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- PDB-2yep: STRUCTURE OF AN N-TERMINAL NUCLEOPHILE (NTN) HYDROLASE, OAT2, IN ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2yep
タイトルSTRUCTURE OF AN N-TERMINAL NUCLEOPHILE (NTN) HYDROLASE, OAT2, IN COMPLEX WITH GLUTAMATE
要素
  • (GLUTAMATE N-ACETYLTRANSFERASE 2 BETA ...) x 2
  • GLUTAMATE N-ACETYLTRANSFERASE 2 ALPHA CHAIN
キーワードTRANSFERASE / ACYL ENZYME / NTN HYDROLASE / ACYLTRANSFERASE / ORNITHINE ACETYL TRANSFERASE / HYDROLASE
機能・相同性
機能・相同性情報


L-methionine N-acyltransferase activity / glutamate N-acetyltransferase / L-glutamate N-acetyltransferase activity, acting on acetyl-L-ornithine as donor / ornithine biosynthetic process / amino-acid N-acetyltransferase / clavulanic acid biosynthetic process / L-glutamate N-acetyltransferase activity / L-arginine biosynthetic process / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
arginine biosynthesis bifunctional protein suprefamily / ArgJ beta chain, C-terminal domain / Arginine biosynthesis protein ArgJ / ArgJ beta chain, C-terminal domain / ArgJ family / arginine biosynthesis bifunctional protein fold / L-amino peptidase D-ALA esterase/amidase / L-amino peptidase D-ALA esterase/amidase / ArgJ-like domain superfamily / Ubiquitin-like (UB roll) ...arginine biosynthesis bifunctional protein suprefamily / ArgJ beta chain, C-terminal domain / Arginine biosynthesis protein ArgJ / ArgJ beta chain, C-terminal domain / ArgJ family / arginine biosynthesis bifunctional protein fold / L-amino peptidase D-ALA esterase/amidase / L-amino peptidase D-ALA esterase/amidase / ArgJ-like domain superfamily / Ubiquitin-like (UB roll) / 4-Layer Sandwich / Roll / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / GLUTAMIC ACID / Glutamate N-acetyltransferase Oat2 / Arginine biosynthesis bifunctional protein ArgJ 3
類似検索 - 構成要素
生物種STREPTOMYCES CLAVULIGERUS (バクテリア)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.7 Å
データ登録者Chowdhury, R. / Iqbal, A. / Clifton, I.J. / Schofield, C.J.
引用ジャーナル: Org.Biomol.Chem. / 年: 2011
タイトル: Structural and Biochemical Analyses Reveal How Ornithine Acetyl Transferase Binds Acidic and Basic Amino Acid Substrates.
著者: Iqbal, A. / Clifton, I.J. / Chowdhury, R. / Ivison, D. / Domene, C. / Schofield, C.J.
履歴
登録2011年3月29日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
置き換え2011年9月7日ID: 2W4N
改定 1.02011年9月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年9月13日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_source
Item: _diffrn_source.pdbx_wavelength_list / _diffrn_source.source
改定 2.02019年5月15日Group: Data collection / Derived calculations ...Data collection / Derived calculations / Experimental preparation / Polymer sequence
カテゴリ: entity_poly / exptl_crystal_grow ...entity_poly / exptl_crystal_grow / pdbx_seq_map_depositor_info / struct_conn
Item: _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code_can / _exptl_crystal_grow.temp ..._entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code_can / _exptl_crystal_grow.temp / _pdbx_seq_map_depositor_info.one_letter_code / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 3.02023年11月15日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: atom_site / chem_comp_atom ...atom_site / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_validate_close_contact / struct_site
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.type_symbol / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_validate_close_contact.auth_atom_id_2 / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 3.12023年12月20日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model
改定 3.22024年11月13日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: GLUTAMATE N-ACETYLTRANSFERASE 2 ALPHA CHAIN
B: GLUTAMATE N-ACETYLTRANSFERASE 2 BETA CHAIN
C: GLUTAMATE N-ACETYLTRANSFERASE 2 ALPHA CHAIN
D: GLUTAMATE N-ACETYLTRANSFERASE 2 BETA CHAIN
E: GLUTAMATE N-ACETYLTRANSFERASE 2 ALPHA CHAIN
F: GLUTAMATE N-ACETYLTRANSFERASE 2 BETA CHAIN
G: GLUTAMATE N-ACETYLTRANSFERASE 2 ALPHA CHAIN
H: GLUTAMATE N-ACETYLTRANSFERASE 2 BETA CHAIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)167,22512
ポリマ－166,8138
非ポリマー4124
水7,548419
1
A: GLUTAMATE N-ACETYLTRANSFERASE 2 ALPHA CHAIN
B: GLUTAMATE N-ACETYLTRANSFERASE 2 BETA CHAIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)41,8613
ポリマ－41,7142
非ポリマー1471
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5320 Å2
ΔGint-33.6 kcal/mol
Surface area15900 Å2
手法PISA
2
C: GLUTAMATE N-ACETYLTRANSFERASE 2 ALPHA CHAIN
D: GLUTAMATE N-ACETYLTRANSFERASE 2 BETA CHAIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)41,8613
ポリマ－41,7142
非ポリマー1471
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5910 Å2
ΔGint-43.3 kcal/mol
Surface area19260 Å2
手法PISA
3
E: GLUTAMATE N-ACETYLTRANSFERASE 2 ALPHA CHAIN
F: GLUTAMATE N-ACETYLTRANSFERASE 2 BETA CHAIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)41,7313
ポリマ－41,6722
非ポリマー591
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5370 Å2
ΔGint-33.3 kcal/mol
Surface area15050 Å2
手法PISA
4
G: GLUTAMATE N-ACETYLTRANSFERASE 2 ALPHA CHAIN
H: GLUTAMATE N-ACETYLTRANSFERASE 2 BETA CHAIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)41,7733
ポリマ－41,7142
非ポリマー591
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5290 Å2
ΔGint-34 kcal/mol
Surface area15080 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)61.220, 73.424, 172.327
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 93.26, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(0.999829, -0.015048, -0.010744), (0.016346, 0.990947, 0.133252), (0.008641, -0.133405, 0.991024)-4.214, -25.932, -5.363
2given(0.790481, -0.031223, -0.61169), (-0.043143, -0.999057, -0.004757), (-0.610965, 0.030151, -0.791083)-19.115, 31.996, -68.116
3given(0.77566, -0.026282, -0.630604), (-0.094025, -0.992795, -0.074276), (-0.624108, 0.116905, -0.772543)-23.25, -3.657, -75.583
4given(0.99995, 0.00997, 0.000749), (-0.009984, 0.991762, 0.127707), (0.00053, -0.127708, 0.991812)-4.398, -26.011, -5.468
5given(0.806677, -0.006572, -0.590956), (-0.029791, -0.999119, -0.029553), (-0.590242, 0.041445, -0.806162)-19.985, 31.497, -68.94
6given(0.800696, -0.000496, -0.59907), (-0.076296, -0.991941, -0.101152), (-0.594192, 0.126699, -0.794282)-22.903, -4.505, -76.547

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要素

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タンパク質 , 1種, 4分子 ACEG

#1: タンパク質
GLUTAMATE N-ACETYLTRANSFERASE 2 ALPHA CHAIN / ORNITHINE ACETYLTRANSFERASE 2 ALPHA CHAIN / ORNITHINE TRANSACETYLASE 2 ALPHA CHAIN / OATASE 2 ALPHA CHAIN


分子量: 18837.371 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) STREPTOMYCES CLAVULIGERUS (バクテリア)
プラスミド: PTYB12 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: Q53940, UniProt: P0DJQ5*PLUS, glutamate N-acetyltransferase

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GLUTAMATE N-ACETYLTRANSFERASE 2 BETA ... , 2種, 4分子 BDHF

#2: タンパク質 GLUTAMATE N-ACETYLTRANSFERASE 2 BETA CHAIN / ORNITHINE ACETYLTRANSFERASE 2 BETA CHAIN / ORNITHINE TRANSACETYLASE 2 BETA CHAIN / OATASE 2 BETA CHAIN


分子量: 22876.357 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) STREPTOMYCES CLAVULIGERUS (バクテリア)
プラスミド: PTYB12 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: Q53940, UniProt: P0DJQ5*PLUS, glutamate N-acetyltransferase
#3: タンパク質 GLUTAMATE N-ACETYLTRANSFERASE 2 BETA CHAIN / ORNITHINE ACETYLTRANSFERASE 2 BETA CHAIN / ORNITHINE TRANSACETYLASE 2 BETA CHAIN / OATASE 2 BETA CHAIN


分子量: 22834.320 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) STREPTOMYCES CLAVULIGERUS (バクテリア)
プラスミド: PTYB12 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: Q53940, UniProt: P0DJQ5*PLUS, glutamate N-acetyltransferase

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非ポリマー , 3種, 423分子

#4: 化合物 ChemComp-GLU / GLUTAMIC ACID / グルタミン酸


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 147.129 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C5H9NO4
#5: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 419 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.43 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.4 %
解説: RMERGE AND REDUNDANCY VALUES NOT KNOWN, ESTIMATES GIVEN
結晶化温度: 290 K / pH: 7.5
詳細: 1.4M AMMONIUM SULPHATE, 100MM N-ACETYL -L-GLUTAMATE, 200MM NACL, 100MM TRIS HCL PH 7.5 .

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: SEALED TUBE / タイプ: OXFORD DIFFRACTION NOVA / 波長: 1.5418 / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: OXFORD DIFFRACTION / 検出器: CCD / 日付: 2006年11月10日 / 詳細: MULTI-LAYER OPTIC
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.7→61.12 Å / Num. obs: 60743 / % possible obs: 96 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 1 % / Biso Wilson estimate: 14.5 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.1
反射 シェル% possible all: 95.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS1.1精密化
CrysalisProデータ削減
CrysalisProデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1VZ6, CHAIN A

1vz6


解像度: 2.7→61.12 Å / Rfactor Rfree error: 0.005 / Data cutoff high absF: 3620114.47 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.236 2209 5.4 %RANDOM
Rwork0.218 ---
obs0.218 40637 96 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 25.54 Å2 / ksol: 0.37 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 12.8 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.83 Å20 Å2-0.43 Å2
2--1.1 Å20 Å2
3----0.28 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.34 Å0.31 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a--0.07 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.7→61.12 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数11206 0 26 419 11651
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.015
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.7
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d25.9
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d1.78
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it
Refine LS restraints NCSNCS model details: NONE
LS精密化 シェル解像度: 2.7→2.77 Å / Rfactor Rfree error: 0.019 / Total num. of bins used: 13
Rfactor反射数%反射
Rfree0.236 156 5.1 %
Rwork0.223 2916 -
obs--95.7 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION2TH5.PARTH5.TOP
X-RAY DIFFRACTION3WATER_REP.PARAMWATER.TOP
X-RAY DIFFRACTION4ION.PARAMION.TOP
X-RAY DIFFRACTION5ACT.PARACT.TOP

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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