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Yorodumi- PDB-2yi8: Structure of the RNA polymerase VP1 from Infectious Pancreatic Ne... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 2yi8 | ||||||
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Title | Structure of the RNA polymerase VP1 from Infectious Pancreatic Necrosis Virus | ||||||
Components | RNA-DIRECTED RNA POLYMERASE | ||||||
Keywords | TRANSFERASE / REVERSE TRANSCRIPTASE / IPNV | ||||||
Function / homology | Function and homology information viral genome replication / virion component / RNA-directed RNA polymerase / RNA-dependent RNA polymerase activity / GTP binding Similarity search - Function | ||||||
Biological species | INFECTIOUS PANCREATIC NECROSIS VIRUS | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.3 Å | ||||||
Authors | Graham, S.C. / Sarin, L.P. / Bahar, M.W. / Myers, R.A. / Stuart, D.I. / Bamford, D.H. / Grimes, J.M. | ||||||
Citation | Journal: Plos Pathog. / Year: 2011 Title: The N-Terminus of the RNA Polymerase from Infectious Pancreatic Necrosis Virus is the Determinant of Genome Attachment. Authors: Graham, S.C. / Sarin, L.P. / Bahar, M.W. / Myers, R.A. / Stuart, D.I. / Bamford, D.H. / Grimes, J.M. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 2yi8.cif.gz | 1.5 MB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb2yi8.ent.gz | 1.2 MB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 2yi8.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 2yi8_validation.pdf.gz | 456.6 KB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 2yi8_full_validation.pdf.gz | 468 KB | Display | |
Data in XML | 2yi8_validation.xml.gz | 150.9 KB | Display | |
Data in CIF | 2yi8_validation.cif.gz | 228.6 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yi/2yi8 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yi/2yi8 | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 2yi9C 2yiaC 2yibC 2pggS C: citing same article (ref.) S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 89576.625 Da / Num. of mol.: 5 / Fragment: RESIDUES 1-790 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) INFECTIOUS PANCREATIC NECROSIS VIRUS / Strain: JASPER / Plasmid: PDEST14 / Production host: ESCHERICHIA COLI (E. coli) / Strain (production host): BL21(DE3) / Variant (production host): ROSETTA PLYSS References: UniProt: P22173, RNA-directed RNA polymerase, RNA-directed DNA polymerase #2: Chemical | ChemComp-K / #3: Chemical | ChemComp-CL / #4: Water | ChemComp-HOH / | Sequence details | CONSTRUCT LACKS C-TERMINAL 55 RESIDUES AND CARRIES A HIS6 PURIFICATI | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 3.36 Å3/Da / Density % sol: 63.44 % / Description: NONE |
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Crystal grow | Method: vapor diffusion, sitting drop Details: CRYSTALS WERE GROWN IN SITTING DROPS CONTAINING 200 NL PROTEIN (5.8-6.8 MG/ML) AND 100 NL RESERVOIR SOLUTION (20-18% W/V PEG 3350, 0.10-0.09 M BIS-TRIS PROPANE PH 7.5, 0.2-0.18 M SODIUM ...Details: CRYSTALS WERE GROWN IN SITTING DROPS CONTAINING 200 NL PROTEIN (5.8-6.8 MG/ML) AND 100 NL RESERVOIR SOLUTION (20-18% W/V PEG 3350, 0.10-0.09 M BIS-TRIS PROPANE PH 7.5, 0.2-0.18 M SODIUM CITRATE) EQUILIBRATED AGAINST 95 UL RESERVOIRS AT 20.5 C. CRYSTALS WERE CRYOPROTECTED BY SOAKING IN MOTHER-LIQUOR SUPPLEMENTED WITH 20-25% GLYCEROL FOR 1-10 MIN. |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: Diamond / Beamline: I02 / Wavelength: 0.9793 |
Detector | Type: ADSC CCD / Detector: CCD / Date: Jun 29, 2009 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9793 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.3→92.13 Å / Num. obs: 268352 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): -3 / Redundancy: 7.2 % / Biso Wilson estimate: 23.34 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.21 / Net I/σ(I): 10.3 |
Reflection shell | Resolution: 2.3→2.36 Å / Redundancy: 7.2 % / Rmerge(I) obs: 0.73 / Mean I/σ(I) obs: 2.9 / % possible all: 100 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: PDB ENTRY 2PGG Resolution: 2.3→90.33 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9328 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.9246 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 0
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Displacement parameters | Biso mean: 18.01 Å2
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Refine analyze | Luzzati coordinate error obs: 0.229 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.3→90.33 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Resolution: 2.3→2.36 Å / Total num. of bins used: 20
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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