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万見
- PDB-2yip: Crystal Structure of Parasite Sarcocystis muris Microneme Protein... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2yip
タイトルCrystal Structure of Parasite Sarcocystis muris Microneme Protein SML- 2 in complex with 1-Thio-beta-D-Galactose (SPACEGROUP P212121)
要素MICRONEME ANTIGEN L2
キーワードSUGAR BINDING PROTEIN / APPLE-DOMAIN TANDEM REPEAT / PAN_AP / PAN_1 / GALACTOSE-BINDING LECTIN / CELLULAR ADHESION / MICRONEMAL PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


microneme / cytoplasmic vesicle / carbohydrate binding / cell adhesion / proteolysis / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Defensin A-like - #180 / PAN domain / Hepatocyte Growth Factor / Hepatocyte Growth Factor / divergent subfamily of APPLE domains / Apple domain / APPLE domain / PAN/Apple domain profile. / PAN domain / PAN/Apple domain ...Defensin A-like - #180 / PAN domain / Hepatocyte Growth Factor / Hepatocyte Growth Factor / divergent subfamily of APPLE domains / Apple domain / APPLE domain / PAN/Apple domain profile. / PAN domain / PAN/Apple domain / Defensin A-like / 3-Layer(bba) Sandwich / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
1-thio-beta-D-galactopyranose / Microneme antigen L2
類似検索 - 構成要素
生物種SARCOCYSTIS MURIS (はつかねずみ肉胞子虫)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.14 Å
データ登録者Mueller, J.J. / Heinemann, U.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2011
タイトル: Pan-Modular Structure of Microneme Protein Sml-2 from Parasite Sarcocystis Muris at 1.95 A Resolution and its Complex with 1-Thio-Beta-D-Galactose.
著者: Mueller, J.J. / Weiss, M.S. / Heinemann, U.
履歴
登録2011年5月16日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02011年11月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年11月30日Group: Database references
改定 1.22019年1月30日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Experimental preparation / Other
カテゴリ: exptl_crystal_grow / pdbx_database_proc ...exptl_crystal_grow / pdbx_database_proc / pdbx_database_status / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms
Item: _exptl_crystal_grow.method / _pdbx_database_status.recvd_author_approval
改定 1.32019年2月6日Group: Data collection / Experimental preparation / カテゴリ: diffrn_source / exptl_crystal_grow
Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _exptl_crystal_grow.temp
改定 1.42019年7月10日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_source / Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site
改定 1.52019年7月17日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_source / Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site
改定 1.62020年7月29日Group: Data collection / Derived calculations ...Data collection / Derived calculations / Other / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_database_status / pdbx_entity_nonpoly / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.name / _chem_comp.type ..._chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_entity_nonpoly.name
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.72023年12月20日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_ncs_dom_lim
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: MICRONEME ANTIGEN L2
B: MICRONEME ANTIGEN L2
C: MICRONEME ANTIGEN L2
D: MICRONEME ANTIGEN L2
E: MICRONEME ANTIGEN L2
F: MICRONEME ANTIGEN L2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)92,84732
ポリマ－90,5646
非ポリマー2,28326
水9,314517
1
A: MICRONEME ANTIGEN L2
B: MICRONEME ANTIGEN L2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,85010
ポリマ－30,1882
非ポリマー6628
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4700 Å2
ΔGint-61.5 kcal/mol
Surface area12540 Å2
手法PISA
2
C: MICRONEME ANTIGEN L2
D: MICRONEME ANTIGEN L2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,90610
ポリマ－30,1882
非ポリマー7188
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4840 Å2
ΔGint-63.4 kcal/mol
Surface area12470 Å2
手法PISA
3
E: MICRONEME ANTIGEN L2
F: MICRONEME ANTIGEN L2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,09112
ポリマ－30,1882
非ポリマー90310
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5220 Å2
ΔGint-50.2 kcal/mol
Surface area12500 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)53.310, 130.000, 158.850
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
12C
22D
13E
23F

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Beg auth comp-ID: VAL / Beg label comp-ID: VAL / End auth comp-ID: TYR / End label comp-ID: TYR / Refine code: 4 / Auth seq-ID: 7 - 130 / Label seq-ID: 7 - 130

Dom-IDEns-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
11AA
21BB
12CC
22DD
13EE
23FF

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3

NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(0.16025, 0.1529, -0.97516), (0.07097, -0.98716, -0.14311), (-0.98452, -0.04627, -0.16904)19.19785, 161.59627, 41.59678
2given(0.16025, 0.1529, -0.97516), (0.07097, -0.98716, -0.14311), (-0.98452, -0.04627, -0.16904)19.19785, 161.59627, 41.59678
3given(-0.01122, 0.00048, -0.99994), (0.02098, -0.99978, -0.00072), (-0.99972, -0.02099, 0.0112)148.19023, 160.14577, 148.27238

-
要素

#1: タンパク質
MICRONEME ANTIGEN L2 / LECTIN SML2 / LECTIN SML-2


分子量: 15094.004 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 天然
詳細: CYST MEROZOITES OF SARCOCYSTIS MURIS FROM SKELETAL MOUSE MUSCLES.
由来: (天然) SARCOCYSTIS MURIS (はつかねずみ肉胞子虫)
参照: UniProt: P81860
#2: 糖
ChemComp-YIO / 1-thio-beta-D-galactopyranose / (2R,3R,4S,5R,6S)-2-(HYDROXYMETHYL)-6-SULFANYL-OXANE-3,4,5-TRIOL / 1-thio-beta-D-galactose / 1-thio-D-galactose / 1-thio-galactose / β-D-チオガラクトシド


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 196.221 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H12O5S
識別子タイププログラム
b-D-Galp1SHIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
#3: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 13 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 517 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.06 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.8 % / 解説: NONE
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.9
詳細: VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP. PH 7.9, TEMPERATURE 291K. VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP. PROTEIN SOLUTION: 50 MM TRIS-HCL, 150 MM NACL, PH 8.3, 12MG/ML SML-2. RESERVOIR: 0.1 M HEPES, PH 7.5, 0. ...詳細: VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP. PH 7.9, TEMPERATURE 291K. VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP. PROTEIN SOLUTION: 50 MM TRIS-HCL, 150 MM NACL, PH 8.3, 12MG/ML SML-2. RESERVOIR: 0.1 M HEPES, PH 7.5, 0.1 M NACL, 1.7 M AMMONIUM SULFATE, 15% GLYCEROL. DROPLET: 1 MICROLITER PROTEIN SOLUTION: 1 MICROLITER RESERVOIR SOLUTION. PROTEIN:1-THIO-BETA-D-GALACTOSE MOLAR RATIO 1:100.

-
データ収集

回折平均測定温度: 110 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: EMBL/DESY, HAMBURG / ビームライン: BW7B / 波長: 0.8428
検出器タイプ: MAR scanner 345 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2000年5月19日 / 詳細: MIRRORS
放射モノクロメーター: SI(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.8428 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.14→35 Å / Num. obs: 61346 / % possible obs: 99.5 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 5 % / Biso Wilson estimate: 28.6 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.03 / Net I/σ(I): 38.6
反射 シェル解像度: 2.14→2.2 Å / 冗長度: 4.6 % / Rmerge(I) obs: 0.1 / Mean I/σ(I) obs: 14.1 / % possible all: 95.8

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.5.0109精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2YIL

2yil


解像度: 2.14→33.89 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.958 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.936 / SU B: 3.402 / SU ML: 0.091 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.158 / ESU R Free: 0.149 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. U VALUES REFINED INDIVIDUALLY.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.20242 3068 5 %RANDOM
Rwork0.15869 ---
obs0.16086 58275 100 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 29.115 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.01 Å20 Å20 Å2
2--0 Å20 Å2
3---0.01 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.14→33.89 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5985 0 127 517 6629
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0240.0216290
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.024110
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.9051.9498555
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.9593.0019995
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.5325779
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.59525.093269
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.23415952
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg12.2521512
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.120.2905
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.0216967
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021199
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.59723907
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.53921576
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.66936256
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it4.0034.52383
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it5.93662299
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

数: 1586 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-IDDom-IDAuth asym-IDタイプRms dev position (Å)Weight position
11Amedium positional0.70.5
12Bmedium positional0.70.5
21Cmedium positional0.60.5
22Dmedium positional0.60.5
31Emedium positional0.340.5
32Fmedium positional0.340.5
11Amedium thermal1.312
12Bmedium thermal1.312
21Cmedium thermal1.712
22Dmedium thermal1.712
31Emedium thermal0.992
32Fmedium thermal0.992
LS精密化 シェル解像度: 2.143→2.199 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.244 216 -
Rwork0.177 4088 -
obs--100 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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