+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2yfi | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Crystal Structure of Biphenyl dioxygenase variant RR41 (BPDO-RR41) | ||||||
要素 |
| ||||||
キーワード | OXIDOREDUCTASE / DEGRADATION | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 biphenyl 2,3-dioxygenase / biphenyl 2,3-dioxygenase activity / 3-phenylpropionate catabolic process / : / 2 iron, 2 sulfur cluster binding / iron ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | BURKHOLDERIA XENOVORANS (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.15 Å | ||||||
データ登録者 | Kumar, P. / Bolin, J.T. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2011 タイトル: Retuning Rieske-Type Oxygenases to Expand Substrate Range. 著者: Mohammadi, M. / Viger, J. / Kumar, P. / Barriault, D. / Bolin, J.T. / Sylvestre, M. | ||||||
履歴 |
|
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
---|
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 2yfi.cif.gz | 724.6 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | pdb2yfi.ent.gz | 596.9 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 2yfi.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 2yfi_validation.pdf.gz | 475.1 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | 2yfi_full_validation.pdf.gz | 489.3 KB | 表示 | |
XML形式データ | 2yfi_validation.xml.gz | 66.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 2yfi_validation.cif.gz | 107.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yf/2yfi ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yf/2yfi | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||
2 |
| ||||||||
単位格子 |
|
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 51562.398 Da / 分子数: 6 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) BURKHOLDERIA XENOVORANS (バクテリア) 株: LB400 / Variant: RR41 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: P37333, biphenyl 2,3-dioxygenase #2: タンパク質 | 分子量: 22113.846 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) BURKHOLDERIA XENOVORANS (バクテリア) 株: LB400 / Variant: RR41 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: P37334, biphenyl 2,3-dioxygenase #3: 化合物 | ChemComp-FES / #4: 化合物 | ChemComp-FE2 / #5: 水 | ChemComp-HOH / | 構成要素の詳細 | ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, THR 335 TO ALA ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, PHE 336 TO MET ...ENGINEERED | |
---|
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
---|
-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.3 Å3/Da / 溶媒含有率: 46 % / 解説: NONE |
---|---|
結晶化 | pH: 6 / 詳細: PEG 5000 MME AND PIPES PH 6.5 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
---|---|
放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 0.9 |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2005年7月20日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.15→100 Å / Num. obs: 208106 / % possible obs: 99 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 3.7 % / Biso Wilson estimate: 37 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.06 / Net I/σ(I): 17.4 |
反射 シェル | 解像度: 2.15→2.23 Å / 冗長度: 3 % / Rmerge(I) obs: 0.38 / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / % possible all: 94 |
-解析
ソフトウェア |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRY 2XR8 解像度: 2.15→138.68 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.956 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.942 / SU B: 12.261 / SU ML: 0.166 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.283 / ESU R Free: 0.201 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 45.45 Å2
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.15→138.68 Å
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
|