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- PDB-2yc4: Intraflagellar Transport Complex 25-27 from Chlamydomonas -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2yc4
タイトルIntraflagellar Transport Complex 25-27 from Chlamydomonas
要素
  • INTRAFLAGELLAR TRANSPORT PROTEIN 25
  • SMALL RAB-RELATED GTPASE
キーワードTRANSPORT PROTEIN / CILIUM / IFT COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


intraciliary transport particle B / intraciliary transport / motile cilium / cytoskeleton / endosome / GTPase activity / GTP binding / Golgi apparatus / metal ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Intraflagellar transport protein 25 / small GTPase Rab1 family profile. / Galactose-binding domain-like / Rho (Ras homology) subfamily of Ras-like small GTPases / Ras subfamily of RAS small GTPases / Small GTPase / Ras family / Rab subfamily of small GTPases / Galactose-binding-like domain superfamily / Small GTP-binding protein domain ...Intraflagellar transport protein 25 / small GTPase Rab1 family profile. / Galactose-binding domain-like / Rho (Ras homology) subfamily of Ras-like small GTPases / Ras subfamily of RAS small GTPases / Small GTPase / Ras family / Rab subfamily of small GTPases / Galactose-binding-like domain superfamily / Small GTP-binding protein domain / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / Jelly Rolls / Sandwich / Rossmann fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Intraflagellar transport protein 27 / Intraflagellar transport protein 25
類似検索 - 構成要素
生物種CHLAMYDOMONAS REINHARDTII (クラミドモナス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Bhogaraju, S. / Taschner, M. / Lorentzen, E.
引用ジャーナル: Embo J. / 年: 2011
タイトル: Crystal Structure of the Intraflagellar Transport Complex 25/27.
著者: Bhogaraju, S. / Taschner, M. / Morawetz, M. / Basquin, C. / Lorentzen, E.
履歴
登録2011年3月11日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02011年3月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月26日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32023年12月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: INTRAFLAGELLAR TRANSPORT PROTEIN 25
B: INTRAFLAGELLAR TRANSPORT PROTEIN 25
C: SMALL RAB-RELATED GTPASE
D: SMALL RAB-RELATED GTPASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)77,6628
ポリマ－77,5224
非ポリマー1404
水46826
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6490 Å2
ΔGint-49.7 kcal/mol
Surface area26260 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)50.020, 68.300, 93.780
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 92.42, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(0.9775, 0.193185, 0.0847), (0.185877, -0.978705, 0.087095), (0.099722, -0.069391, -0.992593)-1.58298, -6.61124, 45.6719
2given(0.983811, -0.147133, 0.10231), (-0.141925, -0.988265, -0.05648), (0.10942, 0.041045, -0.993148)-7.40766, 1.40745, 44.2976

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要素

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タンパク質 , 2種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質 INTRAFLAGELLAR TRANSPORT PROTEIN 25 / IFT25


分子量: 15690.838 Da / 分子数: 2 / 断片: RESIDUES 1-135 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) CHLAMYDOMONAS REINHARDTII (クラミドモナス)
発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: B8LIX8
#2: タンパク質 SMALL RAB-RELATED GTPASE / IFT27


分子量: 23070.252 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) CHLAMYDOMONAS REINHARDTII (クラミドモナス)
発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: A8HN58

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非ポリマー , 4種, 30分子

#3: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#4: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#5: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 26 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

配列の詳細C-TERMINAL TRUNCATION, ONLY RESIDUES 1-135 IN CONSTRUCT

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.1 Å3/Da / 溶媒含有率: 42 % / 解説: NONE
結晶化pH: 6 / 詳細: 25%PEG 3350 50MM MES PH 6.0

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06DA / 波長: 0.973
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2010年2月6日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.973 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.8→50 Å / Num. obs: 15717 / % possible obs: 99.3 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.5 % / Biso Wilson estimate: 48.27 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.1 / Net I/σ(I): 14
反射 シェル解像度: 2.8→3 Å / 冗長度: 3 % / Rmerge(I) obs: 0.65 / Mean I/σ(I) obs: 2 / % possible all: 92

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(PHENIX.REFINE)精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1TVG

1tvg


解像度: 2.8→46.848 Å / SU ML: 0.49 / σ(F): 2 / 位相誤差: 34.54 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3158 787 5 %
Rwork0.2254 --
obs0.2298 15717 99.83 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 39.813 Å2 / ksol: 0.309 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 47 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.2698 Å20 Å2-0.3044 Å2
2--0.8346 Å20 Å2
3----2.1045 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.8→46.848 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4629 0 4 26 4659
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.014717
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.3696425
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.5941626
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.082761
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006828
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.8-2.97540.40341300.31452479X-RAY DIFFRACTION100
2.9754-3.20510.3711290.28612450X-RAY DIFFRACTION100
3.2051-3.52750.34361310.2482482X-RAY DIFFRACTION100
3.5275-4.03770.32631310.21052485X-RAY DIFFRACTION100
4.0377-5.08620.24851310.17742480X-RAY DIFFRACTION100
5.0862-46.85480.29261350.21512554X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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