PDB-2yaj: CRYSTAL STRUCTURE OF GLYCYL RADICAL ENZYME with bound substrate

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2yaj

タイトル

CRYSTAL STRUCTURE OF GLYCYL RADICAL ENZYME with bound substrate

要素

4-HYDROXYPHENYLACETATE DECARBOXYLASE LARGE SUBUNIT
4-HYDROXYPHENYLACETATE DECARBOXYLASE SMALL SUBUNIT

キーワード

LYASE / RADICAL CHEMISTRY / METALLOENZYME / IRON-SULFUR CENTER

機能・相同性

機能・相同性情報

4-hydroxyphenylacetate decarboxylase / 4-hydroxyphenylacetate decarboxylase activity / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / metal ion binding / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

CLOSTRIDIUM SCATOLOGENES (バクテリア)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 1.813 Å

データ登録者

Martins, B.M. / Blaser, M. / Feliks, M. / Ullmann, G.M. / Selmer, T.

引用

ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / 年: 2011
タイトル: Structural Basis for a Kolbe-Type Decarboxylation Catalyzed by a Glycyl Radical Enzyme.
著者: Martins, B.M. / Blaser, M. / Feliks, M. / Ullmann, G.M. / Buckel, W. / Selmer, T.

履歴

登録	2011年2月23日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2011年9月21日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年10月19日	Group: Database references
改定 1.2	2017年7月5日	Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_source / Item: _diffrn_source.type
改定 2.0	2019年10月16日	Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Experimental preparation / Other カテゴリ: atom_site / exptl_crystal_grow ...atom_site / exptl_crystal_grow / pdbx_database_status / reflns_shell Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _exptl_crystal_grow.method / _pdbx_database_status.status_code_sf / _reflns_shell.Rmerge_I_obs
改定 2.1	2023年12月20日	Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_conn / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2yaj.cif.gz	1.1 MB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2yaj.ent.gz	940.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2yaj.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	2yaj_validation.pdf.gz	487.4 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2yaj_full_validation.pdf.gz	512 KB	表示
XML形式データ	2yaj_validation.xml.gz	90 KB	表示
CIF形式データ	2yaj_validation.cif.gz	138.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ya/2yaj ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ya/2yaj	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	2y8nC 1r9dS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	2y8n-2 2y8n-3 6jrq-1 1loo-1 1iwe-d 2jjg-1 5i34-d 5qr3-d 5uqu-d 1ogp-3 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: 4-HYDROXYPHENYLACETATE DECARBOXYLASE LARGE SUBUNIT

B: 4-HYDROXYPHENYLACETATE DECARBOXYLASE SMALL SUBUNIT

C: 4-HYDROXYPHENYLACETATE DECARBOXYLASE LARGE SUBUNIT

D: 4-HYDROXYPHENYLACETATE DECARBOXYLASE SMALL SUBUNIT

ヘテロ分子

222 kDa, 4 ポリマー
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1

A: 4-HYDROXYPHENYLACETATE DECARBOXYLASE LARGE SUBUNIT

B: 4-HYDROXYPHENYLACETATE DECARBOXYLASE SMALL SUBUNIT

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
111 kDa, 2 ポリマー
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2

C: 4-HYDROXYPHENYLACETATE DECARBOXYLASE LARGE SUBUNIT

D: 4-HYDROXYPHENYLACETATE DECARBOXYLASE SMALL SUBUNIT

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
111 kDa, 2 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	133.049, 228.588, 148.226
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	20
Space group name H-M	C222₁

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	C-2299- HOH
2	1	C-2692- HOH

#1: タンパク質	4-HYDROXYPHENYLACETATE DECARBOXYLASE LARGE SUBUNIT / GLYCYL RADICAL ENZYME / 4-HYDROXYPHENYLACETATE DECARBOXYLASE GLYCYL RADICAL SUBUNIT / P- ...GLYCYL RADICAL ENZYME / 4-HYDROXYPHENYLACETATE DECARBOXYLASE GLYCYL RADICAL SUBUNIT / P-HYDROXYPHENYLACETATE DECARBOXYLASE LARGE SUBUNIT 分子量: 100745.500 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) CLOSTRIDIUM SCATOLOGENES (バクテリア) 解説: GERMAN COLLECTION OF MICROORGANISMS / プラスミド: PASK-IBA7 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / Variant (発現宿主): ROSETTA 参照: UniProt: Q38HX4, 4-hydroxyphenylacetate decarboxylase
#2: タンパク質	4-HYDROXYPHENYLACETATE DECARBOXYLASE SMALL SUBUNIT / GLYCYL RADICAL ENZYME / P-HYDROXYPHENYLACETATE DECARBOXYLASE SMALL SUBUNIT 分子量: 9353.634 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) CLOSTRIDIUM SCATOLOGENES (バクテリア) 解説: GERMAN COLLECTION OF MICROORGANISMS / プラスミド: PASK-IBA7 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / Variant (発現宿主): ROSETTA 参照: UniProt: Q38HX3, 4-hydroxyphenylacetate decarboxylase
#3: 化合物	ChemComp-4HP / 4-HYDROXYPHENYLACETATE / 4-ヒドロキシフェニル酢酸分子量: 152.147 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₈O₃
#4: 化合物	ChemComp-SF4 / IRON/SULFUR CLUSTER 分子量: 351.640 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe₄S₄
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 2098 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 5

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.56 Å³/Da / 溶媒含有率: 54 % / 解説: NONE
結晶化	手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: 22 % PEG MME 550, 30 MM MGCL2, 100 MM TRIS/HCL PH 7.5 - 8.4 .

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: 回転陽極 / タイプ: ENRAF-NONIUS FR591 / 波長: 1.5418
検出器	タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 詳細: MIRRORS
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.81→29.16 Å / Num. obs: 202600 / % possible obs: 99 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 5 % / B_iso Wilson estimate: 19.24 Å² / R_merge(I) obs: 0.09 / Net I/σ(I): 13
反射シェル	解像度: 1.81→1.88 Å / R_merge(I) obs: 0.33 / Mean I/σ(I) obs: 5 / % possible all: 99

-
解析

ソフトウェア

名称	分類
XDS	データ削減
XDS	データスケーリング
AMoRE	位相決定
SHARP	位相決定
PHENIX	精密化

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1R9D

1r9d

解像度: 1.813→29.157 Å / SU ML: 0.27 / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 23.71 / 立体化学のターゲット値: ML / 詳細: DISORDERED REGIONS WERE MODELED STEREOCHEMICALLY.

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2442	10130	5 %
R_work	0.1881	-	-
obs	0.1909	202600	99.82 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 83.304 Å² / k_sol: 0.421 e/Å³

原子変位パラメータ

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.8218 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	0.1873 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.6344 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.813→29.157 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	14976	0	54	2098	17128

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.017	15454
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.612	21210
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	19.228	5596
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.094	2223
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.009	2696

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.813-1.8778	0.3474	996	0.3039	18924	X-RAY DIFFRACTION	99
1.8778-1.953	0.3621	1004	0.2944	19091	X-RAY DIFFRACTION	100
1.953-2.0418	0.3113	1006	0.2542	19115	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0418-2.1494	0.2952	1010	0.2373	19176	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1494-2.2841	0.2641	1011	0.2016	19221	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2841-2.4603	0.2363	1011	0.1699	19211	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4603-2.7078	0.2339	1014	0.1564	19253	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7078-3.0992	0.2175	1016	0.1509	19307	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0992-3.9032	0.2078	1022	0.1415	19418	X-RAY DIFFRACTION	100
3.9032-29.1606	0.1873	1040	0.1482	19754	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.1818	-0.0173	0.126	0.0855	-0.1564	0.4965	0.2696	0.0372	-0.2953	-0.399	-0.1827	0.1662	0.4613	0.3462	0.0049	0.4953	0.2066	-0.024	0.1719	-0.097	0.4158	35.0461	50.675	27.5385
2	0.582	-0.1249	-0.1293	0.5927	0.5871	0.4594	0.0067	0.0182	0.0859	0.0035	-0.0122	-0.2701	0.096	0.227	-0.0376	0.0939	0.0847	-0.0106	0.1843	-0.0118	0.1779	41.8224	78.9936	36.6775
3	0.8945	0.356	0.224	0.4264	0.3845	0.5059	-0.0084	-0.3594	-0.2053	0.2499	-0.0844	-0.1498	0.2997	0.0002	-0.0848	0.1735	0.1076	-0.1245	0.1522	0.0015	0.1216	44.6757	72.8249	56.7995
4	0.1483	-0.0431	0.0714	0.2711	-0.0104	0.2419	-0.017	-0.1419	0.1379	0.2515	0.1104	-0.2254	0.0788	0.154	-0.0539	0.1015	0.0654	-0.0558	0.2341	-0.024	0.2166	46.8009	80.0407	48.2154
5	0.1449	0.1448	0.0493	0.2225	-0.0386	0.0974	0.0443	-0.0552	-0.0407	0.0586	-0.0161	-0.0367	0.1256	0.0898	-0.0167	0.1146	0.0493	-0.0303	0.121	0.0054	0.1053	26.6511	83.4656	47.0224
6	0.1247	-0.4352	0.1983	1.5708	-0.5332	0.3236	0.068	0.1588	-0.0051	-0.3	-0.1441	0.0321	0.0643	0.0137	0.0556	0.0294	0.0215	0.0238	0.1316	-0.003	0.0602	24.7907	96.9888	25.0316
7	0.4288	-0.3902	-0.0408	0.7623	-0.0748	0.1226	0.0832	0.1566	-0.0175	-0.3857	-0.0866	-0.0806	0.0099	0.2035	-0.0275	0.2094	0.1184	0.0429	0.2782	-0.0761	0.1783	44.6771	69.7606	18.8368
8	-0.0114	0.002	-0.0572	0.064	-0.079	0.4367	0.0728	0.0141	-0.0104	-0.0263	0.0056	-0.0853	0.0826	0.1308	0.0017	0.1483	0.0747	0.0531	0.1182	-0.0429	0.104	29.124	73.1662	25.7171
9	0.7418	-0.0556	-0.2173	0.3904	0.496	1.0566	-0.0976	0.2503	-0.273	0.1136	0.2102	-0.0147	0.3405	0.0126	-0.0667	0.2946	0.0813	0.04	0.2034	-0.0878	0.1586	24.1574	61.2131	14.5176
10	0.5865	0.3059	0.0762	0.1786	-0.1333	0.4438	0.0471	-0.0034	-0.129	0.0447	-0.0242	-0.0584	0.2912	0.01	-0.0254	0.2762	0.0714	-0.0369	0.0525	-0.0319	0.1081	20.7937	61.7593	34.523
11	0.5013	0.0279	0.4188	0.5572	-0.4343	0.5887	-0.0275	0.0484	0.0332	-0.0065	-0.0019	0.1063	0.1208	0.0115	0.0139	0.1172	0.006	-0.0109	0.1092	-0.0193	0.1203	12.6434	76.2267	32.7546
12	0.2961	0.0906	0.0026	0.6268	0.068	0.4776	0.0672	0.0051	-0.0289	0.2347	0.0192	-0.0423	0.1166	0.0374	-0.082	0.1673	0.0177	-0.0294	0.0946	0.007	0.0931	17.8247	79.8308	58.1731
13	0.6361	-0.0106	0.1716	0.692	-0.3134	0.2216	0.2251	-0.2414	-0.0553	0.1455	-0.1379	-0.2397	0.3487	0.1382	-0.0772	0.5445	0.0407	-0.0608	0.1938	0.0539	0.213	22.8863	61.134	75.0734
14	0.0939	-0.0431	-0.0191	0.0677	0.0442	0.0236	-0.0393	-0.1991	-0.0378	0.0777	0.0989	-0.0989	0.055	0.1308	0.0532	0.6268	0.464	-0.1039	0.6245	-0.0512	0.5376	28.0072	52.7878	76.2016
15	0.1513	0.2505	0.0292	0.468	0.2074	0.5435	0.0287	-0.0061	-0.0554	0.1732	-0.0235	0.0111	0.3193	-0.0371	-0.0141	0.2747	0.0125	-0.0322	0.0882	0.0178	0.1223	14.1387	68.0924	61.4407
16	0.6136	0.3265	-0.1115	0.2025	-0.1666	0.5038	0.0016	-0.0479	-0.2393	-0.0675	0.0082	-0.0292	0.2624	0.0734	-0.0152	0.4404	0.0134	-0.0326	0.0714	0.0328	0.1803	10.3034	57.9721	51.6614
17	0.1831	0.0096	0.1396	0.0557	-0.0891	0.3559	-0.3077	-0.1342	-0.4689	-0.101	0.2562	-0.0052	0.0852	-0.0345	0.0956	0.5049	-0.0435	-0.0085	0.166	-0.01	0.3281	11.8366	45.0262	38.351
18	0.9084	-0.157	0.2053	0.2366	0.0801	0.1123	-0.0619	-0.0365	-0.466	0.3602	0.0991	-0.0063	-0.009	0.0121	-0.0753	0.5399	0.0515	-0.1035	0.0881	0.0329	0.2239	18.635	53.2941	47.9197
19	0.0927	0.1237	0.0914	0.2605	-0.0009	0.1913	0.2876	-0.0415	-0.1008	-0.2941	-0.0196	-0.3469	0.5426	0.0067	-0.2583	0.4439	0.1026	-0.1199	0.0989	-0.0089	0.2124	32.6654	56.2619	48.2953
20	0.0994	-0.0473	0.0297	0.0209	-0.0091	0.1034	0.0354	-0.065	-0.0755	0.1297	-0.019	-0.1238	-0.2114	0.0027	0.0327	0.5892	0.0949	-0.0787	0.1543	0.0367	0.2797	20.3372	50.6227	55.3652
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17	X-RAY DIFFRACTION	17	(CHAIN A AND RESID 821:830)
18	X-RAY DIFFRACTION	18	(CHAIN A AND RESID 831:861)
19	X-RAY DIFFRACTION	19	(CHAIN A AND RESID 862:886)
20	X-RAY DIFFRACTION	20	(CHAIN A AND RESID 887:897)
21	X-RAY DIFFRACTION	21	(CHAIN B AND RESID 1:9)
22	X-RAY DIFFRACTION	22	(CHAIN B AND RESID 10:23)
23	X-RAY DIFFRACTION	23	(CHAIN B AND RESID 24:29)
24	X-RAY DIFFRACTION	24	(CHAIN B AND RESID 30:36)
25	X-RAY DIFFRACTION	25	(CHAIN B AND RESID 37:41)
26	X-RAY DIFFRACTION	26	(CHAIN B AND RESID 42:49)
27	X-RAY DIFFRACTION	27	(CHAIN B AND RESID 50:58)
28	X-RAY DIFFRACTION	28	(CHAIN B AND RESID 59:67)
29	X-RAY DIFFRACTION	29	(CHAIN B AND RESID 68:81)
30	X-RAY DIFFRACTION	30	(CHAIN B AND RESID 82:86)
31	X-RAY DIFFRACTION	31	(CHAIN C AND RESID 25:30)
32	X-RAY DIFFRACTION	32	(CHAIN C AND RESID 31:39)
33	X-RAY DIFFRACTION	33	(CHAIN C AND RESID 40:121)
34	X-RAY DIFFRACTION	34	(CHAIN C AND RESID 122:152)
35	X-RAY DIFFRACTION	35	(CHAIN C AND RESID 153:186)
36	X-RAY DIFFRACTION	36	(CHAIN C AND RESID 187:238)
37	X-RAY DIFFRACTION	37	(CHAIN C AND RESID 239:273)
38	X-RAY DIFFRACTION	38	(CHAIN C AND RESID 274:301)
39	X-RAY DIFFRACTION	39	(CHAIN C AND RESID 302:319)
40	X-RAY DIFFRACTION	40	(CHAIN C AND RESID 320:450)
41	X-RAY DIFFRACTION	41	(CHAIN C AND RESID 451:515)
42	X-RAY DIFFRACTION	42	(CHAIN C AND RESID 516:658)
43	X-RAY DIFFRACTION	43	(CHAIN C AND RESID 659:684)
44	X-RAY DIFFRACTION	44	(CHAIN C AND RESID 685:698)
45	X-RAY DIFFRACTION	45	(CHAIN C AND RESID 699:733)
46	X-RAY DIFFRACTION	46	(CHAIN C AND RESID 734:783)
47	X-RAY DIFFRACTION	47	(CHAIN C AND RESID 784:819)
48	X-RAY DIFFRACTION	48	(CHAIN C AND RESID 820:828)
49	X-RAY DIFFRACTION	49	(CHAIN C AND RESID 829:862)
50	X-RAY DIFFRACTION	50	(CHAIN C AND RESID 863:897)
51	X-RAY DIFFRACTION	51	(CHAIN D AND RESID 1:5)
52	X-RAY DIFFRACTION	52	(CHAIN D AND RESID 6:20)
53	X-RAY DIFFRACTION	53	(CHAIN D AND RESID 21:30)
54	X-RAY DIFFRACTION	54	(CHAIN D AND RESID 31:37)
55	X-RAY DIFFRACTION	55	(CHAIN D AND RESID 38:47)
56	X-RAY DIFFRACTION	56	(CHAIN D AND RESID 48:54)
57	X-RAY DIFFRACTION	57	(CHAIN D AND RESID 55:61)
58	X-RAY DIFFRACTION	58	(CHAIN D AND RESID 62:67)
59	X-RAY DIFFRACTION	59	(CHAIN D AND RESID 68:75)
60	X-RAY DIFFRACTION	60	(CHAIN D AND RESID 76:86)

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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