PDB-2yic: Crystal structure of the SucA domain of Mycobacterium smegmatis a...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2yic

タイトル

Crystal structure of the SucA domain of Mycobacterium smegmatis alpha- ketoglutarate decarboxylase (triclinic form)

要素

2-OXOGLUTARATE DECARBOXYLASE

キーワード

LYASE

機能・相同性

機能・相同性情報

2-hydroxy-3-oxoadipate synthase / 2-oxoglutarate decarboxylase / 2-oxoglutarate decarboxylase activity / 2-hydroxy-3-oxoadipate synthase activity / oxoglutarate dehydrogenase (succinyl-transferring) / oxoglutarate dehydrogenase (succinyl-transferring) activity / dihydrolipoyllysine-residue succinyltransferase / dihydrolipoyllysine-residue succinyltransferase activity / oxoglutarate dehydrogenase complex / thiamine pyrophosphate binding ...
類似検索 - 分子機能

生物種

MYCOBACTERIUM SMEGMATIS (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.96 Å

データ登録者

Wagner, T. / Bellinzoni, M. / Wehenkel, A.M. / O'Hare, H.M. / Alzari, P.M.

引用

ジャーナル: Chem.Biol. / 年: 2011
タイトル: Functional Plasticity and Allosteric Regulation of Alpha-Ketoglutarate Decarboxylase in Central Mycobacterial Metabolism.
著者: Wagner, T. / Bellinzoni, M. / Wehenkel, A.M. / O'Hare, H.M. / Alzari, P.M.

履歴

登録	2011年5月11日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2011年6月15日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年10月12日	Group: Database references / Version format compliance
改定 1.2	2023年12月20日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2yic.cif.gz	1.2 MB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2yic.ent.gz	1 MB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2yic.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	2yic_validation.pdf.gz	1.7 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2yic_full_validation.pdf.gz	1.7 MB	表示
XML形式データ	2yic_validation.xml.gz	115.5 KB	表示
CIF形式データ	2yic_validation.cif.gz	167.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yi/2yic ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yi/2yic	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2xt6C 2xtaC 2y0pC 2yidC 2xt9 PDB 未公開エントリS 2xt8 PDB 未公開エントリ 6i2q C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	3zht-1 6r2c-1 2xta-1 3zhv-1 3zhs-1 6r2d-1 3zhs-2 3zhr-2 6r2c-2 3zht-2 3zhv-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#154 - 2012年10月クエン酸回路 (Citric Acid Cycle) 類似性 (17) #153 - 2012年9月ピルビン酸脱水素酵素複合体 (Pyruvate Dehydrogenase Complex) 類似性 (10) #263 - 2021年11月アセトヒドロキシ酸合成酵素 (Acetohydroxyacid Synthase) 類似性 (2)

登録構造単位

A: 2-OXOGLUTARATE DECARBOXYLASE

B: 2-OXOGLUTARATE DECARBOXYLASE

C: 2-OXOGLUTARATE DECARBOXYLASE

D: 2-OXOGLUTARATE DECARBOXYLASE

ヘテロ分子

391 kDa, 4 ポリマー
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1

A: 2-OXOGLUTARATE DECARBOXYLASE

B: 2-OXOGLUTARATE DECARBOXYLASE

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
195 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

C: 2-OXOGLUTARATE DECARBOXYLASE

D: 2-OXOGLUTARATE DECARBOXYLASE

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
195 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	79.539, 83.244, 158.610
Angle α, β, γ (deg.)	99.48, 99.06, 101.25
Int Tables number	1
Space group name H-M	P1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCS oper:

ID	Code	Matrix	ベクター
1	given	(-0.2153, 0.0659, 0.9743), (0.0662, -0.9944, 0.0819), (0.9743, 0.0822, 0.2097)	45.5639, 4.6393, -37.083
2	given	(-0.925, -0.38, 0.0018), (-0.38, 0.925, 0.0008), (-0.002, 0.0001, -1)	-0.3005, -0.0277, 0.5788
3	given	(0.1728, 0.1483, -0.9737), (0.3211, -0.9431, -0.0866), (-0.9311, -0.2977, -0.2106)	46.1381, 4.9238, -37.0999

#1: タンパク質	2-OXOGLUTARATE DECARBOXYLASE / 2-OXOGLUTARATE CARBOXY-LYASE / ALPHA-KETOGLUTARATE DECARBOXYLASE / KDH 分子量: 97166.648 Da / 分子数: 4 / 断片: RESIDUES 361-1227 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) MYCOBACTERIUM SMEGMATIS (バクテリア) 株: MC2155 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): PLYSS / 参照: UniProt: A0R2B1, 2-oxoglutarate decarboxylase
#2: 化合物	ChemComp-TPP / THIAMINE DIPHOSPHATE / チアミンピロりん酸分子量: 425.314 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₂H₁₉N₄O₇P₂S
#3: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 化合物	ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン分子量: 40.078 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 1221 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
配列の詳細	FIRST GLY RESIDUE IS A PURIFICATION TAG LEFTOVER (TEV CLEAVAGE SITE)

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.74 Å³/Da / 溶媒含有率: 55.2 % / 解説: NONE
結晶化	pH: 7 / 詳細: 46.5% MPD, 100 MM HEPES, PH 7.0

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-4 / 波長: 0.9765
検出器	タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2009年7月8日 / 詳細: TOROIDAL FOCUSING MIRROR
放射	モノクロメーター: CHANNEL CUT MONOCHROMATOR CRYSTAL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9765 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.96→49.5 Å / Num. obs: 263780 / % possible obs: 95.2 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 2.9 % / B_iso Wilson estimate: 23.55 Å² / R_merge(I) obs: 0.09 / Net I/σ(I): 8.7
反射シェル	解像度: 1.96→2.07 Å / 冗長度: 2.4 % / R_merge(I) obs: 0.44 / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / % possible all: 91.5

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
BUSTER	2.11.1	精密化
XDS		データ削減
SCALA		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2XT9

2xt9
PDB 未公開エントリ

解像度: 1.96→39.2 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.926 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.9108 / SU R Cruickshank DPI: 0.153 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.148 / SU R_free Blow DPI: 0.129 / SU R_free Cruickshank DPI: 0.133
詳細: IDEAL-DIST CONTACT TERM CONTACT SETUP. RESIDUE TYPES WITHOUT CCP4 ATOM TYPE IN LIBRARY=MG CA. NUMBER OF ATOMS WITH PROPER CCP4 ATOM TYPE=26355. NUMBER WITH APPROX DEFAULT CCP4 ATOM TYPE=0. ...

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2108	13228	5.02 %	RANDOM
R_work	0.1884	-	-	-
obs	0.1896	263738	95.19 %	-

原子変位パラメータ

B_iso mean: 28.82 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-2.9185 Å²	-0.2784 Å²	1.1846 Å²
2-	-	0.3211 Å²	0.8939 Å²
3-	-	-	2.5975 Å²

Refine analyze

Luzzati coordinate error obs: 0.244 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.96→39.2 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	25015	0	112	1221	26348

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数	Restraint function	Weight
X-RAY DIFFRACTION	t_bond_d	0.01	25646	HARMONIC	2
X-RAY DIFFRACTION	t_angle_deg	0.98	34812	HARMONIC	2
X-RAY DIFFRACTION	t_dihedral_angle_d		11812	SINUSOIDAL	2
X-RAY DIFFRACTION	t_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTION	t_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTION	t_trig_c_planes		653	HARMONIC	2
X-RAY DIFFRACTION	t_gen_planes		3800	HARMONIC	5
X-RAY DIFFRACTION	t_it		25646	HARMONIC	20
X-RAY DIFFRACTION	t_nbd		0	SEMIHARMONIC	5
X-RAY DIFFRACTION	t_omega_torsion	3.47
X-RAY DIFFRACTION	t_other_torsion	2.63
X-RAY DIFFRACTION	t_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTION	t_chiral_improper_torsion		3331	SEMIHARMONIC	5
X-RAY DIFFRACTION	t_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_distance
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_angle
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTION	t_ideal_dist_contact		32085	SEMIHARMONIC	4

LS精密化シェル

解像度: 1.96→2.01 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2386	969	5.24 %
R_work	0.209	17538	-
all	0.2105	18507	-
obs	-	-	95.19 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.3882	-0.1564	0.2099	0.5451	-0.2064	0.6164	-0.0076	-0.0344	0.0553	0.0049	-0.0017	0.1022	0.0256	-0.0326	0.0093	-0.0751	0.0319	-0.0265	-0.1022	-0.0066	-0.0579	-4.8132	0.1412	-32.3567
2	0.5336	0.1346	0.1182	0.7537	0.0369	0.4908	0.0006	0.0656	0.0222	-0.1013	-0.0137	-0.0654	0.0527	0.0891	0.0131	-0.1027	0.0508	-0.0113	-0.0939	0.0133	-0.0976	15.3059	1.7099	-48.3458
3	0.3235	0.0141	0.1395	0.6143	0.2669	0.6813	-0.0444	0.0104	0.0851	-0.015	0.0298	-0.0842	-0.0208	0.0153	0.0146	-0.0757	0.0216	-0.0357	-0.1018	0.0068	-0.0745	4.0853	1.8278	32.829
4	0.6392	-0.1382	0.1223	0.5057	0.0071	0.5538	-0.0251	-0.0938	-0.0086	0.1141	0.0087	0.0689	0.066	-0.1491	0.0164	-0.0946	0.0161	-0.0136	-0.0712	-0.0012	-0.116	-15.0268	-4.5454	48.8379

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	CHAIN A
2	X-RAY DIFFRACTION	2	CHAIN B
3	X-RAY DIFFRACTION	3	CHAIN C
4	X-RAY DIFFRACTION	4	CHAIN D

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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