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万見
- PDB-2yhg: Ab initio phasing of a nucleoside hydrolase-related hypothetical ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2yhg
タイトルAb initio phasing of a nucleoside hydrolase-related hypothetical protein from Saccharophagus degradans that is associated with carbohydrate metabolism
要素CELLULOSE-BINDING PROTEIN
キーワードHYDROLASE / GLYCOSIDE HYDROLASE
機能・相同性
機能・相同性情報


hydrolase activity, hydrolyzing N-glycosyl compounds / polysaccharide binding / hydrolase activity, hydrolyzing O-glycosyl compounds / carbohydrate metabolic process / metal ion binding / membrane
類似検索 - 分子機能
Cellulose-binding Sde182, nucleoside hydrolase-like domain / : / Cellulose-binding Sde182, nucleoside hydrolase-like domain / Cellulose-binding protein Sde0182, C-terminal domain / Malectin / Malectin domain / Malectin domain / Inosine-uridine Nucleoside N-ribohydrolase; Chain A / Ribonucleoside hydrolase-like / Ribonucleoside hydrolase-like ...Cellulose-binding Sde182, nucleoside hydrolase-like domain / : / Cellulose-binding Sde182, nucleoside hydrolase-like domain / Cellulose-binding protein Sde0182, C-terminal domain / Malectin / Malectin domain / Malectin domain / Inosine-uridine Nucleoside N-ribohydrolase; Chain A / Ribonucleoside hydrolase-like / Ribonucleoside hydrolase-like / Cellulose binding domain / Carbohydrate-binding type-2 domain / CBM2 (Carbohydrate-binding type-2) domain profile. / CBD_II / CBM2, carbohydrate-binding domain superfamily / CBM2/CBM3, carbohydrate-binding domain superfamily / Galactose-binding-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulins / Alpha-Beta Complex / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Cellulose-binding protein
類似検索 - 構成要素
生物種SACCHAROPHAGUS DEGRADANS (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / DIRECT METHODS / 解像度: 1.08 Å
データ登録者Hehemann, J.H. / Marsters, C. / Boraston, A.B.
引用ジャーナル: Proteins / 年: 2011
タイトル: Ab initio phasing of a nucleoside hydrolase-related hypothetical protein from Saccharophagus degradans that is associated with carbohydrate metabolism.
著者: Hehemann, J.H. / Marsters, C. / Boraston, A.B.
履歴
登録2011年4月30日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02011年8月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年9月21日Group: Database references
改定 1.22018年6月13日Group: Advisory / Data collection / Database references
カテゴリ: citation / diffrn_radiation / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms
Item: _citation.journal_id_ISSN / _citation.page_last ..._citation.journal_id_ISSN / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _diffrn_radiation.pdbx_diffrn_protocol
改定 1.32024年10月16日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: CELLULOSE-BINDING PROTEIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,25613
ポリマ－47,5711
非ポリマー68512
水7,674426
1


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)54.580, 61.580, 125.460
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 CELLULOSE-BINDING PROTEIN / SDE_182CT


分子量: 47571.184 Da / 分子数: 1 / 断片: RESIDUES 520-933 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) SACCHAROPHAGUS DEGRADANS (バクテリア)
株: 2-40 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q21PD3

-
非ポリマー , 7種, 438分子

#2: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#5: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#6: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#7: 化合物 ChemComp-BTB / 2-[BIS-(2-HYDROXY-ETHYL)-AMINO]-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL / BIS-TRIS BUFFER / ビストリス


分子量: 209.240 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H19NO5 / コメント: pH緩衝剤*YM
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 426 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.34 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.5 % / 解説: NONE
結晶化pH: 5.5
詳細: 0.2 M NACL, 0.1 M BIS-TRIS, PH 5.5, 25% POLYETHYLENE GLYCOL 3350.

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データ収集

回折平均測定温度: 113 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL9-2 / 波長: 0.97884
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97884 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.08→40 Å / Num. obs: 173965 / % possible obs: 96.2 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 9 % / Biso Wilson estimate: 12.4 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.06 / Net I/σ(I): 17.3
反射 シェル解像度: 1.08→1.14 Å / 冗長度: 5.8 % / Rmerge(I) obs: 0.39 / Mean I/σ(I) obs: 3.8 / % possible all: 82.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.5.0102精密化
iMOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
ACORN位相決定
精密化構造決定の手法: DIRECT METHODS
開始モデル: NONE

解像度: 1.08→62.73 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.977 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.971 / SU B: 0.63 / SU ML: 0.014 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.025 / ESU R Free: 0.025 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.15132 8709 5 %RANDOM
Rwork0.13312 ---
obs0.13403 165083 95.9 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 8.801 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.46 Å20 Å20 Å2
2---0.17 Å20 Å2
3----0.29 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.08→62.73 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3140 0 34 426 3600
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0120.0213406
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d00.022250
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5261.9334676
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.89735494
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.2025467
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg39.46724.233163
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg10.16815518
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg20.3541522
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1110.2501
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0140.0213966
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.02706
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.8951.52130
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.7551.5871
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.59523442
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it4.13931276
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it5.0754.51207
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr2.74215656
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.08→1.108 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.23 463 -
Rwork0.205 9300 -
obs--73.68 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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