PDB-2ycp: F448H mutant of tyrosine phenol-lyase from Citrobacter freundii i...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2ycp

タイトル

F448H mutant of tyrosine phenol-lyase from Citrobacter freundii in complex with quinonoid intermediate formed with 3-fluoro-L-tyrosine

要素

TYROSINE PHENOL-LYASE

キーワード

LYASE / PYRIDOXAL 5'-PHOSPHATE DEPENDENT ENZYME / BETA-ELIMINATION

機能・相同性

機能・相同性情報

tyrosine phenol-lyase / tyrosine phenol-lyase activity / tyrosine metabolic process
類似検索 - 分子機能

生物種

CITROBACTER FREUNDII (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2 Å

データ登録者

Milic, D. / Demidkina, T.V. / Faleev, N.G. / Phillips, R.S. / Matkovic-Calogovic, D. / Antson, A.A.

引用

ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / 年: 2011
タイトル: Crystallographic Snapshots of Tyrosine Phenol-Lyase Show that Substrate Strain Plays a Role in C-C Bond Cleavage
著者: Milic, D. / Demidkina, T.V. / Faleev, N.G. / Phillips, R.S. / Matkovic-Calogovic, D. / Antson, A.A.

履歴

登録	2011年3月16日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2011年9月14日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年10月26日	Group: Database references
改定 1.2	2019年3月6日	Group: Data collection / Experimental preparation / Other カテゴリ: exptl_crystal_grow / pdbx_database_proc / pdbx_database_status Item: _exptl_crystal_grow.temp / _pdbx_database_status.recvd_author_approval
改定 1.3	2019年5月8日	Group: Data collection / Experimental preparation カテゴリ: database_PDB_rev / database_PDB_rev_record / exptl_crystal_grow Item: _exptl_crystal_grow.method
改定 1.4	2023年12月20日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description / Structure summary カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2ycp.cif.gz	750.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2ycp.ent.gz	622.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2ycp.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	2ycp_validation.pdf.gz	2.2 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2ycp_full_validation.pdf.gz	2.2 MB	表示
XML形式データ	2ycp_validation.xml.gz	86.7 KB	表示
CIF形式データ	2ycp_validation.cif.gz	130.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yc/2ycp ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yc/2ycp	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2ycnC 2yctC 2ez2S C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	2vlh-1 2ycn-1 2vlf-1 2yct-1 6mme-1 6mqq-1 2ez2-1 6mpd-1 6dyt-1 6nv8-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: TYROSINE PHENOL-LYASE

B: TYROSINE PHENOL-LYASE

C: TYROSINE PHENOL-LYASE

D: TYROSINE PHENOL-LYASE

ヘテロ分子

212 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	136.423, 143.757, 118.543
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

-
タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質	TYROSINE PHENOL-LYASE / BETA-TYROSINASE 分子量: 51557.758 Da / 分子数: 4 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) CITROBACTER FREUNDII (バクテリア) プラスミド: PTZTPL/PHE448HIS / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): SVS 370 / 参照: UniProt: P31013, tyrosine phenol-lyase

-
非ポリマー , 9種, 1893分子

#2: 化合物	ChemComp-P61 / (2E)-3-(3-fluoro-4-hydroxyphenyl)-2-{[(Z)-{3-hydroxy-2-methyl-5-[(phosphonooxy)methyl]pyridin-4(1H)-ylidene}methyl]imino}propanoic acid 分子量: 428.306 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₇H₁₈FN₂O₈P
#3: 化合物	ChemComp-PGE / TRIETHYLENE GLYCOL / トリエチレングリコ-ル分子量: 150.173 Da / 分子数: 13 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₄O₄
#4: 化合物	ChemComp-PG4 / TETRAETHYLENE GLYCOL / テトラエチレングリコ-ル分子量: 194.226 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₁₈O₅ / コメント: 沈殿剤*YM
#5: 化合物	ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン分子量: 39.098 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#6: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#7: 化合物	ChemComp-1PE / PENTAETHYLENE GLYCOL / PEG400 / ペンタエチレングリコ-ル分子量: 238.278 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₂₂O₆ / コメント: 沈殿剤*YM
#8: 化合物	ChemComp-P33 / 3,6,9,12,15,18-HEXAOXAICOSANE-1,20-DIOL / HEPTAETHYLENE GLYCOL / PEG330 / ヘプタエチレングリコ-ル分子量: 326.383 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₄H₃₀O₈ / コメント: 沈殿剤*YM
#9: 化合物	ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル分子量: 106.120 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₁₀O₃
#10: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 1861 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

構成要素の詳細	ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, PHE 448 TO HIS ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN B, PHE 448 TO HIS ...ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, PHE 448 TO HIS ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN B, PHE 448 TO HIS ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN C, PHE 448 TO HIS ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN D, PHE 448 TO HIS
非ポリマーの詳細	RESIDUE P61 - (2E)-3-(3-FLUORO-4-HYDROXYPHENYL)-2-{[(Z)-{3- HYDROXY- 2-METHYL-5-[(PHOSPHONOOXY) ...RESIDUE P61 - (2E)-3-(3-FLUORO-4-HYDROXYPHENYL)-2-{[(Z)-{3- HYDROXY- 2-METHYL-5-[(PHOSPHONOOXY)METHYL] PYRIDIN-4(1H)-YLIDENE}METHYL]IMINO PROPANOIC ACID IS THE FORMAL NAME FOR 3-(3-FLUORO-4-HYDROXY-PHENYL) 2-(3-HYDROXY-2-METHYL-5-PHOSPHONOOXYMETHYL-1H-PYRIDIN-4-YLIDENE METHYLIMINO)-PROPIONIC ACID.

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.8 Å³/Da / 溶媒含有率: 56.5 % / 解説: NONE
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8 詳細: CRYSTALS OF THE C. FREUNDII F448H TPL WERE GROWN AT 277 AND 293 K USING THE HANGING DROP VAPOR DIFFUSION METHOD. THE BEST CRYSTALS WERE OBTAINED BY MIXING 2 UL OF THE PROTEIN SOLUTION (18-20 ...詳細: CRYSTALS OF THE C. FREUNDII F448H TPL WERE GROWN AT 277 AND 293 K USING THE HANGING DROP VAPOR DIFFUSION METHOD. THE BEST CRYSTALS WERE OBTAINED BY MIXING 2 UL OF THE PROTEIN SOLUTION (18-20 MG/ML) CONTAINING 50 MM K-PHOSPHATE PH 8.0, 0.5 MM PLP, 1 MM DDT WITH AN EQUAL VOLUME OF THE RESERVOIR SOLUTION CONTAINING 50 MM TRIETHANOLAMINE BUFFER (PH 8.0), 0.5 MM PLP, 2 MM DDT, 0.4 M KCL, AND 35-38% (W/V) POLY(ETHYLENE GLYCOL) 5000 MONOMETHYL ETHER. THE QUINONOID INTERMEDIATE WITH 3-FLUORO-L-TYROSINE WAS PREPARED BY SOAKING THE TPL CRYSTALS FOR ABOUT 30 SECONDS IN THE STABILIZATION SOLUTION CONTAINING 40% POLY(ETHYLENE GLYCOL) 5000 MONOMETHYL ETHER, 50 MM TRIETHANOLAMINE BUFFER (PH 8.0), 0.25 M KCL, 0.2 MM PLP, 0.5 MM DTT AND 10 MM 3-FLUORO-L-TYROSINE. CRYSTALS WERE FROZEN DIRECTLY FROM THE SOAKING SOLUTION.

結晶

マシュー密度: 2.8 Å³/Da / 溶媒含有率: 56.5 % / 解説: NONE

結晶化

温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8
詳細: CRYSTALS OF THE C. FREUNDII F448H TPL WERE GROWN AT 277 AND 293 K USING THE HANGING DROP VAPOR DIFFUSION METHOD. THE BEST CRYSTALS WERE OBTAINED BY MIXING 2 UL OF THE PROTEIN SOLUTION (18-20 ...

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: BM30A / 波長: 0.98
検出器	タイプ: MARRESEARCH SX-165 / 検出器: CCD / 日付: 2005年5月1日 / 詳細: MIRRORS
放射	モノクロメーター: SI(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2→30 Å / Num. obs: 154478 / % possible obs: 99 % / Observed criterion σ(I): -10 / 冗長度: 4.7 % / R_merge(I) obs: 0.09 / Net I/σ(I): 7.5
反射シェル	解像度: 2→2.07 Å / 冗長度: 4.5 % / R_merge(I) obs: 0.53 / Mean I/σ(I) obs: 2.5 / % possible all: 99

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.5.0109	精密化
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2EZ2

2ez2

解像度: 2→30 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.975 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.963 / SU B: 5.341 / SU ML: 0.074 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.126 / ESU R Free: 0.117 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.1747	1547	1 %	RANDOM
R_work	0.1408	-	-	-
obs	0.14114	152931	98.66 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 23.853 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.71 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-1.03 Å²	0 Å²
3-	-	-	1.74 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2→30 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	14444	0	393	1861	16698

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.013	0.022	15329
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.304	1.972	20602
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.297	5	1884
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	33.579	23.763	744
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.773	15	2667
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	14.197	15	112
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.091	0.2	2167
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.021	11600
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.158	2.5	9150
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.906	4	14705
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.752	6	6179
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	5.505	10	5867
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2.003→2.069 Å / Total num. of bins used: 16

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.229	135	-
R_work	0.178	13756	-
obs	-	-	97.29 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.6978	0.0041	0.0302	0.9146	0.0033	0.4239	0.0047	0.1035	-0.0836	-0.1136	-0.0463	0.0848	0.0829	-0.0399	0.0416	0.0706	-0.0078	0.008	0.066	-0.031	0.0269	21.823	-20.397	-15.682
2	0.7739	-0.0931	-0.0181	0.7704	-0.0467	0.4463	-0.01	-0.1031	0.1205	0.1231	-0.0174	0.1217	-0.0739	-0.0689	0.0273	0.069	0.0072	0.0259	0.065	-0.0441	0.0702	14.278	10.512	3.682
3	0.5821	0.0556	-0.0469	0.9166	0.0155	0.4331	-0.0073	0.0839	0.1252	-0.1345	-0.0146	-0.0762	-0.0808	0.081	0.0219	0.0621	-0.0189	-0.0068	0.0606	0.0345	0.0442	56.06	20.14	-17.28
4	0.7466	-0.1619	0.0572	0.973	0.142	0.3468	-0.0352	-0.1199	-0.0252	0.2432	0.038	-0.1305	0.0942	0.105	-0.0028	0.0941	0.0224	-0.0314	0.0847	0.0211	0.0269	63.952	-9.908	3.69
5	1.4288	0.1045	-0.0199	1.5513	-0.2157	0.9815	-0.0286	-0.1123	-0.0889	0.1888	0.0035	0.1497	0.0818	-0.0831	0.0251	0.1032	-0.0289	0.0648	0.0511	0.0059	0.0542	18.535	-29.812	7.379
6	1.886	-0.0971	0.0399	1.5425	-0.0654	1.0776	0.0296	0.211	0.0748	-0.2355	-0.0806	0.2383	-0.0927	-0.1873	0.0511	0.0973	0.0624	-0.0614	0.1152	-0.0169	0.1168	6.068	16.768	-18.991
7	1.6128	0.1176	-0.029	1.4494	0.1719	0.9673	-0.0098	-0.1513	0.1553	0.2017	-0.0201	-0.0952	-0.0723	0.1084	0.0299	0.1075	-0.0419	-0.0374	0.0703	-0.0253	0.0781	58.39	29.916	6.17
8	1.7241	-0.0348	-0.1723	1.5603	-0.0228	1.0186	0.0436	0.1762	-0.0524	-0.1533	-0.0385	-0.1906	0.0876	0.1744	-0.0051	0.0653	0.0538	0.0224	0.1061	0.0127	0.0371	69.827	-17.355	-19.836

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	1 - 13
2	X-RAY DIFFRACTION	1	A	45 - 345
3	X-RAY DIFFRACTION	1	A	405 - 422
4	X-RAY DIFFRACTION	2	B	1 - 13
5	X-RAY DIFFRACTION	2	B	45 - 345
6	X-RAY DIFFRACTION	2	B	405 - 422
7	X-RAY DIFFRACTION	3	C	1 - 13
8	X-RAY DIFFRACTION	3	C	45 - 345
9	X-RAY DIFFRACTION	3	C	405 - 422
10	X-RAY DIFFRACTION	4	D	1 - 13
11	X-RAY DIFFRACTION	4	D	45 - 345
12	X-RAY DIFFRACTION	4	D	405 - 422
13	X-RAY DIFFRACTION	5	A	19 - 44
14	X-RAY DIFFRACTION	5	A	346 - 404
15	X-RAY DIFFRACTION	5	A	434 - 456
16	X-RAY DIFFRACTION	6	B	19 - 44
17	X-RAY DIFFRACTION	6	B	346 - 404
18	X-RAY DIFFRACTION	6	B	434 - 456
19	X-RAY DIFFRACTION	7	C	19 - 44
20	X-RAY DIFFRACTION	7	C	346 - 404
21	X-RAY DIFFRACTION	7	C	434 - 456
22	X-RAY DIFFRACTION	8	D	19 - 44
23	X-RAY DIFFRACTION	8	D	346 - 404
24	X-RAY DIFFRACTION	8	D	434 - 456

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD

-
非ポリマー , 9種, 1893分子

-
詳細

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD

-非ポリマー , 9種, 1893分子

-詳細

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD

-
非ポリマー , 9種, 1893分子

-
詳細

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)