PDB-2yh3: The structure of BamB from E. coli

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2yh3

タイトル

The structure of BamB from E. coli

要素

LIPOPROTEIN YFGL

キーワード

LIPID BINDING PROTEIN / BAM COMPLEX / PROPELLER FOLD

機能・相同性

機能・相同性情報

Bam protein complex / Gram-negative-bacterium-type cell outer membrane assembly / protein insertion into membrane / cell outer membrane / identical protein binding / membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

ESCHERICHIA COLI (大腸菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.6 Å

データ登録者

Albrecht, R. / Zeth, K.

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2011
タイトル: Structural Basis of Outer Membrane Protein Biogenesis in Bacteria.
著者: Albrecht, R. / Zeth, K.

履歴

登録	2011年4月27日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2011年5月25日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年8月10日	Group: Database references / Version format compliance
改定 1.2	2024年5月8日	Group: Data collection / Database references / Other カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2yh3.cif.gz	146.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2yh3.ent.gz	117.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2yh3.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yh/2yh3 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yh/2yh3	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2yh5C 2yh6C 2yh9C 2yhcC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	1f25-d 3p1l-d 3prw-d 2wm4-d 6kkk-2 1q5d-d 3r9b-2 3e6u-4 5li8-d 6j83-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#261 - 2021年9月 DNA配列ナノポア (DNA-Sequencing Nanopores) 類似性 (1) #22 - 2001年10月光化学系I (Photosystem I) 類似性 (1) #262 - 2021年10月 PDB構造への50年間のオープンアクセス (Fifty Years of Open Access to PDB Structures ) 類似性 (1) #29 - 2002年5月ペニシリン結合タンパク質 (Penicillin-binding Proteins) 類似性 (1) #95 - 2007年11月多剤耐性輸送体 (Multidrug Resistance Transporters) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#261 - 2021年9月
DNA配列ナノポア (DNA-Sequencing Nanopores)
類似性 (1)
#22 - 2001年10月
光化学系I (Photosystem I)
類似性 (1)
#262 - 2021年10月
PDB構造への50年間のオープンアクセス (Fifty Years of Open Access to PDB Structures )
類似性 (1)
#29 - 2002年5月
ペニシリン結合タンパク質 (Penicillin-binding Proteins)
類似性 (1)
#95 - 2007年11月
多剤耐性輸送体 (Multidrug Resistance Transporters)
類似性 (1)

登録構造単位

A: LIPOPROTEIN YFGL

40.7 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	101.841, 101.841, 110.598
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	96
Space group name H-M	P4₃2₁2

#1: タンパク質	LIPOPROTEIN YFGL / BAMB 分子量: 40663.070 Da / 分子数: 1 / 断片: RESIDUES 22-392 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株: K-12 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P77774
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 67 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.53 Å³/Da / 溶媒含有率: 65.12 % / 解説: NONE
結晶化	pH: 4.6 / 詳細: 3.5M NH4CL, 0.1M NA-ACETATE PH 4.6

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 1
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.6→50 Å / Num. obs: 17551 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 8.9 % / R_merge(I) obs: 0.07 / Net I/σ(I): 20.6
反射シェル	解像度: 2.6→2.66 Å / R_merge(I) obs: 0.91 / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / % possible all: 99.1

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.5.0110	精密化
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.6→50 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.946 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.903 / SU B: 24.557 / SU ML: 0.246 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.367 / ESU R Free: 0.284 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.26987	925	5 %	RANDOM
R_work	0.21072	-	-	-
obs	0.21358	17551	100 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 66.593 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.2 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	0.2 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.4 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.6→50 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2715	0	0	67	2782

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.019	0.022	2765
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	2.076	1.942	3773
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	9.236	5	361
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	38.968	25.21	119
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	19.904	15	430
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	25.56	15	13
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.141	0.2	440
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.021	2101
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.924	1.5	1783
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.758	2	2860
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.49	3	982
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	4.108	4.5	913
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2.6→2.667 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.434	67	-
R_work	0.355	1271	-
obs	-	-	100 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.1758	-2.0718	-1.9609	2.9163	-0.3821	5.9126	-0.711	0.2716	-0.4099	-0.0502	0.0605	0.3059	0.7404	-1.225	0.6505	0.2447	-0.4753	0.0426	0.4851	-0.2072	0.0678	-12.27	27.024	-7.861
2	-5.974	3.3756	5.8832	5.9952	-0.8018	4.059	0.0686	0.1293	-0.1902	-0.5803	-0.0082	-0.0519	1.1804	-0.5354	-0.0604	0.5687	-0.222	0.1458	0.147	-0.0311	0.1154	-5.901	17.154	3.68
3	1.7757	1.0645	0.1057	-0.1498	-0.1898	2.1119	-0.2979	-0.2447	-0.2118	-0.3003	0.0263	-0.0706	0.6343	-0.035	0.2715	0.4941	-0.0782	0.1734	0.1248	0.0032	0.1763	-4.141	19.096	12.123
4	2.2967	-0.3962	-0.2721	0.9922	-0.5397	2.8999	-0.1408	-0.1849	-0.1518	-0.0148	-0.0628	-0.0319	-0.0053	0.2319	0.2036	0.2658	0.0271	0.0433	0.2523	0.023	0.0735	8.997	33.103	11.921
5	5.6935	-1.1308	-0.2525	0.3217	-0.1962	2.3971	-0.1177	-0.3141	0.0974	-0.0721	0.0505	-0.1024	-0.0777	0.1359	0.0671	0.2695	-0.0034	-0.0019	0.2378	-0.0121	0.0395	9.886	40.895	3.712
6	3.8086	0.0814	0.4991	0.8947	-1.3514	2.8645	-0.076	-0.0332	0.1778	-0.2104	-0.0816	-0.0071	0.0854	-0.1143	0.1576	0.2995	-0.0133	0.0066	0.1768	-0.0367	0.053	7.356	40.97	-7.653
7	1.3878	-1.6028	0.7243	0.8857	-0.158	3.5613	-0.1752	0.2992	0.0851	-0.2424	-0.0129	-0.0921	0.1645	-0.4209	0.1882	0.3284	-0.0509	0.0066	0.2206	-0.0435	0.0298	-0.482	40.825	-13.866
8	3.0723	0.7284	-2.8468	3.1076	-1.6712	8.5284	-0.3727	0.4168	-0.1463	-0.3341	0.0647	-0.1491	0.6513	-0.7261	0.3081	0.39	-0.2199	-0.0008	0.2435	-0.1394	0.0277	-7.461	30.196	-13.233

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	13 - 45
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	46 - 62
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	63 - 143
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	144 - 199
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	200 - 252
6	X-RAY DIFFRACTION	6	A	253 - 288
7	X-RAY DIFFRACTION	7	A	289 - 309
8	X-RAY DIFFRACTION	8	A	310 - 352

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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