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万見
- PDB-2yhk: D214A mutant of tyrosine phenol-lyase from Citrobacter freundii -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2yhk
タイトルD214A mutant of tyrosine phenol-lyase from Citrobacter freundii
要素TYROSINE PHENOL-LYASE
キーワードLYASE / PYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE-DEPENDENT ENZYME / BETA-ELIMINATION REACTION
機能・相同性
機能・相同性情報


tyrosine phenol-lyase / tyrosine phenol-lyase activity / tyrosine metabolic process
類似検索 - 分子機能
Tyrosine phenol-lyase / Beta-eliminating lyase family / Tryptophanase, conserved site / Beta-eliminating lyases pyridoxal-phosphate attachment site. / Aromatic amino acid beta-eliminating lyase/threonine aldolase / Beta-eliminating lyase / Aspartate Aminotransferase, domain 1 / Aspartate Aminotransferase, domain 1 / Aspartate Aminotransferase; domain 2 / Type I PLP-dependent aspartate aminotransferase-like (Major domain) ...Tyrosine phenol-lyase / Beta-eliminating lyase family / Tryptophanase, conserved site / Beta-eliminating lyases pyridoxal-phosphate attachment site. / Aromatic amino acid beta-eliminating lyase/threonine aldolase / Beta-eliminating lyase / Aspartate Aminotransferase, domain 1 / Aspartate Aminotransferase, domain 1 / Aspartate Aminotransferase; domain 2 / Type I PLP-dependent aspartate aminotransferase-like (Major domain) / Pyridoxal phosphate-dependent transferase, small domain / Pyridoxal phosphate-dependent transferase, major domain / Pyridoxal phosphate-dependent transferase / Alpha-Beta Complex / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
: / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / PYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE / Tyrosine phenol-lyase
類似検索 - 構成要素
生物種CITROBACTER FREUNDII (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 解像度: 1.91 Å
データ登録者Milic, D. / Demidkina, T.V. / Matkovic-Calogovic, D. / Antson, A.A.
引用ジャーナル: Croatica Chemica Acta / 年: 2012
タイトル: Crystal Structure of Citrobacter Freundii Asp214Ala Tyrosine Phenol-Lyase Reveals that Asp214 is Critical for Maintaining a Strain in the Internal Aldimine
著者: Milic, D. / Demidkina, T.V. / Zakomirdina, L.N. / Matkovic-Calogovic, D. / Antson, A.A.
履歴
登録2011年5月3日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02012年5月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年11月28日Group: Database references
改定 1.22019年3月6日Group: Data collection / Derived calculations ...Data collection / Derived calculations / Experimental preparation / Other
カテゴリ: exptl_crystal_grow / pdbx_database_proc ...exptl_crystal_grow / pdbx_database_proc / pdbx_database_status / struct_conn
Item: _exptl_crystal_grow.temp / _pdbx_database_status.recvd_author_approval / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 1.32019年5月8日Group: Data collection / Experimental preparation
カテゴリ: database_PDB_rev / database_PDB_rev_record / exptl_crystal_grow
Item: _exptl_crystal_grow.method
改定 1.42023年12月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_conn_type / struct_site
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn_type.id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: TYROSINE PHENOL-LYASE
B: TYROSINE PHENOL-LYASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)104,77514
ポリマ－103,0462
非ポリマー1,73012
水13,439746
1
A: TYROSINE PHENOL-LYASE
B: TYROSINE PHENOL-LYASE
ヘテロ分子

A: TYROSINE PHENOL-LYASE
B: TYROSINE PHENOL-LYASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)209,55128
ポリマ－206,0914
非ポリマー3,46024
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_665-x+1,-y+1,z1
Buried area25110 Å2
ΔGint-37.9 kcal/mol
Surface area56530 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)132.605, 142.705, 59.412
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 TYROSINE PHENOL-LYASE / BETA-TYROSINASE


分子量: 51522.777 Da / 分子数: 2 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) CITROBACTER FREUNDII (バクテリア)
プラスミド: PTZTPLD214A / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): SVS 370 / 参照: UniProt: P31013, tyrosine phenol-lyase

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非ポリマー , 6種, 758分子

#2: 化合物 ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン


分子量: 39.098 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#3: 化合物 ChemComp-PG4 / TETRAETHYLENE GLYCOL / テトラエチレングリコ-ル


分子量: 194.226 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H18O5 / コメント: 沈殿剤*YM
#4: 化合物
ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#5: 化合物 ChemComp-PLP / PYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE / VITAMIN B6 Phosphate / ピリドキサ-ル5′-りん酸


分子量: 247.142 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H10NO6P
#6: 化合物 ChemComp-P33 / 3,6,9,12,15,18-HEXAOXAICOSANE-1,20-DIOL / HEPTAETHYLENE GLYCOL / PEG330 / ヘプタエチレングリコ-ル


分子量: 326.383 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C14H30O8 / コメント: 沈殿剤*YM
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 746 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

構成要素の詳細ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, ASP 214 TO ALA ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN B, ASP 214 TO ALA

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.7 Å3/Da / 溶媒含有率: 55 %
解説: SINCE THE UNIT-CELL PARAMETERS FOR D214A TPL CRYSTAL WERE ONLY SLIGHTLY DIFFERENT THAN FOR THE NATIVE HOLOENZYME, IT WAS POSSIBLE TO REFINE THE D214A TPL MUTANT STRUCTURE IN REFMAC USING THE ...解説: SINCE THE UNIT-CELL PARAMETERS FOR D214A TPL CRYSTAL WERE ONLY SLIGHTLY DIFFERENT THAN FOR THE NATIVE HOLOENZYME, IT WAS POSSIBLE TO REFINE THE D214A TPL MUTANT STRUCTURE IN REFMAC USING THE WILD-TYPE TPL HOLOENZYME STRUCTURE, PDB ENTRY 2EZ1, AS A STARTING MODEL.
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8
詳細: THE CRYSTALS WERE GROWN AT 293 K BY THE HANGING DROP VAPOR DIFFUSION TECHNIQUE BY MIXING 2 UL OF THE PROTEIN SOLUTION, 18-20 MG/ML, WITH AN EQUAL VOLUME OF THE RESERVOIR SOLUTION CONTAINING ...詳細: THE CRYSTALS WERE GROWN AT 293 K BY THE HANGING DROP VAPOR DIFFUSION TECHNIQUE BY MIXING 2 UL OF THE PROTEIN SOLUTION, 18-20 MG/ML, WITH AN EQUAL VOLUME OF THE RESERVOIR SOLUTION CONTAINING 50 MMOL/L TRIETHANOLAMINE BUFFER PH 8.0, 0.4-0.8 MOL/L KCL, 0.35-0.38 G/ML PEG 5000 MME, 5 MMOL/L PYRIDOXAL-5-PHOSPHATE, AND 2 MMOL/L DITHIOTHREITOL.

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: BM30A / 波長: 0.98
検出器タイプ: MARRESEARCH SX-165 / 検出器: CCD / 日付: 2005年5月2日 / 詳細: MIRRORS
放射モノクロメーター: SI(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.91→25 Å / Num. obs: 87110 / % possible obs: 99 % / Observed criterion σ(I): -1 / 冗長度: 4.5 % / Biso Wilson estimate: 24.4 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.07 / Net I/σ(I): 15
反射 シェル解像度: 1.91→1.97 Å / 冗長度: 4.2 % / Rmerge(I) obs: 0.5 / Mean I/σ(I) obs: 3.1 / % possible all: 99

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.5.0109精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
REFMAC位相決定
精密化構造決定の手法: フーリエ合成
開始モデル: PDB ENTRY 2EZ1

2ez1


解像度: 1.91→25 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.972 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.967 / SU B: 5.454 / SU ML: 0.075 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.118 / ESU R Free: 0.106 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.17711 1283 1.5 %RANDOM
Rwork0.15571 ---
obs0.15604 85457 98.56 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 32.732 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.36 Å20 Å20 Å2
2---1.58 Å20 Å2
3---1.94 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.91→25 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7202 0 109 746 8057
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0150.0227561
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3931.96410179
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.0165938
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.42523.743366
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.206151337
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.0881555
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.10.21081
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.0215731
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.4272.54553
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.25947318
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it4.03263008
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it5.984102848
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.911→1.974 Å / Total num. of bins used: 16
Rfactor反射数%反射
Rfree0.257 100 -
Rwork0.205 7022 -
obs--89.48 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.71210.10070.13981.27950.05250.5737-0.03660.0628-0.0127-0.1339-0.03070.23860.0773-0.1860.06730.0808-0.03990.00570.1475-0.04740.062442.30459.099-2.245
20.60360.0115-0.13471.0253-0.03190.623-0.0121-0.08190.08380.2622-0.03640.199-0.1506-0.17750.04850.14240.03890.02110.1377-0.0520.063345.82188.89117.654
31.88720.3218-0.66022.8810.49361.627-0.0194-0.1142-0.00560.364-0.11940.46660.1989-0.29110.13880.2169-0.09320.10360.1949-0.02650.098139.5350.24723.483
41.8725-0.76260.26992.4129-0.23451.00210.02670.14920.0205-0.20620.00640.3523-0.1073-0.1786-0.03310.13770.0612-0.07180.1370.00850.096245.49298.001-8.455
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A1 - 13
2X-RAY DIFFRACTION1A45 - 345
3X-RAY DIFFRACTION1A405 - 422
4X-RAY DIFFRACTION2B1 - 13
5X-RAY DIFFRACTION2B45 - 345
6X-RAY DIFFRACTION2B405 - 422
7X-RAY DIFFRACTION3A19 - 44
8X-RAY DIFFRACTION3A346 - 404
9X-RAY DIFFRACTION3A434 - 456
10X-RAY DIFFRACTION4B19 - 44
11X-RAY DIFFRACTION4B346 - 404
12X-RAY DIFFRACTION4B434 - 456

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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