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- PDB-2yi9: Structure of the RNA polymerase VP1 from Infectious Pancreatic Ne... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2yi9
タイトルStructure of the RNA polymerase VP1 from Infectious Pancreatic Necrosis Virus in complex with magnesium
要素RNA-DIRECTED RNA POLYMERASE
キーワードTRANSFERASE / REVERSE TRANSCRIPTASE / IPNV
機能・相同性
機能・相同性情報


viral genome replication / virion component / RNA-directed RNA polymerase / RNA-dependent RNA polymerase activity / GTP binding
類似検索 - 分子機能
VP1, C-terminal extension domain / Infectious bursal virus vp1 polymerase fold / Infectious bursal virus vp1 polymerase domain / Helix Hairpins - #300 / Birnavirus RNA-directed RNA polymerase, palm domain / RNA-directed RNA polymerase, C-terminal, birnavirus / RNA-directed RNA polymerase, thumb domain, birnavirus / RNA-directed RNA polymerase, palm domain superfamily, Birnavirus / RNA-directed RNA polymerase, thumb domain superfamily, Birnavirus / Birnavirus RNA dependent RNA polymerase (VP1), palm domain ...VP1, C-terminal extension domain / Infectious bursal virus vp1 polymerase fold / Infectious bursal virus vp1 polymerase domain / Helix Hairpins - #300 / Birnavirus RNA-directed RNA polymerase, palm domain / RNA-directed RNA polymerase, C-terminal, birnavirus / RNA-directed RNA polymerase, thumb domain, birnavirus / RNA-directed RNA polymerase, palm domain superfamily, Birnavirus / RNA-directed RNA polymerase, thumb domain superfamily, Birnavirus / Birnavirus RNA dependent RNA polymerase (VP1), palm domain / Birnavirus RNA dependent RNA polymerase (VP1), thumb domain / Birnavirus RNA dependent RNA polymerase (VP1), C-terminal / RdRp of Birnaviridae dsRNA viruses catalytic domain profile. / Helix hairpin bin / Substrate Binding Domain Of Dnak; Chain:A; Domain 2 / Helix Hairpins / Helix non-globular / Special / Helix Hairpins / DNA/RNA polymerase superfamily / Alpha-Beta Complex / Up-down Bundle / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
: / RNA-directed RNA polymerase
類似検索 - 構成要素
生物種INFECTIOUS PANCREATIC NECROSIS VIRUS (伝染性膵臓壊死症ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Graham, S.C. / Sarin, L.P. / Bahar, M.W. / Myers, R.A. / Stuart, D.I. / Bamford, D.H. / Grimes, J.M.
引用ジャーナル: Plos Pathog. / 年: 2011
タイトル: The N-Terminus of the RNA Polymerase from Infectious Pancreatic Necrosis Virus is the Determinant of Genome Attachment.
著者: Graham, S.C. / Sarin, L.P. / Bahar, M.W. / Myers, R.A. / Stuart, D.I. / Bamford, D.H. / Grimes, J.M.
履歴
登録2011年5月11日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02011年7月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年12月28日Group: Other
改定 1.22019年5月8日Group: Data collection / Experimental preparation / Other
カテゴリ: exptl_crystal_grow / pdbx_database_proc / pdbx_database_status
Item: _exptl_crystal_grow.method / _pdbx_database_status.recvd_author_approval
改定 1.32019年5月15日Group: Data collection / Experimental preparation / カテゴリ: exptl_crystal_grow / struct_biol / Item: _exptl_crystal_grow.temp
改定 1.42023年12月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: RNA-DIRECTED RNA POLYMERASE
B: RNA-DIRECTED RNA POLYMERASE
C: RNA-DIRECTED RNA POLYMERASE
D: RNA-DIRECTED RNA POLYMERASE
E: RNA-DIRECTED RNA POLYMERASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)448,41321
ポリマ－447,8835
非ポリマー53016
水53,8472989
1
A: RNA-DIRECTED RNA POLYMERASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)89,6754
ポリマ－89,5771
非ポリマー993
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: RNA-DIRECTED RNA POLYMERASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)89,6754
ポリマ－89,5771
非ポリマー993
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
C: RNA-DIRECTED RNA POLYMERASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)89,6754
ポリマ－89,5771
非ポリマー993
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
4
D: RNA-DIRECTED RNA POLYMERASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)89,6754
ポリマ－89,5771
非ポリマー993
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
5
E: RNA-DIRECTED RNA POLYMERASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)89,7115
ポリマ－89,5771
非ポリマー1344
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)134.048, 183.874, 244.521
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質
RNA-DIRECTED RNA POLYMERASE / VP1 / RDRP / PROTEIN VP1


分子量: 89576.625 Da / 分子数: 5 / 断片: RESIDUES 1-790 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) INFECTIOUS PANCREATIC NECROSIS VIRUS (伝染性膵臓壊死症ウイルス)
株: JASPER / プラスミド: PDEST14 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): ROSETTA PLYSS
参照: UniProt: P22173, RNA-directed RNA polymerase, RNA-directed DNA polymerase
#2: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 化合物
ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン


分子量: 39.098 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#4: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 2989 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
配列の詳細CONSTRUCT LACKS C-TERMINAL 55 RESIDUES AND CARRIES A HIS6 PURIFICATION TAG.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.36 Å3/Da / 溶媒含有率: 63.44 % / 解説: NONE
結晶化温度: 293.65 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: CRYSTALS WERE GROWN IN SITTING DROPS CONTAINING 200 NL PROTEIN (5.8-6.8 MG/ML) AND 100 NL RESERVOIR SOLUTION (20-18% W/V PEG 3350, 0.10-0.09 M BIS-TRIS PROPANE PH 7.5, 0.2-0.18 M SODIUM ...詳細: CRYSTALS WERE GROWN IN SITTING DROPS CONTAINING 200 NL PROTEIN (5.8-6.8 MG/ML) AND 100 NL RESERVOIR SOLUTION (20-18% W/V PEG 3350, 0.10-0.09 M BIS-TRIS PROPANE PH 7.5, 0.2-0.18 M SODIUM CITRATE) EQUILIBRATED AGAINST 95 UL RESERVOIRS AT 20.5 DEGREES CELSIUS. CRYSTALS WERE SOAKED BY DILUTING THE MOTHER-LIQUOR WITH APPROX. 0.5 UL 20% W/V PEG 3350, 0.1 M BIS-TRIS PROPANE PH 8.25 AND 20% V/V GLYCEROL, TRANSFERRING THE CRYSTALS TO A FRESH DROP CONTAINING 20% W/V PEG 3350, 0.1 M BIS-TRIS PROPANE PH 8.25, 20% V/V GLYCEROL, 50 MM MGCL2 AND 10 UM GTP, AND INCUBATING FOR 10 MIN.

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I02 / 波長: 0.9793
検出器タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2009年6月29日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9793 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→101.81 Å / Num. obs: 304685 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 7.3 % / Biso Wilson estimate: 28.03 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.17 / Net I/σ(I): 10.6
反射 シェル解像度: 2.2→2.26 Å / 冗長度: 7.4 % / Rmerge(I) obs: 0.75 / Mean I/σ(I) obs: 2.7 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.9.2精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2PGG

2pgg


解像度: 2.2→32.21 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9493 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.9449 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1812 3069 1.01 %RANDOM
Rwork0.1603 ---
obs0.1605 304439 100 %-
原子変位パラメータBiso mean: 27.7 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.3797 Å20 Å20 Å2
2---1.5091 Å20 Å2
3---0.1295 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.217 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.2→32.21 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数30143 0 16 2989 33148
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.01130969HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg0.9842196HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d10710SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes791HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes4444HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it30969HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd0SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion3.2
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion15.17
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion4174SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies29HARMONIC1
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact37694SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 2.2→2.26 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2222 246 1.1 %
Rwork0.1903 22029 -
all0.1907 22275 -
obs--100 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.90960.1620.03980.4133-0.07710.31950.007-0.1408-0.023-0.0201-0.01730.02740.0136-0.03240.0103-0.0962-0.0047-0.01520.00010.0047-0.11676.6337-24.1917-6.6575
20.4846-0.0016-0.35830.20070.02750.69240.0520.04820.0424-0.01490.02150.0165-0.0821-0.0337-0.0735-0.05820.0010.0205-0.05310.0128-0.072560.274419.1701-11.2739
30.7363-0.1155-0.31860.49-0.01430.4750.0707-0.06060.036-0.01350.01130.0109-0.0618-0.0329-0.082-0.0750.00040.0121-0.0831-0.0049-0.0818-20.36327.6964-54.065
40.6384-0.00160.11480.46550.05330.3670.0099-0.005-0.012-0.02250.0075-0.0020.0052-0.0278-0.0174-0.0740.0028-0.0065-0.0720.0112-0.070587.3592-42.3635-46.4489
50.3756-0.08490.15610.2861-0.06060.35480.00030.01660.01240.0042-0.00010.00680.01020.0217-0.0002-0.047-0.0034-0.0028-0.05290.0113-0.053332.7317-11.0926-75.0785
60.2485-0.06420.50440.5251-0.55390.5011-0.0146-0.0424-0.00870.07980.007-0.041-0.0072-0.02570.00760.02920.01210.0182-0.04510.08660.000917.085-19.8015-63.2798
70.13280.44810.61940.13810.38661.0841-0.0075-0.01820.03250.0465-0.03640.0068-0.03110.0330.044-0.02460.0619-0.03560.1044-0.0299-0.087171.867-35.925-33.3109
80.08230.229-0.15380.481-0.48970.159-0.00350.0150.0343-0.03090.0032-0.0086-0.02110.00750.00040.0150.0274-0.1192-0.0598-0.03650.037-9.5118-10.0883-8.9728
90.33-0.3701-0.04840.82960.4890-0.00680.0112-0.0271-0.01260.027-0.01180.04270.0038-0.0202-0.0036-0.00250.0018-0.0607-0.06150.055497.843414.5495-60.1857
100.11050.25-0.32690.00580.26210.9988-0.00230.04210.0035-0.04030.0057-0.03070.0228-0.0239-0.00340.01680.01850.02220.10220.1049-0.125444.313521.7361-25.5233
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1(CHAIN A AND RESIDUES 31-792 OR 1793)
2X-RAY DIFFRACTION2(CHAIN B AND RESIDUES 31-792 OR 1793)
3X-RAY DIFFRACTION3(CHAIN C AND RESIDUES 31-792 OR 1793)
4X-RAY DIFFRACTION4(CHAIN D AND RESIDUES 31-792 OR 1793)
5X-RAY DIFFRACTION5(CHAIN E AND RESIDUES 31-792 OR 1793)
6X-RAY DIFFRACTION6(CHAIN A AND RESIDUES 11-19)
7X-RAY DIFFRACTION7(CHAIN B AND RESIDUES 11-19)
8X-RAY DIFFRACTION8(CHAIN C AND RESIDUES 11-19)
9X-RAY DIFFRACTION9(CHAIN D AND RESIDUES 11-19)
10X-RAY DIFFRACTION10(CHAIN E AND RESIDUES 11-19)

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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