHAIN C AND (RESSEQ 11:316 )
4	1	1	CHAIN D AND (RESSEQ 11:316 )
5	1	1	CHAIN E AND (RESSEQ 11:316 )
6	1	1	CHAIN F AND (RESSEQ 11:316 )
7	1	1	CHAIN G AND (RESSEQ 11:316 )
8	1	1	CHAIN H AND (RESSEQ 11:316 )
9	1	1	CHAIN I AND (RESSEQ 11:316 )
10	1	1	CHAIN J AND (RESSEQ 11:316 )

NCS oper:

ID	Code	Matrix	ベクター
1	given	(0.3129, 0.9111, -0.2682), (-0.9378, 0.3411, 0.0648), (0.1505, 0.2312, 0.9612)	-42.7832, -124.505, 23.8259
2	given	(-0.7953, 0.536, -0.2832), (-0.6056, -0.7234, 0.3316), (-0.0271, 0.4352, 0.8999)	-175.6276, -125.9225, 11.4395
3	given	(-0.7987, -0.6012, -0.0254), (0.5322, -0.7254, 0.4365), (-0.2809, 0.3351, 0.8993)	-215.7059, -2.6809, -19.4771
4	given	(0.3117, -0.9387, 0.1474), (0.9117, 0.3392, 0.232), (-0.2678, 0.062, 0.9615)	-107.4661, 75.8891, -27.0288
5	given	(-0.0368, 0.0834, -0.9958), (-0.001, 0.9965, 0.0835), (0.9993, 0.004, -0.0366)	-132.9228, 69.4292, 34.9397
6	given	(-0.2811, 0.9298, -0.2376), (0.0951, 0.2733, 0.9572), (0.955, 0.2464, -0.1653)	-31.4492, 27.3766, 54.3869
7	given	(-0.2601, 0.4779, 0.839), (0.3541, -0.7612, 0.5433), (0.8983, 0.4385, 0.0287)	-41.9641, -82.0216, 78.4957
8	given	(0.0019, -0.6568, 0.7541), (0.4224, -0.683, -0.5959), (0.9064, 0.3197, 0.2761)	-151.0505, -108.405, 74.3211
9	given	(0.1401, -0.9155, -0.3772), (0.1977, 0.3991, -0.8953), (0.9702, 0.0508, 0.237)	-209.1301, -15.6469, 47.4947

#1: タンパク質	CYS-LOOP LIGAND-GATED ION CHANNEL / ELIC 分子量: 36745.855 Da / 分子数: 10 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) ERWINIA CHRYSANTHEMI (バクテリア) 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P0C7B7
構成要素の詳細	ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, PHE 246 TO ALA ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN B, PHE 246 TO ALA ...ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, PHE 246 TO ALA ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN B, PHE 246 TO ALA ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN C, PHE 246 TO ALA ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN D, PHE 246 TO ALA ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN E, PHE 246 TO ALA ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN F, PHE 246 TO ALA ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN G, PHE 246 TO ALA ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN H, PHE 246 TO ALA ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN I, PHE 246 TO ALA ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN J, PHE 246 TO ALA

#1: タンパク質

CYS-LOOP LIGAND-GATED ION CHANNEL / ELIC

分子量: 36745.855 Da / 分子数: 10 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

ERWINIA CHRYSANTHEMI (バクテリア)
発現宿主:

ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P0C7B7

構成要素の詳細

ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, PHE 246 TO ALA ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN B, PHE 246 TO ALA ...

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.99 Å³/Da / 溶媒含有率: 69.19 % / 解説: NONE
結晶化	pH: 6.5 / 詳細: 50MM ADA PH6.5, 200MM NALISO4, 10% (W/V) PEG4000

-
データ収集

回折	平均測定温度: 90 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 1.045
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2010年10月15日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.045 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 3.3→133.07 Å / Num. obs: 140127 / % possible obs: 88.3 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 3.5 % / B_iso Wilson estimate: 103.02 Å² / R_merge(I) obs: 0.05 / Net I/σ(I): 11.08
反射シェル	解像度: 3.38→10.09 Å / R_merge(I) obs: 0.45 / Mean I/σ(I) obs: 1.9 / % possible all: 78.3

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(PHENIX.REFINE: 1.7_650)	精密化
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2VL0

2vl0

解像度: 3.3→19.97 Å / SU ML: 0.43 / σ(F): 0 / 位相誤差: 30.43 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.265	4267	5.1 %
R_work	0.242	-	-
obs	0.243	84276	98.2 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.95 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 70.18 Å² / k_sol: 0.27 e/Å³

原子変位パラメータ

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	7.7051 Å²	0 Å²	29.1687 Å²
2-	-	-23.5347 Å²	0 Å²
3-	-	-	15.8296 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 3.3→19.97 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	24950	0	0	0	24950

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.015	25620
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.516	34930
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	16.738	9200
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.102	3900
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.011	4450

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Refine-ID	タイプ	Rms dev position (Å)
1	1	A	2495	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL
1	2	B	2495	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.129
1	3	C	2495	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.122
1	4	D	2495	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.14
1	5	E	2495	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.122
1	6	F	2495	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.128
1	7	G	2495	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.138
1	8	H	2495	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.109
1	9	I	2495	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.127
1	10	J	2495	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.124

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
3.3001-3.3375	0.4171	83	0.4142	1575	X-RAY DIFFRACTION	59
3.3375-3.3765	0.4729	129	0.3903	2543	X-RAY DIFFRACTION	93
3.3765-3.4175	0.3961	152	0.3644	2694	X-RAY DIFFRACTION	100
3.4175-3.4606	0.3557	138	0.3504	2706	X-RAY DIFFRACTION	100
3.4606-3.5059	0.3807	145	0.3456	2685	X-RAY DIFFRACTION	100
3.5059-3.5536	0.3515	143	0.3402	2713	X-RAY DIFFRACTION	100
3.5536-3.6041	0.4106	153	0.3244	2677	X-RAY DIFFRACTION	100
3.6041-3.6576	0.3298	149	0.3122	2724	X-RAY DIFFRACTION	100
3.6576-3.7144	0.318	131	0.3041	2714	X-RAY DIFFRACTION	100
3.7144-3.7749	0.3274	161	0.3104	2718	X-RAY DIFFRACTION	100
3.7749-3.8395	0.3267	136	0.2781	2700	X-RAY DIFFRACTION	100
3.8395-3.9088	0.3108	147	0.2747	2721	X-RAY DIFFRACTION	100
3.9088-3.9834	0.2852	149	0.2705	2681	X-RAY DIFFRACTION	100
3.9834-4.0641	0.2891	137	0.2699	2724	X-RAY DIFFRACTION	100
4.0641-4.1517	0.3206	130	0.2472	2708	X-RAY DIFFRACTION	100
4.1517-4.2473	0.2874	140	0.2455	2725	X-RAY DIFFRACTION	100
4.2473-4.3525	0.2853	145	0.2334	2686	X-RAY DIFFRACTION	100
4.3525-4.4689	0.2702	144	0.22	2724	X-RAY DIFFRACTION	100
4.4689-4.5989	0.2081	165	0.203	2707	X-RAY DIFFRACTION	100
4.5989-4.7454	0.2031	129	0.1953	2708	X-RAY DIFFRACTION	100
4.7454-4.9126	0.2529	135	0.2055	2719	X-RAY DIFFRACTION	100
4.9126-5.1061	0.2223	144	0.205	2693	X-RAY DIFFRACTION	100
5.1061-5.3343	0.2215	162	0.2047	2730	X-RAY DIFFRACTION	100
5.3343-5.6096	0.2358	147	0.2099	2712	X-RAY DIFFRACTION	100
5.6096-5.9523	0.2082	153	0.208	2702	X-RAY DIFFRACTION	100
5.9523-6.3978	0.2151	147	0.2219	2716	X-RAY DIFFRACTION	100
6.3978-7.0162	0.2949	133	0.2514	2754	X-RAY DIFFRACTION	100
7.0162-7.9743	0.2726	158	0.233	2684	X-RAY DIFFRACTION	99
7.9743-9.8424	0.1924	135	0.1926	2742	X-RAY DIFFRACTION	100
9.8424-19.9701	0.2459	147	0.2341	2724	X-RAY DIFFRACTION	99

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)