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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2yid | ||||||
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タイトル | Crystal structure of the SucA domain of Mycobacterium smegmatis alpha- ketoglutarate decarboxylase in complex with the enamine-ThDP intermediate | ||||||
![]() | 2-OXOGLUTARATE DECARBOXYLASE | ||||||
![]() | LYASE / THDP-COVALENT ADDUCT | ||||||
機能・相同性 | ![]() 2-hydroxy-3-oxoadipate synthase / 2-oxoglutarate decarboxylase / 2-oxoglutarate decarboxylase activity / 2-hydroxy-3-oxoadipate synthase activity / oxoglutarate dehydrogenase (succinyl-transferring) / oxoglutarate dehydrogenase (succinyl-transferring) activity / dihydrolipoyllysine-residue succinyltransferase / dihydrolipoyllysine-residue succinyltransferase activity / oxoglutarate dehydrogenase complex / thiamine pyrophosphate binding ...2-hydroxy-3-oxoadipate synthase / 2-oxoglutarate decarboxylase / 2-oxoglutarate decarboxylase activity / 2-hydroxy-3-oxoadipate synthase activity / oxoglutarate dehydrogenase (succinyl-transferring) / oxoglutarate dehydrogenase (succinyl-transferring) activity / dihydrolipoyllysine-residue succinyltransferase / dihydrolipoyllysine-residue succinyltransferase activity / oxoglutarate dehydrogenase complex / thiamine pyrophosphate binding / tricarboxylic acid cycle / magnesium ion binding / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Wagner, T. / Bellinzoni, M. / Wehenkel, A.M. / O'Hare, H.M. / Alzari, P.M. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Functional Plasticity and Allosteric Regulation of Alpha-Ketoglutarate Decarboxylase in Central Mycobacterial Metabolism. 著者: Wagner, T. / Bellinzoni, M. / Wehenkel, A.M. / O'Hare, H.M. / Alzari, P.M. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 1.3 MB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 1.1 MB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCS oper:
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 97166.648 Da / 分子数: 4 / 断片: RESIDUES 361-1227 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 株: MC2155 / 発現宿主: ![]() ![]() #2: 化合物 | ChemComp-TD7 / ( #3: 化合物 | ChemComp-MG / #4: 化合物 | ChemComp-CA / #5: 水 | ChemComp-HOH / | 配列の詳細 | FIRST GLY RESIDUE IS A PURIFICATI | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.71 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.6 % / 解説: NONE |
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結晶化 | pH: 7.6 詳細: 52% MPD, 20 MM SODIUM ACETATE, 5% 1,3-PROPANEDIOL., pH 7.6 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 110 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2010年11月20日 / 詳細: KIRKPATRICK-BAEZ PAIR OF BI-MORPH MIRRORS |
放射 | モノクロメーター: CHANNEL CUT MONOCHROMATOR CRYSTAL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9801 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.25→41.9 Å / Num. obs: 179918 / % possible obs: 95.7 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 2 % / Biso Wilson estimate: 30.43 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.1 / Net I/σ(I): 6.9 |
反射 シェル | 解像度: 2.25→2.37 Å / 冗長度: 1.9 % / Rmerge(I) obs: 0.48 / Mean I/σ(I) obs: 2 / % possible all: 94.6 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: PDB ENTRY 2YIC 解像度: 2.25→32.94 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9262 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.9014 / SU R Cruickshank DPI: 0.268 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.251 / SU Rfree Blow DPI: 0.19 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.197 詳細: NCS REPRESENTATION : RESTRAINT LSSR (-AUTONCS) IDEAL-DIST CONTACT TERM CONTACT SETUP. RESIDUE TYPES WITHOUT CCP4 ATOM TYPE IN LIBRARY=MG CA. NUMBER OF ATOMS WITH PROPER CCP4 ATOM TYPE=26979. ...詳細: NCS REPRESENTATION : RESTRAINT LSSR (-AUTONCS) IDEAL-DIST CONTACT TERM CONTACT SETUP. RESIDUE TYPES WITHOUT CCP4 ATOM TYPE IN LIBRARY=MG CA. NUMBER OF ATOMS WITH PROPER CCP4 ATOM TYPE=26979. NUMBER WITH APPROX DEFAULT CCP4 ATOM TYPE=0. NUMBER TREATED BY BAD NON-BONDED CONTACTS=8.
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原子変位パラメータ | Biso mean: 33.53 Å2
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Refine analyze | Luzzati coordinate error obs: 0.295 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.25→32.94 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.25→2.31 Å / Total num. of bins used: 20
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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