PDB-2yhc: Structure of BamD from E. coli

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2yhc

タイトル

Structure of BamD from E. coli

要素

UPF0169 LIPOPROTEIN YFIO

キーワード

MEMBRANE PROTEIN / LIPOPROTEIN / ESSENTIAL BAM COMPONENT

機能・相同性

機能・相同性情報

Bam protein complex / Gram-negative-bacterium-type cell outer membrane assembly / protein insertion into membrane / cell outer membrane / membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

ESCHERICHIA COLI (大腸菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

多重同系置換・異常分散 / 解像度: 1.8 Å

データ登録者

Zeth, K. / Albrecht, R.

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2011
タイトル: Structural Basis of Outer Membrane Protein Biogenesis in Bacteria.
著者: Albrecht, R. / Zeth, K.

履歴

登録	2011年4月28日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2011年6月1日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年8月10日	Group: Database references / Version format compliance
改定 1.2	2024年5月8日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2yhc.cif.gz	99.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2yhc.ent.gz	77.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2yhc.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	2yhc_validation.pdf.gz	440.9 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2yhc_full_validation.pdf.gz	446 KB	表示
XML形式データ	2yhc_validation.xml.gz	11.6 KB	表示
CIF形式データ	2yhc_validation.cif.gz	15.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yh/2yhc ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yh/2yhc	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2yh3C 2yh5C 2yh6C 2yh9C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3phx-2 3c2s-d 5tck-d 2rck-1 1xeu-d 5jp2-2 4myp-d 4b36-d 6f2z-1 2bpp-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#261 - 2021年9月 DNA配列ナノポア (DNA-Sequencing Nanopores) 類似性 (1) #22 - 2001年10月光化学系I (Photosystem I) 類似性 (1) #262 - 2021年10月 PDB構造への50年間のオープンアクセス (Fifty Years of Open Access to PDB Structures ) 類似性 (1) #29 - 2002年5月ペニシリン結合タンパク質 (Penicillin-binding Proteins) 類似性 (1) #95 - 2007年11月多剤耐性輸送体 (Multidrug Resistance Transporters) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#261 - 2021年9月
DNA配列ナノポア (DNA-Sequencing Nanopores)
類似性 (1)
#22 - 2001年10月
光化学系I (Photosystem I)
類似性 (1)
#262 - 2021年10月
PDB構造への50年間のオープンアクセス (Fifty Years of Open Access to PDB Structures )
類似性 (1)
#29 - 2002年5月
ペニシリン結合タンパク質 (Penicillin-binding Proteins)
類似性 (1)
#95 - 2007年11月
多剤耐性輸送体 (Multidrug Resistance Transporters)
類似性 (1)

登録構造単位

A: UPF0169 LIPOPROTEIN YFIO

ヘテロ分子

26 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	53.112, 33.428, 57.783
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 111.41, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	UPF0169 LIPOPROTEIN YFIO / BAMD 分子量: 25959.949 Da / 分子数: 1 / 断片: RESIDUES 29-245 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / プラスミド: PET24D / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P0AC02
#2: 化合物	ChemComp-URE / UREA 分子量: 60.055 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: CH₄N₂O
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 84 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.84 Å³/Da / 溶媒含有率: 33.14 % / 解説: NONE
結晶化	pH: 7 / 詳細: 30% PEG 4000, 10% I-PROH, 0.1 M HEPES PH 7.5 .

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 1
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.8→40 Å / Num. obs: 16896 / % possible obs: 99.4 % / Observed criterion σ(I): 3.9 / 冗長度: 6.2 % / R_merge(I) obs: 0.04 / Net I/σ(I): 20.3
反射シェル	解像度: 1.8→1.9 Å / R_merge(I) obs: 0.51 / Mean I/σ(I) obs: 3.9 / % possible all: 97.8

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.5.0071	精密化
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング
SHARP		位相決定
直接法		位相決定
BUCCANEER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

多重同系置換・異常分散
開始モデル: NONE

解像度: 1.8→28.39 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.959 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.946 / SU B: 7.041 / SU ML: 0.1 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.157 / ESU R Free: 0.139 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.23262	890	5 %	RANDOM
R_work	0.19831	-	-	-
obs	0.20007	16896	100 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 44.667 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.53 Å²	0 Å²	0.58 Å²
2-	-	-0.44 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.33 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.8→28.39 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1704	0	4	84	1792

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.024	0.022	1774
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	2.095	1.936	2415
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.794	5	215
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	38.216	24.04	99
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	19.081	15	289
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	16.73	15	14
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.156	0.2	255
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.012	0.021	1405
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.32	1.5	1063
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.317	2	1710
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	4.005	3	711
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	6.231	4.5	701
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 1.8→1.847 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.371	65	-
R_work	0.273	1234	-
obs	-	-	100 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	4.9656	0.6217	-0.1348	2.8769	-0.3655	2.7929	0.0472	0.2085	0.4499	0.0855	-0.0983	-0.0359	-0.3602	0.2007	0.0511	0.2014	-0.0399	0.018	0.029	0.027	0.0906	28.7807	31.1916	6.2709
2	3.7045	0.5802	0.2684	1.5557	0.2619	1.4309	0.0324	-0.0461	-0.012	0.0721	-0.0173	-0.1105	-0.1893	0.1161	-0.0152	0.0781	-0.0275	0.0032	0.0133	-0.0019	0.0513	30.1939	23.01	10.1827
3	3.8546	0.2014	1.234	1.1959	0.4032	3.1862	0.1114	-0.1036	-0.3696	0.0263	-0.0077	-0.1107	0.1565	0.031	-0.1037	0.0631	-0.0074	0.0068	0.0056	0.0121	0.0845	26.7608	14.2795	11.5769
4	7.5401	3.6334	0.7361	3.0223	0.3104	3.6888	0.0437	-0.6024	-0.5293	-0.0239	-0.1352	-0.2152	0.1388	-0.1412	0.0915	0.0665	-0.0241	0.0352	0.1045	0.0424	0.0987	15.744	12.0643	16.9061
5	2.9072	3.601	0.8582	5.293	0.948	0.6654	-0.141	0.0776	0.0458	-0.2747	0.1502	0.022	-0.0948	0.061	-0.0092	0.0424	-0.0534	0.03	0.1627	-0.0233	0.0946	1.6043	-0.9952	14.629
6	1.701	1.4079	1.6358	1.852	1.4326	2.4916	0.0688	-0.2454	0.0664	0.2088	-0.1162	-0.0066	-0.0401	-0.2235	0.0475	0.0762	-0.0383	0.0214	0.2031	-0.013	0.1274	-2.0928	-3.4566	25.8886

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	11 - 40
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	41 - 62
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	63 - 84
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	85 - 140
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	141 - 184
6	X-RAY DIFFRACTION	6	A	185 - 233

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)