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- PDB-2ycl: complete structure of the corrinoid,iron-sulfur protein including... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2ycl
タイトルcomplete structure of the corrinoid,iron-sulfur protein including the N-terminal domain with a 4Fe-4S cluster
要素
  • CARBON MONOXIDE DEHYDROGENASE CORRINOID/IRON-SULFUR PROTEIN, GAMMA SUBUNIT
  • CO DEHYDROGENASE/ACETYL-COA SYNTHASE, IRON-SULFUR PROTEIN
キーワードTRANSFERASE
機能・相同性
機能・相同性情報


acetyl-CoA catabolic process / methyltransferase activity / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / iron ion binding
類似検索 - 分子機能
Rossmann fold - #11600 / CO dehydrogenase/acetyl-CoA synthase delta subunit, TIM barrel / Acetyl-CoA decarbonylase/synthase complex, gamma subunit / CO dehydrogenase/acetyl-CoA synthase delta subunit / 4Fe-4S domain / Putative Fe-S cluster / 4Fe-4S domain profile. / Dihydropteroate synthase-like / Dihydropteroate synthase-like / TIM Barrel ...Rossmann fold - #11600 / CO dehydrogenase/acetyl-CoA synthase delta subunit, TIM barrel / Acetyl-CoA decarbonylase/synthase complex, gamma subunit / CO dehydrogenase/acetyl-CoA synthase delta subunit / 4Fe-4S domain / Putative Fe-S cluster / 4Fe-4S domain profile. / Dihydropteroate synthase-like / Dihydropteroate synthase-like / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
COBALAMIN / IRON/SULFUR CLUSTER / CO dehydrogenase/acetyl-CoA synthase, iron-sulfur protein / Carbon monoxide dehydrogenase corrinoid/iron-sulfur protein, gamma subunit
類似検索 - 構成要素
生物種CARBOXYDOTHERMUS HYDROGENOFORMANS (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.95 Å
データ登録者Goetzl, S. / Jeoung, J.H. / Hennig, S.E. / Dobbek, H.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2011
タイトル: Structural Basis for Electron and Methyl-Group Transfer in a Methyltransferase System Operating in the Reductive Acetyl-Coa Pathway
著者: Goetzl, S. / Jeoung, J.H. / Hennig, S.E. / Dobbek, H.
履歴
登録2011年3月16日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02011年6月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年8月3日Group: Database references / Other / Version format compliance
改定 1.22012年10月24日Group: Non-polymer description
改定 1.32023年12月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: CARBON MONOXIDE DEHYDROGENASE CORRINOID/IRON-SULFUR PROTEIN, GAMMA SUBUNIT
B: CO DEHYDROGENASE/ACETYL-COA SYNTHASE, IRON-SULFUR PROTEIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)84,0624
ポリマ－82,3802
非ポリマー1,6822
水14,322795
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6410 Å2
ΔGint-39.6 kcal/mol
Surface area29130 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)172.219, 43.476, 101.855
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 119.39, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-2102-

HOH

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要素

#1: タンパク質 CARBON MONOXIDE DEHYDROGENASE CORRINOID/IRON-SULFUR PROTEIN, GAMMA SUBUNIT


分子量: 48469.820 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) CARBOXYDOTHERMUS HYDROGENOFORMANS (バクテリア)
株: Z-2901 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q3ACS3
#2: タンパク質 CO DEHYDROGENASE/ACETYL-COA SYNTHASE, IRON-SULFUR PROTEIN


分子量: 33910.355 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) CARBOXYDOTHERMUS HYDROGENOFORMANS (バクテリア)
株: Z-2901 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q3ACS0
#3: 化合物 ChemComp-B12 / COBALAMIN


分子量: 1330.356 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C62H89CoN13O14P
#4: 化合物 ChemComp-SF4 / IRON/SULFUR CLUSTER


分子量: 351.640 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe4S4
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 795 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.02 Å3/Da / 溶媒含有率: 39 % / 解説: NONE

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.2 / 波長: 0.9184
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9184 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.95→35 Å / Num. obs: 48286 / % possible obs: 99.3 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 3.9 % / Biso Wilson estimate: 18.68 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.1 / Net I/σ(I): 10.36
反射 シェル解像度: 1.95→2 Å / 冗長度: 3.8 % / Rmerge(I) obs: 0.53 / Mean I/σ(I) obs: 2.55 / % possible all: 99.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(PHENIX.REFINE)精密化
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2H9A

2h9a


解像度: 1.95→33.745 Å / SU ML: 0.27 / σ(F): 1.99 / 位相誤差: 27.63 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2514 2415 5 %
Rwork0.1915 --
obs0.1946 48268 99.51 %
溶媒の処理減衰半径: 0.65 Å / VDWプローブ半径: 0.8 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 50.296 Å2 / ksol: 0.427 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-5.1642 Å20 Å2-4.1454 Å2
2--1.2701 Å20 Å2
3----6.4344 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.95→33.745 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5758 0 99 795 6652
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0126104
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.6478353
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.6442323
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.092966
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0111071
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.95-1.98980.36231410.28542681X-RAY DIFFRACTION100
1.9898-2.03310.35551410.26382669X-RAY DIFFRACTION100
2.0331-2.08030.35241420.26762688X-RAY DIFFRACTION100
2.0803-2.13240.30471400.25272659X-RAY DIFFRACTION100
2.1324-2.190.3241420.23822701X-RAY DIFFRACTION100
2.19-2.25440.31241380.26472623X-RAY DIFFRACTION99
2.2544-2.32720.35851400.26482671X-RAY DIFFRACTION99
2.3272-2.41030.28721430.2252701X-RAY DIFFRACTION100
2.4103-2.50680.32261400.2122671X-RAY DIFFRACTION100
2.5068-2.62090.28451420.1982700X-RAY DIFFRACTION100
2.6209-2.7590.25351420.1882696X-RAY DIFFRACTION100
2.759-2.93180.22871420.17862686X-RAY DIFFRACTION100
2.9318-3.1580.22771430.17132723X-RAY DIFFRACTION100
3.158-3.47550.24411420.1692691X-RAY DIFFRACTION100
3.4755-3.97770.20611440.15432736X-RAY DIFFRACTION99
3.9777-5.00890.17371430.13052735X-RAY DIFFRACTION100
5.0089-33.75050.18611500.16232822X-RAY DIFFRACTION99

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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