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- PDB-2yk7: Structure of Neisseria LOS-specific sialyltransferase (NST), in c... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2yk7
タイトルStructure of Neisseria LOS-specific sialyltransferase (NST), in complex with CMP-3F-Neu5Ac.
要素CMP-N-ACETYLNEURAMINATE-BETA-GALACTOSAMIDE-ALPHA-2,3-SIALYLTRANSFERASE
キーワードTRANSFERASE
機能・相同性
機能・相同性情報


N-acetyllactosaminide alpha-2,3-sialyltransferase / lipopolysaccharide biosynthetic process / glycosyltransferase activity / cell outer membrane
類似検索 - 分子機能
Barnase; Chain D - #20 / Glycosyltransferase family 52 / Glycosyltransferase family 52 / Barnase; Chain D / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-CSF / N-acetyllactosaminide alpha-2,3-sialyltransferase
類似検索 - 構成要素
生物種NEISSERIA MENINGITIDIS SEROGROUP B (髄膜炎菌)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.18 Å
データ登録者Lin, L.Y.C. / Rakic, B. / Chiu, C.P.C. / Lameignere, E. / Wakarchuk, W.W. / Withers, S.G. / Strynadka, N.C.J.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2011
タイトル: Structure and Mechanism of the Lipooligosaccharide Sialyltransferase from Neisseria Meningitidis
著者: Lin, L.Y.C. / Rakic, B. / Chiu, C.P.C. / Lameignere, E. / Wakarchuk, W.W. / Withers, S.G. / Strynadka, N.C.J.
履歴
登録2011年5月25日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02011年8月31日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年11月2日Group: Database references
改定 1.22014年12月3日Group: Data collection
改定 1.32019年9月25日Group: Data collection / Experimental preparation / Other / カテゴリ: exptl_crystal_grow / pdbx_database_status
Item: _exptl_crystal_grow.method / _pdbx_database_status.status_code_sf
改定 1.42023年12月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: CMP-N-ACETYLNEURAMINATE-BETA-GALACTOSAMIDE-ALPHA-2,3-SIALYLTRANSFERASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,4554
ポリマ－37,5221
非ポリマー9333
水2,666148
1
A: CMP-N-ACETYLNEURAMINATE-BETA-GALACTOSAMIDE-ALPHA-2,3-SIALYLTRANSFERASE
ヘテロ分子

A: CMP-N-ACETYLNEURAMINATE-BETA-GALACTOSAMIDE-ALPHA-2,3-SIALYLTRANSFERASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)76,9108
ポリマ－75,0442
非ポリマー1,8666
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_555x,-y,-z1
Buried area12830 Å2
ΔGint-86 kcal/mol
Surface area27330 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)42.762, 101.413, 166.570
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221

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要素

#1: タンパク質 CMP-N-ACETYLNEURAMINATE-BETA-GALACTOSAMIDE-ALPHA-2,3-SIALYLTRANSFERASE / ALPHA 2\ / 3-ST / BETA-GALACTOSIDE ALPHA-2\ / 3-SIALYL TRANSFERASE / LIPOOLIGOSACCHARIDE ...ALPHA 2\ / 3-ST / BETA-GALACTOSIDE ALPHA-2\ / 3-SIALYL TRANSFERASE / LIPOOLIGOSACCHARIDE SIALYLTRANSFERASE / LOS-SPECIFIC SIALYLTRANSFERASE


分子量: 37522.109 Da / 分子数: 1 / 断片: DELTA29NST, RESIDUES 49-370 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) NEISSERIA MENINGITIDIS SEROGROUP B (髄膜炎菌)
株: 126E / NRCC4010 / Variant: L1 IMMUNOTYPE / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: P72097, 転移酵素; グリコシル基を移すもの; その他のグリコシル基を移すもの
#2: 化合物 ChemComp-CSF / CYTIDINE-5'-MONOPHOSPHATE-3-FLUORO-N-ACETYL-NEURAMINIC ACID / CMP-3FNEUAC


タイプ: RNA linking / 分子量: 632.442 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C20H30FN4O16P
#3: 化合物 ChemComp-1PE / PENTAETHYLENE GLYCOL / PEG400 / ペンタエチレングリコ-ル


分子量: 238.278 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H22O6 / コメント: 沈殿剤*YM
#4: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 148 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
配列の詳細E40D, R102W, G168I, T242, AND K273N ARE NATURAL VARIANTS IN THE STRAIN N. MENINGITIDIS SEROTYPE B ...E40D, R102W, G168I, T242, AND K273N ARE NATURAL VARIANTS IN THE STRAIN N. MENINGITIDIS SEROTYPE B 126E / NRCC4010.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.44 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.52 % / 解説: NONE
結晶化手法: 蒸気拡散法 / pH: 4.4
詳細: PROTEIN WAS CRYSTALLIZED BY VAPOR DIFFUSION METHODS USING DROPS OF PROTEIN MIXED WITH AN EQUAL VOLUME OF PRECIPITANT: 180MM TRI-SODIUM CITRATE, 5 MM MNCL2, 20%(V/V) PEG 1500, PH 6.25 .

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.54
検出器タイプ: MAR scanner 345 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 詳細: X-RAY MIRRORS OSMIC VARIMAXHR
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.18→83.33 Å / Num. obs: 19377 / % possible obs: 97.1 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 7.6 % / Rmerge(I) obs: 0.01 / Net I/σ(I): 23.9
反射 シェル解像度: 2.18→2.22 Å / 冗長度: 5.4 % / Rmerge(I) obs: 0.05 / Mean I/σ(I) obs: 2.64 / % possible all: 84.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.5.0110精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2YK4

2yk4


解像度: 2.18→83.33 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.947 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.919 / SU B: 5.671 / SU ML: 0.146 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.292 / ESU R Free: 0.23 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.25786 957 5.1 %RANDOM
Rwork0.19806 ---
obs0.20103 17844 96.95 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 29.876 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.88 Å20 Å20 Å2
2--1.1 Å20 Å2
3----0.23 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.18→83.33 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2612 0 62 148 2822
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0170.0222742
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.7651.9913709
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.9775321
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.08424.016122
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.66515471
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.3241512
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1120.2404
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.0212037
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.9081.51610
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.56322610
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.42531132
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.44.51099
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.181→2.238 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.34 66 -
Rwork0.263 1142 -
obs--85.49 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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