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万見
- PDB-2yka: RRM domain of mRNA export adaptor REF2-I bound to HVS ORF57 peptide -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2yka
タイトルRRM domain of mRNA export adaptor REF2-I bound to HVS ORF57 peptide
要素
  • 52 KDA IMMEDIATE-EARLY PHOSPHOPROTEIN
  • RNA AND EXPORT FACTOR-BINDING PROTEIN 2
キーワードRNA BINDING PROTEIN/TRANSCRIPTION / RNA BINDING PROTEIN-TRANSCRIPTION COMPLEX / RNA BINDING PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


mRNA transport / mRNA export from nucleus / RNA splicing / spliceosomal complex / mRNA processing / single-stranded DNA binding / host cell cytoplasm / molecular adaptor activity / mRNA binding / host cell nucleus ...mRNA transport / mRNA export from nucleus / RNA splicing / spliceosomal complex / mRNA processing / single-stranded DNA binding / host cell cytoplasm / molecular adaptor activity / mRNA binding / host cell nucleus / regulation of DNA-templated transcription / RNA binding / nucleus / metal ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Chromatin target of PRMT1 protein, C-terminal / C-terminal duplication domain of Friend of PRMT1 / C-terminal duplication domain of Friend of PRMT1 / Herpesvirus ICP27-like / Herpesvirus transcriptional regulator family / RRM (RNA recognition motif) domain / RNA recognition motif / RNA recognition motif / Eukaryotic RNA Recognition Motif (RRM) profile. / RNA recognition motif domain ...Chromatin target of PRMT1 protein, C-terminal / C-terminal duplication domain of Friend of PRMT1 / C-terminal duplication domain of Friend of PRMT1 / Herpesvirus ICP27-like / Herpesvirus transcriptional regulator family / RRM (RNA recognition motif) domain / RNA recognition motif / RNA recognition motif / Eukaryotic RNA Recognition Motif (RRM) profile. / RNA recognition motif domain / RNA-binding domain superfamily / Nucleotide-binding alpha-beta plait domain superfamily / Alpha-Beta Plaits / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
mRNA export factor ICP27 homolog / Aly/REF export factor 2
類似検索 - 構成要素
生物種MUS MUSCULUS (ハツカネズミ)
SAIMIRIINE HERPESVIRUS 2 (ヘルペスウイルス)
手法溶液NMR / torsion angle dynamics
データ登録者Tunnicliffe, R.B. / Hautbergue, G.M. / Kalra, P. / Wilson, S.A. / Golovanov, A.P.
引用ジャーナル: Plos Pathog. / 年: 2014
タイトル: Competitive and Cooperative Interactions Mediate RNA Transfer from Herpesvirus Saimiri Orf57 to the Mammalian Export Adaptor Alyref.
著者: Tunnicliffe, R.B. / Hautbergue, G.M. / Wilson, S.A. / Kalra, P. / Golovanov, A.P.
履歴
登録2011年5月26日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02012年6月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年2月26日Group: Database references
改定 2.02024年5月15日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Database references / Other
カテゴリ: atom_site / chem_comp_atom ...atom_site / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_cs / _pdbx_database_status.status_code_mr

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: RNA AND EXPORT FACTOR-BINDING PROTEIN 2
B: 52 KDA IMMEDIATE-EARLY PHOSPHOPROTEIN


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,1042
ポリマ－16,1042
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 100structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1

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要素

#1: タンパク質 RNA AND EXPORT FACTOR-BINDING PROTEIN 2 / REF2-I


分子量: 13596.133 Da / 分子数: 1 / 断片: RRM DOMAIN, RESIDUES 53-155 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) MUS MUSCULUS (ハツカネズミ) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) RP / 参照: UniProt: Q9JJW6
#2: タンパク質・ペプチド 52 KDA IMMEDIATE-EARLY PHOSPHOPROTEIN / ORF57 PROTEIN


分子量: 2507.809 Da / 分子数: 1 / 断片: RESIDUES 103-120 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: REF/ALY INTERACTION FRAGMENT OF ORF57 PROTEIN
由来: (組換発現) SAIMIRIINE HERPESVIRUS 2 (ヘルペスウイルス)
発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) RP / 参照: UniProt: P13199
配列の詳細REF2-I RESIDUES 54-155. N-TERMINAL SEQUENCE MASMTGGQQMGRDP AND C-TERMINAL LEHHHHHH FROM CLONING. ...REF2-I RESIDUES 54-155. N-TERMINAL SEQUENCE MASMTGGQQMGRDP AND C-TERMINAL LEHHHHHH FROM CLONING. HVS ORF57 RESIDUES 103-120. N-TERMINAL SEQUENCE GPLGS FROM CLONING.

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
111HSQC
121HNCA
131CBCA(CO)NH
141HN(CA)CB
151HNCO
161HN(CA)CO
171TOCSY-HSQC
181HBHA(CO)NH
191(H)CCH-TOCSY
1101CCH-TOCSY
1111NOESY-HSQC HSQC
1121HNCA
1131CBCA(CO)NH
1141HN(CA)CB
1151HNCO
1161TOCSY- HSQC
1171HBHA(CO)NH
1181NOESY- HSQC
1191FILTERED 13C- NOESY
NMR実験の詳細Text: NONE

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試料調製

詳細内容: 90% WATER/10% D2O
試料状態イオン強度: 50 mM / pH: 6.2 / 圧: 1.0 atm / 温度: 303.0 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker DRXBrukerDRX6001
Varian INOVAVarianINOVA8002

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
CYANA2.1P. GUNTERT ET AL.精密化
CYANA2.1構造決定
精密化手法: torsion angle dynamics / ソフトェア番号: 1
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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