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- PDB-2yb1: Structure of an amidohydrolase from Chromobacterium violaceum (EF... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2yb1
タイトルStructure of an amidohydrolase from Chromobacterium violaceum (EFI target EFI-500202) with bound Mn, AMP and phosphate.
要素AMIDOHYDROLASE
キーワードHYDROLASE
機能・相同性
機能・相同性情報


3',5'-nucleotide bisphosphate phosphatase activity / 3',5'-nucleoside bisphosphate phosphatase / 5'-3' RNA exonuclease activity / 5'-3' DNA exonuclease activity / dephosphorylation / manganese ion binding / nucleotide binding
類似検索 - 分子機能
: / DNA polymerase; domain 1 - #650 / : / PHP domain / PHP domain / Polymerase/histidinol phosphatase, N-terminal / DNA polymerase alpha chain like domain / Polymerase/histidinol phosphatase-like / Metal-dependent hydrolases / DNA polymerase; domain 1 ...: / DNA polymerase; domain 1 - #650 / : / PHP domain / PHP domain / Polymerase/histidinol phosphatase, N-terminal / DNA polymerase alpha chain like domain / Polymerase/histidinol phosphatase-like / Metal-dependent hydrolases / DNA polymerase; domain 1 / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE MONOPHOSPHATE / : / PHOSPHATE ION / 3',5'-nucleoside bisphosphate phosphatase
類似検索 - 構成要素
生物種CHROMOBACTERIUM VIOLACEUM (バクテリア)
手法X線回折 / 単一同系置換・異常分散 / 解像度: 1.898 Å
データ登録者Vetting, M.W. / Hillerich, B. / Foti, R. / Seidel, R.D. / Zencheck, W.D. / Toro, R. / Imker, H.J. / Raushel, F.M. / Gerlt, J.A. / Almo, S.C.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2014
タイトル: Prospecting for Unannotated Enzymes: Discovery of a 3',5'-Nucleotide Bisphosphate Phosphatase within the Amidohydrolase Superfamily.
著者: Cummings, J.A. / Vetting, M.W. / Ghodge, S.V. / Xu, C. / Hillerich, B. / Seidel, R.D. / Almo, S.C. / Raushel, F.M.
履歴
登録2011年2月25日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02011年3月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年1月22日Group: Database references / Version format compliance
改定 1.22014年2月12日Group: Database references
改定 1.32017年7月5日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_source / Item: _diffrn_source.type
改定 1.42024年5月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: AMIDOHYDROLASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,9736
ポリマ－31,3661
非ポリマー6075
水4,882271
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)39.958, 46.765, 130.785
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 AMIDOHYDROLASE


分子量: 31366.447 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: ENZYME FUNCTION INITIATIVE TARGET EFI-500202
由来: (組換発現) CHROMOBACTERIUM VIOLACEUM (バクテリア)
発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 参照: UniProt: Q7NXD4
#2: 化合物 ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION


分子量: 54.938 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn
#3: 化合物 ChemComp-AMP / ADENOSINE MONOPHOSPHATE / AMP


分子量: 347.221 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H14N5O7P / コメント: AMP*YM
#4: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 271 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.95 Å3/Da / 溶媒含有率: 37 % / 解説: NONE
結晶化pH: 6.1
詳細: PROTEIN (15 MG/ML IN 10 MM HEPES PH 7.5, 150 MM NACL, 10% GLYCEROL) WITH 5MM MNCL2, 20 MM AMP ADDED TO 17% PEG 2000 MME, 100 MM BIS-TRIS PH 6.1. CRYO ML, 20% ETHYLENE GLYCOL, 1 MM MN, 2 MM AMP.

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データ収集

回折平均測定温度: 93 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU200 / 波長: 1.5418
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE / 詳細: MIRRORS
放射モノクロメーター: GRAPHITE CRYSTAL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→40 Å / Num. obs: 19389 / % possible obs: 96.9 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 5.3 % / Biso Wilson estimate: 11.07 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.08 / Net I/σ(I): 12.9
反射 シェル解像度: 1.9→2 Å / 冗長度: 3.8 % / Rmerge(I) obs: 0.3 / Mean I/σ(I) obs: 4.1 / % possible all: 82.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(PHENIX.REFINE)精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 単一同系置換・異常分散
開始モデル: NONE

解像度: 1.898→38.039 Å / SU ML: 0.17 / σ(F): 0 / 位相誤差: 19 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2066 968 5.1 %
Rwork0.158 --
obs0.1604 18950 94.12 %
溶媒の処理減衰半径: 0.49 Å / VDWプローブ半径: 0.8 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 49.547 Å2 / ksol: 0.42 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.0632 Å2-0 Å20 Å2
2--2.3032 Å20 Å2
3---1.6929 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.898→38.039 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2136 0 31 271 2438
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0072214
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1273006
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.015791
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.088323
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006396
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.8978-1.99780.2484860.19641964X-RAY DIFFRACTION73
1.9978-2.1230.24791310.16912504X-RAY DIFFRACTION93
2.123-2.28690.24611540.15542549X-RAY DIFFRACTION96
2.2869-2.5170.2131610.15292654X-RAY DIFFRACTION98
2.517-2.88110.20141530.1532674X-RAY DIFFRACTION99
2.8811-3.62950.19221390.14842764X-RAY DIFFRACTION100
3.6295-38.04640.17311440.15892873X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.0113-0.00110.00080.0090.00310.00130.0015-00.0037-0.0021-0.00350.0034-0.0052-0.00430.00650.01720.0010.00170.0077-0.00440.006122.483319.517845.7879
20.1440.05830.02550.13820.00330.1055-0.0024-0.0364-0.0416-0.0156-0.0259-0.0489-0.00670.00160.02080.02830.00830.00570.0240.00950.030730.40538.322538.8378
30.0149-0.02230.03040.0383-0.05090.0681-0.0121-0.00410.00490.03980.0021-0.0206-0.0227-0.00820.00290.0286-0.0013-0.00060.0197-0.00790.031925.968526.010461.2725
40.010.018-0.00610.0450.01510.0568-0.0003-0.01620.00330.0228-0.00170.00620.01210.0040.01080.01330.00470.00210.0173-0.00410.00728.032213.959455.7612
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1(CHAIN A AND RESID 2:96)
2X-RAY DIFFRACTION2(CHAIN A AND RESID 97:169)
3X-RAY DIFFRACTION3(CHAIN A AND RESID 170:237)
4X-RAY DIFFRACTION4(CHAIN A AND RESID 238:283)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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