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- PDB-2y9h: Structure A of CRISPR endoribonuclease Cse3 bound to 19 nt RNA -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2y9h
タイトルStructure A of CRISPR endoribonuclease Cse3 bound to 19 nt RNA
要素
  • 5'-R(*UP*CP*CP*CP*CP*AP*CP*GP*CP*GP*UP*GP*UP*GP *GP*GP*DGP*AP*UP)-3'
  • CSE3
キーワードHYDROLASE/RNA / HYDROLASE-RNA COMPLEX / FERREDOXIN-LIKE
機能・相同性
機能・相同性情報


endonuclease activity / defense response to virus / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / RNA binding
類似検索 - 分子機能
Crispr-associated protein; domain 1 / Crispr-associated protein; domain 2 / CRISPR-associated protein Cse3 / CRISPR associated protein / CRISPR_assoc / Alpha-Beta Plaits / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
RNA / RNA (> 10) / CRISPR-associated endoribonuclease Cse3
類似検索 - 構成要素
生物種THERMUS THERMOPHILUS (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Sashital, D.G. / Jinek, M. / Doudna, J.A.
引用ジャーナル: Nat.Struct.Mol.Biol. / 年: 2011
タイトル: An RNA-Induced Conformational Change Required for Crispr RNA Cleavage by the Endoribonuclease Cse3.
著者: Sashital, D.G. / Jinek, M. / Doudna, J.A.
履歴
登録2011年2月14日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02011年5月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年6月9日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32022年11月2日Group: Database references / Other / カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf
改定 1.42024年1月31日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: CSE3
B: 5'-R(*UP*CP*CP*CP*CP*AP*CP*GP*CP*GP*UP*GP*UP*GP *GP*GP*DGP*AP*UP)-3'
C: CSE3
D: 5'-R(*UP*CP*CP*CP*CP*AP*CP*GP*CP*GP*UP*GP*UP*GP *GP*GP*DGP*AP*UP)-3'
E: CSE3
F: 5'-R(*UP*CP*CP*CP*CP*AP*CP*GP*CP*GP*UP*GP*UP*GP *GP*GP*DGP*AP*UP)-3'
G: CSE3
H: 5'-R(*UP*CP*CP*CP*CP*AP*CP*GP*CP*GP*UP*GP*UP*GP *GP*GP*DGP*AP*UP)-3'
I: CSE3
J: 5'-R(*UP*CP*CP*CP*CP*AP*CP*GP*CP*GP*UP*GP*UP*GP *GP*GP*DGP*AP*UP)-3'
K: CSE3
L: 5'-R(*UP*CP*CP*CP*CP*AP*CP*GP*CP*GP*UP*GP*UP*GP *GP*GP*DGP*AP*UP)-3'
M: CSE3
N: 5'-R(*UP*CP*CP*CP*CP*AP*CP*GP*CP*GP*UP*GP*UP*GP *GP*GP*DGP*AP*UP)-3'
O: CSE3
P: 5'-R(*UP*CP*CP*CP*CP*AP*CP*GP*CP*GP*UP*GP*UP*GP *GP*GP*DGP*AP*UP)-3'


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)240,95716
ポリマ－240,95716
非ポリマー00
水8,557475
1
A: CSE3
B: 5'-R(*UP*CP*CP*CP*CP*AP*CP*GP*CP*GP*UP*GP*UP*GP *GP*GP*DGP*AP*UP)-3'


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,1202
ポリマ－30,1202
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2230 Å2
ΔGint-21.8 kcal/mol
Surface area13890 Å2
手法PISA
2
C: CSE3
D: 5'-R(*UP*CP*CP*CP*CP*AP*CP*GP*CP*GP*UP*GP*UP*GP *GP*GP*DGP*AP*UP)-3'


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,1202
ポリマ－30,1202
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2190 Å2
ΔGint-22.1 kcal/mol
Surface area13690 Å2
手法PISA
3
E: CSE3
F: 5'-R(*UP*CP*CP*CP*CP*AP*CP*GP*CP*GP*UP*GP*UP*GP *GP*GP*DGP*AP*UP)-3'


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,1202
ポリマ－30,1202
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2130 Å2
ΔGint-22 kcal/mol
Surface area13880 Å2
手法PISA
4
G: CSE3
H: 5'-R(*UP*CP*CP*CP*CP*AP*CP*GP*CP*GP*UP*GP*UP*GP *GP*GP*DGP*AP*UP)-3'


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,1202
ポリマ－30,1202
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2110 Å2
ΔGint-22.7 kcal/mol
Surface area12740 Å2
手法PISA
5
I: CSE3
J: 5'-R(*UP*CP*CP*CP*CP*AP*CP*GP*CP*GP*UP*GP*UP*GP *GP*GP*DGP*AP*UP)-3'


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,1202
ポリマ－30,1202
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2010 Å2
ΔGint-19.6 kcal/mol
Surface area12730 Å2
手法PISA
6
K: CSE3
L: 5'-R(*UP*CP*CP*CP*CP*AP*CP*GP*CP*GP*UP*GP*UP*GP *GP*GP*DGP*AP*UP)-3'


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,1202
ポリマ－30,1202
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1850 Å2
ΔGint-17.3 kcal/mol
Surface area12570 Å2
手法PISA
7
M: CSE3
N: 5'-R(*UP*CP*CP*CP*CP*AP*CP*GP*CP*GP*UP*GP*UP*GP *GP*GP*DGP*AP*UP)-3'


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,1202
ポリマ－30,1202
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1950 Å2
ΔGint-18.6 kcal/mol
Surface area12240 Å2
手法PISA
8
O: CSE3
P: 5'-R(*UP*CP*CP*CP*CP*AP*CP*GP*CP*GP*UP*GP*UP*GP *GP*GP*DGP*AP*UP)-3'


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,1202
ポリマ－30,1202
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area860 Å2
ΔGint-11.7 kcal/mol
Surface area13210 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)85.860, 149.810, 87.260
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 94.60, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

-
要素

#1: タンパク質
CSE3 / TTHB192


分子量: 24049.973 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) THERMUS THERMOPHILUS (バクテリア)
株: HB8 / プラスミド: PSV272 - HIS6-MBP-TEV / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) / 参照: UniProt: Q53WG9
#2: RNA鎖
5'-R(*UP*CP*CP*CP*CP*AP*CP*GP*CP*GP*UP*GP*UP*GP *GP*GP*DGP*AP*UP)-3'


分子量: 6069.650 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: RNA WITH 2'DEOXY MODIFICATION AT G 21
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 475 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.32 Å3/Da / 溶媒含有率: 47 % / 解説: NONE
結晶化pH: 6.2 / 詳細: 0.1 M MES, PH 6.2, 8% PEG (W/V) 10000.

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.2.1 / 波長: 0.999963
検出器タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2010年9月12日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.999963 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→58.7 Å / Num. obs: 75718 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 5.6 % / Biso Wilson estimate: 46.27 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.1 / Net I/σ(I): 13.84
反射 シェル解像度: 2.5→2.56 Å / 冗長度: 5.2 % / Rmerge(I) obs: 0.78 / Mean I/σ(I) obs: 2.14 / % possible all: 99.8

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(PHENIX.REFINE)精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2Y8W

2y8w


解像度: 2.5→58.697 Å / SU ML: 0.49 / σ(F): 1.99 / 位相誤差: 36.15 / 立体化学のターゲット値: ML
詳細: CHAIN E RESIDUES 160-161 ARE DISORDERED. CHAIN G RESIDUES 51-55 AND 159-166 ARE DISORDERED. CHAIN I RESIDUES 52-54, 74, 140-141 AND 156- 167 ARE DISORDERED. CHAIN K RESIDUES 52-54, 140-143 ...詳細: CHAIN E RESIDUES 160-161 ARE DISORDERED. CHAIN G RESIDUES 51-55 AND 159-166 ARE DISORDERED. CHAIN I RESIDUES 52-54, 74, 140-141 AND 156- 167 ARE DISORDERED. CHAIN K RESIDUES 52-54, 140-143 AND 156-169 ARE DISORDERED. CHAIN M RESIDUES 51-55, 140-142 AND 157-168 ARE DISORDERED. CHAIN O RESIDUES 51-55, 71- 75, 138-143 AND 154-172 ARE DISORDERED. SIDE CHAINS FOR CHAIN O WERE OMITTED DUE TO HIGH DEGREES OF DISORDER THROUGHOUT THE MOLECULE. PHOSPHATE BETWEEN A22 AND U23 IS PRESENT FOR CHAINS B, D, F, H, J AND L, AND REST OF U23 IS DISORDERED FOR ALL RNA CHAINS.
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2895 1761 2.3 %
Rwork0.2305 --
obs0.232 75718 99.77 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 48.777 Å2 / ksol: 0.368 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 49.2 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.6493 Å20 Å2-2.7582 Å2
2---2.0188 Å20 Å2
3---0.3695 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→58.697 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数12116 3072 0 475 15663
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00915787
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.21522096
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.9276367
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.072593
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0072341
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.5-2.58940.42631770.33397355X-RAY DIFFRACTION100
2.5894-2.6930.40621800.31217384X-RAY DIFFRACTION100
2.693-2.81560.39211770.29527397X-RAY DIFFRACTION100
2.8156-2.9640.30971540.26077389X-RAY DIFFRACTION100
2.964-3.14970.3371850.23487385X-RAY DIFFRACTION100
3.1497-3.39290.28111700.22227424X-RAY DIFFRACTION100
3.3929-3.73430.28781880.22647386X-RAY DIFFRACTION100
3.7343-4.27450.27771680.20417417X-RAY DIFFRACTION100
4.2745-5.38490.22811850.18617425X-RAY DIFFRACTION100
5.3849-58.71270.24211770.22127395X-RAY DIFFRACTION98
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.0418-0.3083-0.1880.6820.11740.01470.1062-0.0746-0.15120.0475-0.1855-0.1226-0.02240.007-0.00260.1455-0.003-0.05990.12190.12060.2667-37.5827-15.623537.6104
21.11990.84830.01931.1438-0.44761.44570.3299-0.7401-0.57710.4726-0.337-0.6687-0.111-0.00250.12320.316-0.178-0.14340.41280.33140.3771-37.9345-11.343256.8063
30.28320.55720.30961.54010.21850.33910.1844-0.0369-0.0859-0.1333-0.31180.1090.0027-0.0352-0.02410.14330.0639-0.09230.0803-0.04140.1484-48.4046-51.5125-7.2607
40.97820.04270.44581.4577-0.27390.94590.26710.07870.1309-0.1764-0.3216-0.81110.22380.26030.06710.09270.0229-0.00570.16030.13560.5034-28.8867-49.7441-6.0596
51.188-0.81870.06461.22150.22280.14760.10710.24810.2103-0.1287-0.3106-0.34340.00260.0120.0570.10230.05680.03260.13440.10630.1354-33.6734-14.4935-5.5918
60.6910.5020.10230.6878-0.17250.2102-0.06220.2724-0.00480.1113-0.04330.1522-0.1316-0.1030.00180.28140.0444-0.05150.1386-0.03780.1203-34.4004-10.562213.7537
70.366-0.4570.06131.3687-0.44270.45020.10760.00340.0115-0.0283-0.2199-0.0929-0.0017-0.00120.07380.13920.0085-0.09270.13410.0240.1475-52.2247-51.423235.8596
80.0311-0.0096-0.08031.4340.48620.8699-0.09810.05650.1498-0.0041-0.0779-1.0845-0.09650.4430.20820.1001-0.0048-0.11780.24250.21490.5961-32.4624-50.467637.1035
91.1491-0.44930.10350.0670.10240.541-0.0793-0.0307-0.0696-0.00440.08590.14240.13270.0313-0.00240.14140.038-0.03310.0638-0.00080.13153.0466-34.04948.6026
100.65-0.5247-0.16560.5107-0.29050.63310.3032-0.0811-0.099-0.3109-0.0950.0813-0.07350.1828-0.09940.20080.0378-0.01920.2781-0.0190.06098.6394-34.296928.8641
110.5888-0.002-0.01881.2636-0.19020.45130.00170.11610.0541-0.09280.0410.216-0.07190.1304-0.04890.15880.05990.00240.0953-0.00050.09956.421-33.81475.3098
122.7415-0.6478-1.41180.44030.57030.98720.34620.3243-0.127-0.09350.04780.203-0.4507-0.2613-0.31380.22420.20520.02840.4740.1020.102412.3055-33.5759-14.6646
130.78410.0828-0.48191.1007-0.19460.3212-0.13-0.05740.0741-0.22780.14990.12060.0554-0.0760.0690.11490.0026-0.04770.09860.010.0859-7.7712-75.783314.9921
140.40170.5414-0.07170.6202-0.14790.27610.1013-0.16660.17760.0024-0.07080.6276-0.38760.0569-0.03350.3364-0.0598-0.03290.2066-0.01990.4974-1.5298-57.494420.3696
150.6071-0.0666-0.59450.2540.08361.34610.1723-0.09050.35470.40070.4884-0.1256-0.0557-0.163-0.43061.0667-0.0934-0.5190.22630.04430.92863.5646-1.283628.3898
160.2812-0.81870.10122.6717-0.10690.16870.05370.33020.18040.78340.31860.3905-0.1263-0.152-0.18461.06630.2913-0.43620.86730.35081.9572-2.021617.470623.1418
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1CHAIN A
2X-RAY DIFFRACTION2CHAIN B
3X-RAY DIFFRACTION3CHAIN C
4X-RAY DIFFRACTION4CHAIN D
5X-RAY DIFFRACTION5CHAIN E
6X-RAY DIFFRACTION6CHAIN F
7X-RAY DIFFRACTION7CHAIN G
8X-RAY DIFFRACTION8CHAIN H
9X-RAY DIFFRACTION9CHAIN I
10X-RAY DIFFRACTION10CHAIN J
11X-RAY DIFFRACTION11CHAIN K
12X-RAY DIFFRACTION12CHAIN L
13X-RAY DIFFRACTION13CHAIN M
14X-RAY DIFFRACTION14CHAIN N
15X-RAY DIFFRACTION15CHAIN O
16X-RAY DIFFRACTION16CHAIN P

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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