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- PDB-2yjz: Rat STEAP4 oxidoreductase domain complexed with NADP -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2yjz
タイトルRat STEAP4 oxidoreductase domain complexed with NADP
要素METALLOREDUCTASE STEAP4
キーワードOXIDOREDUCTASE / METABOLIC SYNDROME
機能・相同性
機能・相同性情報


酸化還元酵素; 金属イオンを酸化する; NADHまたはNADPHを電子供与体とする / ferric-chelate reductase (NADPH) activity / Transferrin endocytosis and recycling / cupric reductase (NADH) activity / copper ion import / iron import into cell / fat cell differentiation / protein homotrimerization / FAD binding / early endosome membrane ...酸化還元酵素; 金属イオンを酸化する; NADHまたはNADPHを電子供与体とする / ferric-chelate reductase (NADPH) activity / Transferrin endocytosis and recycling / cupric reductase (NADH) activity / copper ion import / iron import into cell / fat cell differentiation / protein homotrimerization / FAD binding / early endosome membrane / electron transfer activity / endosome / Golgi membrane / heme binding / metal ion binding / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
: / Ferric reductase transmembrane component-like domain / Ferric reductase like transmembrane component / Pyrroline-5-carboxylate reductase, catalytic, N-terminal / NADP oxidoreductase coenzyme F420-dependent / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / NAD(P)-binding domain superfamily / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / Metalloreductase STEAP4
類似検索 - 構成要素
生物種RATTUS NORVEGICUS (ドブネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Gauss, G.H. / Kleven, M.D. / Sendamarai, A.K. / Fleming, M.D. / Lawrence, C.M.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2013
タイトル: The Crystal Structure of Six-Transmembrane Epithelial Antigen of the Prostate 4 (Steap4), a Ferri/Cuprireductase, Suggests a Novel Interdomain Flavin-Binding Site.
著者: Gauss, G.H. / Kleven, M.D. / Sendamarai, A.K. / Fleming, M.D. / Lawrence, C.M.
履歴
登録2011年5月24日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02012年5月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年7月31日Group: Database references
改定 1.22023年12月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: METALLOREDUCTASE STEAP4
B: METALLOREDUCTASE STEAP4
C: METALLOREDUCTASE STEAP4
D: METALLOREDUCTASE STEAP4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)91,50913
ポリマ－88,0564
非ポリマー3,4549
水4,035224
1
A: METALLOREDUCTASE STEAP4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,8533
ポリマ－22,0141
非ポリマー8392
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: METALLOREDUCTASE STEAP4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,8533
ポリマ－22,0141
非ポリマー8392
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
C: METALLOREDUCTASE STEAP4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,9494
ポリマ－22,0141
非ポリマー9363
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
4
D: METALLOREDUCTASE STEAP4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,8533
ポリマ－22,0141
非ポリマー8392
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)69.228, 85.111, 128.035
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
31C
41D
12A
22C
13B
23D

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDRefine codeAuth asym-IDAuth seq-ID
1111A1 - 50
2111B1 - 50
3111C1 - 50
4111D1 - 50
1211A124 - 201
2211B124 - 201
3211C124 - 201
4211D124 - 201
1121A51 - 123
2121C51 - 123
1131B51 - 123
2131D51 - 123

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3

NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(-0.96511, -0.26131, -0.01643), (-0.26006, 0.96399, -0.05571), (0.0304, -0.04949, -0.99831)96.78766, 16.01169, 118.53529
2given(0.99945, 0.01992, -0.02634), (0.01991, -0.9998, -0.00057), (-0.02635, 4.0E-5, -0.99965)1.68163, 45.69936, 129.04858
3given(-0.96902, 0.24696, 0.00288), (-0.24644, -0.96761, 0.0548), (0.01631, 0.05239, 0.99849)83.80499, 53.13784, -10.88943

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要素

#1: タンパク質
METALLOREDUCTASE STEAP4 / SIX-TRANSMEMBRANE EPITHELIAL ANTIGEN OF PROSTATE 4 STEAP4


分子量: 22013.891 Da / 分子数: 4 / 断片: OXIDOREDUCTASE DOMAIN, RESIDUES 1-195 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) RATTUS NORVEGICUS (ドブネズミ) / プラスミド: PDEST14 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌)
参照: UniProt: Q4V8K1, 酸化還元酵素; 金属イオンを酸化する; NADHまたはNADPHを電子供与体とする
#2: 化合物
ChemComp-NAP / NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / 2'-MONOPHOSPHOADENOSINE 5'-DIPHOSPHORIBOSE


分子量: 743.405 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H28N7O17P3
#3: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 224 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.07 Å3/Da / 溶媒含有率: 41 % / 解説: NONE
結晶化pH: 5.5
詳細: 0.1 M BIS-TRIS HCL PH 5.5; 2.1 M AMMONIUM SULFATE; 0.001M NADPH.

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL7-1 / 波長: 0.99984
検出器タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2011年1月18日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.99984 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→50 Å / Num. obs: 39044 / % possible obs: 99.1 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 7.8 % / Rmerge(I) obs: 0.1 / Net I/σ(I): 7.9
反射 シェル解像度: 2.2→2.28 Å / 冗長度: 6.4 % / Rmerge(I) obs: 0.46 / Mean I/σ(I) obs: 2.8 / % possible all: 94.8

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.5.0109精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
MrBUMP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2VQ3

2vq3


解像度: 2.2→37 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.957 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.943 / SU B: 5.889 / SU ML: 0.151 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.292 / ESU R Free: 0.211 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. RESIDUES 1-18 AND 147-149 ARE DISORDERED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.23784 1948 5 %RANDOM
Rwork0.20285 ---
obs0.20471 36854 99.16 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 34.747 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.28 Å20 Å20 Å2
2--2.79 Å20 Å2
3----2.5 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.2→37 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5292 0 217 224 5733
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0210.0225610
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d00.023672
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.8612.0117632
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg3.89738980
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.1035690
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg39.4824.576236
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.67415910
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg14.8731532
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0990.2866
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.026127
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0090.021053
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2110.21012
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.2330.23374
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1820.22760
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.1050.22745
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1740.2264
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other0.1260.23
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.3120.225
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.3680.266
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1520.210
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.9851.53443
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.0211.51421
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.9125506
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.87332167
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.5454.52125
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数タイプRms dev position (Å)Weight position
11A1331tight positional0.070.05
12B1331tight positional0.070.05
13C1331tight positional0.120.05
14D1331tight positional0.070.05
21A953tight positional0.110.05
22C953tight positional0.110.05
31B953tight positional0.050.05
32D953tight positional0.050.05
11A1331tight thermal0.230.5
12B1331tight thermal0.210.5
13C1331tight thermal0.210.5
14D1331tight thermal0.210.5
21A953tight thermal0.240.5
22C953tight thermal0.240.5
31B953tight thermal0.220.5
32D953tight thermal0.220.5
LS精密化 シェル解像度: 2.2→2.257 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.32 124 -
Rwork0.247 2535 -
obs--94.16 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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