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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2yhc | ||||||
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タイトル | Structure of BamD from E. coli | ||||||
要素 | UPF0169 LIPOPROTEIN YFIO | ||||||
キーワード | MEMBRANE PROTEIN (膜タンパク質) / LIPOPROTEIN (リポタンパク質) / ESSENTIAL BAM COMPONENT | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 Bam protein complex / Gram-negative-bacterium-type cell outer membrane assembly / protein insertion into membrane / cell outer membrane / 生体膜 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ESCHERICHIA COLI (大腸菌) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 多重同系置換・異常分散 / 解像度: 1.8 Å | ||||||
データ登録者 | Zeth, K. / Albrecht, R. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2011 タイトル: Structural Basis of Outer Membrane Protein Biogenesis in Bacteria. 著者: Albrecht, R. / Zeth, K. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 2yhc.cif.gz | 99.5 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb2yhc.ent.gz | 77.5 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 2yhc.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yh/2yhc ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yh/2yhc | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 25959.949 Da / 分子数: 1 / 断片: RESIDUES 29-245 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / プラスミド: PET24D / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P0AC02 |
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#2: 化合物 | ChemComp-URE / |
#3: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 1.84 Å3/Da / 溶媒含有率: 33.14 % / 解説: NONE |
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結晶化 | pH: 7 / 詳細: 30% PEG 4000, 10% I-PROH, 0.1 M HEPES PH 7.5 . |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 1 |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.8→40 Å / Num. obs: 16896 / % possible obs: 99.4 % / Observed criterion σ(I): 3.9 / 冗長度: 6.2 % / Rmerge(I) obs: 0.04 / Net I/σ(I): 20.3 |
反射 シェル | 解像度: 1.8→1.9 Å / Rmerge(I) obs: 0.51 / Mean I/σ(I) obs: 3.9 / % possible all: 97.8 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 多重同系置換・異常分散 開始モデル: NONE 解像度: 1.8→28.39 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.959 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.946 / SU B: 7.041 / SU ML: 0.1 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.157 / ESU R Free: 0.139 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 44.667 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.8→28.39 Å
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拘束条件 |
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