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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2yep | |||||||||||||||
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タイトル | STRUCTURE OF AN N-TERMINAL NUCLEOPHILE (NTN) HYDROLASE, OAT2, IN COMPLEX WITH GLUTAMATE | |||||||||||||||
要素 |
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キーワード | TRANSFERASE / ACYL ENZYME / NTN HYDROLASE / ACYLTRANSFERASE / ORNITHINE ACETYL TRANSFERASE / HYDROLASE | |||||||||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 glutamate N-acetyltransferase / glutamate N-acetyltransferase activity / ornithine biosynthetic process / methione N-acyltransferase activity / amino-acid N-acetyltransferase / clavulanic acid biosynthetic process / acetyl-CoA:L-glutamate N-acetyltransferase activity / arginine biosynthetic process / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | |||||||||||||||
生物種 | STREPTOMYCES CLAVULIGERUS (バクテリア) | |||||||||||||||
手法 | X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.7 Å | |||||||||||||||
データ登録者 | Chowdhury, R. / Iqbal, A. / Clifton, I.J. / Schofield, C.J. | |||||||||||||||
引用 | ジャーナル: Org.Biomol.Chem. / 年: 2011 タイトル: Structural and Biochemical Analyses Reveal How Ornithine Acetyl Transferase Binds Acidic and Basic Amino Acid Substrates. 著者: Iqbal, A. / Clifton, I.J. / Chowdhury, R. / Ivison, D. / Domene, C. / Schofield, C.J. | |||||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 2yep.cif.gz | 291 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb2yep.ent.gz | 235.3 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 2yep.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 2yep_validation.pdf.gz | 528.4 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 2yep_full_validation.pdf.gz | 566.8 KB | 表示 | |
XML形式データ | 2yep_validation.xml.gz | 61.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 2yep_validation.cif.gz | 85.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ye/2yep ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ye/2yep | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 1vz6S S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCS oper:
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-要素
-タンパク質 , 1種, 4分子 ACEG
#1: タンパク質 | 分子量: 18837.371 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) STREPTOMYCES CLAVULIGERUS (バクテリア) プラスミド: PTYB12 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) 参照: UniProt: Q53940, UniProt: P0DJQ5*PLUS, glutamate N-acetyltransferase |
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-GLUTAMATE N-ACETYLTRANSFERASE 2 BETA ... , 2種, 4分子 BDHF
#2: タンパク質 | 分子量: 22876.357 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) STREPTOMYCES CLAVULIGERUS (バクテリア) プラスミド: PTYB12 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) 参照: UniProt: Q53940, UniProt: P0DJQ5*PLUS, glutamate N-acetyltransferase #3: タンパク質 | | 分子量: 22834.320 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) STREPTOMYCES CLAVULIGERUS (バクテリア) プラスミド: PTYB12 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) 参照: UniProt: Q53940, UniProt: P0DJQ5*PLUS, glutamate N-acetyltransferase |
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-非ポリマー , 3種, 423分子
#4: 化合物 | #5: 化合物 | #6: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.43 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.4 % 解説: RMERGE AND REDUNDANCY VALUES NOT KNOWN, ESTIMATES GIVEN |
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結晶化 | 温度: 290 K / pH: 7.5 詳細: 1.4M AMMONIUM SULPHATE, 100MM N-ACETYL -L-GLUTAMATE, 200MM NACL, 100MM TRIS HCL PH 7.5 . |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: SEALED TUBE / タイプ: OXFORD DIFFRACTION NOVA / 波長: 1.5418 / 波長: 1.5418 Å |
検出器 | タイプ: OXFORD DIFFRACTION / 検出器: CCD / 日付: 2006年11月10日 / 詳細: MULTI-LAYER OPTIC |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.7→61.12 Å / Num. obs: 60743 / % possible obs: 96 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 1 % / Biso Wilson estimate: 14.5 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.1 |
反射 シェル | % possible all: 95.7 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRY 1VZ6, CHAIN A 解像度: 2.7→61.12 Å / Rfactor Rfree error: 0.005 / Data cutoff high absF: 3620114.47 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 25.54 Å2 / ksol: 0.37 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 12.8 Å2
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.7→61.12 Å
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拘束条件 |
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Refine LS restraints NCS | NCS model details: NONE | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル | 解像度: 2.7→2.77 Å / Rfactor Rfree error: 0.019 / Total num. of bins used: 13
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Xplor file |
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