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- PDB-2ygc: Structure of vaccinia virus D13 scaffolding protein -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2ygc
タイトルStructure of vaccinia virus D13 scaffolding protein
要素RIFAMPICIN RESISTANCE PROTEIN
キーワードVIRAL PROTEIN / VIRAL EVOLUTION
機能・相同性Poxvirus rifampicin-resistance / Poxvirus rifampicin resistance protein / response to antibiotic / identical protein binding / membrane / Scaffold protein OPG125
機能・相同性情報
生物種VACCINIA VIRUS (ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 3.02 Å
データ登録者Bahar, M.W. / Graham, S.C. / Stuart, D.I. / Grimes, J.M.
引用ジャーナル: Structure / 年: 2011
タイトル: Insights Into the Evolution of a Complex Virus from the Crystal Structure of Vaccinia Virus D13.
著者: Bahar, M.W. / Graham, S.C. / Stuart, D.I. / Grimes, J.M.
履歴
登録2011年4月13日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02011年7月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年9月21日Group: Refinement description
改定 1.22024年11月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_entry_details.has_protein_modification / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: RIFAMPICIN RESISTANCE PROTEIN
B: RIFAMPICIN RESISTANCE PROTEIN
C: RIFAMPICIN RESISTANCE PROTEIN


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)192,9833
ポリマ－192,9833
非ポリマー00
水1,42379
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area16090 Å2
ΔGint-107.1 kcal/mol
Surface area65090 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)190.580, 190.580, 252.960
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number178
Space group name H-MP6122

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要素

#1: タンパク質 RIFAMPICIN RESISTANCE PROTEIN / 62 KDA PROTEIN / D13 SCAFFOLDING PROTEIN


分子量: 64327.750 Da / 分子数: 3 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) VACCINIA VIRUS (ウイルス) / 株: WESTERN RESERVE / プラスミド: POPINF / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / Variant (発現宿主): ROSETTA PLYSS / 参照: UniProt: P68440
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 79 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
構成要素の詳細ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, ASP 513 TO GLY ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN B, ASP 513 TO GLY ...ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, ASP 513 TO GLY ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN B, ASP 513 TO GLY ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN C, ASP 513 TO GLY
Has protein modificationY
配列の詳細SEQUENCE REPRESENTS D13 D513G MUTANT. SINGLE POINT MUTATION ENGINEERED AT RESIDUE 513 IN CHAINS A, ...SEQUENCE REPRESENTS D13 D513G MUTANT. SINGLE POINT MUTATION ENGINEERED AT RESIDUE 513 IN CHAINS A, B, AND C FROM ASPARTATE TO GLYCINE.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.5 Å3/Da / 溶媒含有率: 64 % / 解説: NONE
結晶化pH: 7.5 / 詳細: 4.0 M SODIUM FORMATE., pH 7.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.9792
検出器タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2008年12月14日 / 詳細: MIRRORS
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9792 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3→39.3 Å / Num. obs: 53583 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 20.8 % / Biso Wilson estimate: 80.51 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.21 / Net I/σ(I): 16.9
反射 シェル解像度: 3→3.1 Å / 冗長度: 15.4 % / Rmerge(I) obs: 1.5 / Mean I/σ(I) obs: 2 / % possible all: 98.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.11.1精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
autoSHARP位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散
開始モデル: NONE

解像度: 3.02→39.28 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9262 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.9052 / SU R Cruickshank DPI: 1.513 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 1.317 / SU Rfree Blow DPI: 0.295 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.302
詳細: NCS REPRESENTATION, RESTRAINT LSSR (-AUTONCS). IDEAL-DIST CONTACT TERM CONTACT SETUP. ALL ATOMS HAVE CCP4 ATOM TYPE FROM LIBRARY.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2029 2713 5.07 %RANDOM
Rwork0.17 ---
obs0.1717 53462 99.67 %-
原子変位パラメータBiso mean: 62.45 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-9.7536 Å20 Å20 Å2
2--9.7536 Å20 Å2
3----19.5071 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.477 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.02→39.28 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数12900 0 0 79 12979
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.00913194HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.117953HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d6059SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes339HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes1880HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it13194HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion3.05
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion3.15
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion1832SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies2HARMONIC1
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact14668SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 3.02→3.1 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2975 182 4.78 %
Rwork0.243 3625 -
all0.2457 3807 -
obs--99.67 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.1257-0.0726-0.0371-0.1257-0.01310-0.00340.00540.0018-0.00030.00010.0038-0.0023-0.00270.0032-0.02580.01270.01250.0126-0.00560.0059-28.9702-50.888128.7015
20.672-0.18830.9870.4283-0.24390.9056-0.0263-0.04310.01110.0806-0.0086-0.0295-0.1814-0.06870.0350.00470.00790.0434-0.0414-0.1416-0.050113.4923-54.487441.7629
31.1865-0.3926-0.84950.87650.42732.3887-0.0392-0.02390.13860.14190.0066-0.1064-0.00190.15370.0326-0.0285-0.00090.0011-0.0489-0.0707-0.067730.0861-59.57730.304
40.3139-0.394-0.05450.9782-0.55512.1840.03110.11630.0753-0.1464-0.0637-0.11760.26840.12190.0327-0.03940.03930.0320.0128-0.0396-0.080131.6385-76.1022-0.4057
50.2586-0.11760.48050.42560.10540.3596-0.0358-0.0993-0.07250.0840.07210.00440.07520.0517-0.03640.05680.09130.0288-0.0619-0.0031-0.03821.4817-80.27225.4848
6-0.07220.04590.01990.09370.11050.0076-0.0009-0.0014-0.003-0.00070.0014-0.0011-0.0042-0.0006-0.00050.0131-0.00060.0181-0.003-0.02120.010120.6857-39.582851.915
70.97090.30010.28521.4681-0.1560.2484-0.006-0.1233-0.01380.00560.05610.03030.10340.0087-0.05010.09510.04860.1517-0.0981-0.0408-0.09030.5243-75.602934.3322
80.5031-0.23020.6940.8432-0.36431.95810.0343-0.0309-0.2094-0.01730.03180.17010.227-0.0216-0.066-0.02580.01530.0385-0.0406-0.006-0.0686-2.397-80.506314.4819
90.99930.1698-0.40690.5811-0.39171.1839-0.00270.22350.0371-0.1025-0.10340.05240.1131-0.01360.1061-0.09370.0401-0.0210.0436-0.0089-0.0393-1.2798-59.4628-13.7362
100.5411-0.29980.29880.4640.1640.7762-0.0045-0.07040.0673-0.02740.05080.13860.0063-0.1861-0.0463-0.10510.00410.04830.0373-0.03520.006-14.888-61.531411.9456
11-0.0710.0339-0.06520.0955-0.08750.00020.0017-0.0008-0.0028-0.0011-0.0025-0.0010.00130.00050.00080.0159-0.0108-0.0064-0.01420.01290.00055.7215-92.904140.925
120.8127-0.42940.07690.04990.64650.2914-0.019-0.00610.08050.0607-0.08820.0901-0.0233-0.14930.1072-0.14250.07270.05490.11330.0195-0.0444-9.8871-51.271631.1451
131.37280.380.05770.9634-0.5970.8649-0.11820.01130.39650.04350.08310.1247-0.2308-0.20410.0352-0.06520.0990.0037-0.0765-0.03280.0072-3.5504-38.672417.2787
140.6899-0.0567-0.27130.61440.23072.0913-0.12690.25710.4044-0.02590.0808-0.0146-0.23090.17390.046-0.0894-0.082-0.0678-0.0760.10360.053227.1548-36.55320.6964
150.0623-0.22180.68840.617-0.19540.225-0.1629-0.02140.29970.17760.09240.0229-0.21020.03460.07050.04730.0283-0.0367-0.0951-0.11080.021216.2899-38.217431.666
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1(CHAIN A AND RESIDUES 2 - 10)
2X-RAY DIFFRACTION2(CHAIN A AND RESIDUES 15 - 50)
3X-RAY DIFFRACTION3(CHAIN A AND RESIDUES 51 - 231)
4X-RAY DIFFRACTION4(CHAIN A AND RESIDUES 232 - 404)
5X-RAY DIFFRACTION5(CHAIN A AND RESIDUES 405 - 547)
6X-RAY DIFFRACTION6(CHAIN B AND RESIDUES 2 - 10)
7X-RAY DIFFRACTION7(CHAIN B AND RESIDUES 15 - 50)
8X-RAY DIFFRACTION8(CHAIN B AND RESIDUES 51 - 231)
9X-RAY DIFFRACTION9(CHAIN B AND RESIDUES 232 - 408)
10X-RAY DIFFRACTION10(CHAIN B AND RESIDUES 409 - 547)
11X-RAY DIFFRACTION11(CHAIN C AND RESIDUES 2 - 10)
12X-RAY DIFFRACTION12(CHAIN C AND RESIDUES 15 - 51)
13X-RAY DIFFRACTION13(CHAIN C AND RESIDUES 52 - 231)
14X-RAY DIFFRACTION14(CHAIN C AND RESIDUES 232 - 424)
15X-RAY DIFFRACTION15(CHAIN C AND RESIDUES 425 - 547)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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