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万見
- PDB-2y95: Solution structure of AUCG tetraloop hairpin found in human Xist ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2y95
タイトルSolution structure of AUCG tetraloop hairpin found in human Xist RNA A-repeats essential for X-inactivation
要素5'-R(*GP*GP*CP*GP*CP*AP*UP*CP*GP*GP*CP*GP*CP*C)-3'
キーワードRNA / X CHROMOSOME INACTIVATION / RNA STEMLOOP
機能・相同性: / RNA / RNA (> 10)
機能・相同性情報
生物種HOMO SAPIENS (ヒト)
手法溶液NMR / ARIA
データ登録者Duszczyk, M.M. / Sattler, M.
引用
ジャーナル: RNA / 年: 2011
タイトル: The Xist RNA A-Repeat Comprises a Novel Aucg Tetraloop Fold and a Platform for Multimerization.
著者: Duszczyk, M.M. / Wutz, A. / Rybin, V. / Sattler, M.
#1: ジャーナル: Biomol.NMR Assign. / 年: 2012
タイトル: (1)H, (13)C, (15)N and (31)P Chemical Shift Assignments of a Human Xist RNA A-Repeat Tetraloop Hairpin Essential for X-Chromosome Inactivation.
著者: Duszczyk, M.M. / Sattler, M.
履歴
登録2011年2月11日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02011年10月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年3月21日Group: Other
改定 1.22018年1月24日Group: Data collection / Experimental preparation
カテゴリ: pdbx_nmr_exptl_sample_conditions / pdbx_nmr_spectrometer
Item: _pdbx_nmr_exptl_sample_conditions.ionic_strength / _pdbx_nmr_exptl_sample_conditions.ionic_strength_units ..._pdbx_nmr_exptl_sample_conditions.ionic_strength / _pdbx_nmr_exptl_sample_conditions.ionic_strength_units / _pdbx_nmr_exptl_sample_conditions.pH / _pdbx_nmr_exptl_sample_conditions.pH_units / _pdbx_nmr_exptl_sample_conditions.pressure / _pdbx_nmr_exptl_sample_conditions.pressure_units / _pdbx_nmr_spectrometer.manufacturer / _pdbx_nmr_spectrometer.model
改定 1.32023年6月14日Group: Data collection / Database references / Other
カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status / pdbx_nmr_software
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_cs / _pdbx_database_status.status_code_mr / _pdbx_database_status.status_code_nmr_data / _pdbx_nmr_software.name
改定 1.42024年6月19日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / Item: _database_2.pdbx_DOI

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 5'-R(*GP*GP*CP*GP*CP*AP*UP*CP*GP*GP*CP*GP*CP*C)-3'


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)4,4931
ポリマ－4,4931
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)10 / 100LEAST RESTRAINT VIOLATION, LOW ENERGY, AGREEMENT WITH CHEMICAL SHIFTS CALCULATED BY NUCHEMICS
代表モデル

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要素

#1: RNA鎖 5'-R(*GP*GP*CP*GP*CP*AP*UP*CP*GP*GP*CP*GP*CP*C)-3' / XIST RNA A-REPEAT / HOMO SAPIENS X (INACTIVE)-SPECIFIC TRANSCRIPT / XIST


分子量: 4492.739 Da / 分子数: 1 / 断片: HAIRPIN 1, RESIDUES 609-622 / 変異: YES / 由来タイプ: 合成
詳細: HAIRPIN 1 FROM THE 6TH HUMAN A-REPEAT CORRESPONDING TO NUCLEOTIDES 609-622 IN M97168.1 GENBANK ENTRY. THE THIRD G-C BASE-PAIR IS REPLACED BY C-G TO FACILITATE CHEMICAL SHIFT ASSIGNMENTS AND ...詳細: HAIRPIN 1 FROM THE 6TH HUMAN A-REPEAT CORRESPONDING TO NUCLEOTIDES 609-622 IN M97168.1 GENBANK ENTRY. THE THIRD G-C BASE-PAIR IS REPLACED BY C-G TO FACILITATE CHEMICAL SHIFT ASSIGNMENTS AND THE CLOSING G-U BASE PAIR IS REPLACED BY G-C
由来: (合成) HOMO SAPIENS (ヒト) / 参照: GenBank: 340393
構成要素の詳細ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, C 612 TO G ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, G 619 TO C ENGINEERED ...ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, C 612 TO G ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, G 619 TO C ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, U 622 TO C

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1112D 1H-1H NOESY WITH WATERGATE AND WATERFLIPBACK
2212D 1H-13C HSQC
2312D 1H-1H NOESY
3412D 1H-13C HC-TROSY
3512D 1H-1H TOCSY
4612D 1H-15N HSQC
471HNN-COSY
581HNN-COSY
6912D 1H-13C SELECTIVE HSQC
61013D (H)CCH-E.COSY
61113D (H)CCH-TOCSY
61213D HCN
61313D FORWARD DIRECTED (H)CCH-E.COSY
6141HNN- COSY LONG-RANGE
6151HNN-COSY WITH ADIABATIC REFOCUSING
6161TROSY RELAYED (H)CCH-COSY
71712D 1H-13C HMQC
71813D 1H-13C NOESY-HMQC
71913D HCP
72013D HCP SPIN-ECHO-DIFF
82113D (H)CCH-COSY
92212D 1H-13C HC-TROSY
NMR実験の詳細Text: 100 INITIAL STRUCTURES WERE CALCULATED USING ARIA, 20 WERE SELECTED FOR REFINEMENT WITH AMBER, OF WHICH 10 WERE SELECTED FOR DEPOSITION BASED ON LOW ENERGY CRITERIA AND AGREEMENT BETWEEN ...Text: 100 INITIAL STRUCTURES WERE CALCULATED USING ARIA, 20 WERE SELECTED FOR REFINEMENT WITH AMBER, OF WHICH 10 WERE SELECTED FOR DEPOSITION BASED ON LOW ENERGY CRITERIA AND AGREEMENT BETWEEN CALCULATED AND EXPERIMENTAL CHEMICAL SHIFTS

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試料調製

詳細
Solution-ID内容
190% H2O/10% D2O
2100% D2O
390% H2O/10% D2O
490% H2O/10% D2O
5100% D2O
6100% D2O
試料状態
Conditions-IDイオン強度pH圧 (kPa)温度 (K)
1100 mM61.0 atm278.0 K
2100 mM61.0 atm298.0 K
3100 mM61.0 atm298.0 K
4100 mM61.0 atm278.0 K
5100 mM61.0 atm278.0 K
6100 mM61.0 atm298.0 K
7100 mM61.0 atm298.0 K
8100 mM61.0 atm298.0 K
9100 mM61.0 atm298.0 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker DRXBrukerDRX8001
Bruker DRXBrukerDRX9002
Bruker DRXBrukerDRX6003
Bruker DRXBrukerDRX6004
Bruker DRXBrukerDRX6005
Bruker DRXBrukerDRX6006
Bruker DRXBrukerDRX9007
Bruker DMXBrukerDMX8008
Bruker DRXBrukerDRX6009

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
AmberD.A.CASE,T.A.DARDEN,T.E.CHEATHAM,III, C.L.SIMMERLING,J.WANG,R.E.DUKE,R.LUO, R.C.WALKER,W.ZHANG,K.M.MERZ,B.P.ROBERTS, B.WANG,S.HAYIK,A.ROITBERG,G.SEABRA, I.KOLOSSVARY,K.F.WONG,F.PAESANI,J.VANICEK, X.WU,S.R.BROZELL,T.STEINBRECHER,H.GOHLKE, Q.CAI,X.YE,J.WANG,M.-J.HSIEH,G.CUI,D.R.ROE, D.H.MATHEWS,M.G.SEETIN,C.SAGUI,V.BABIN, A. LUCHKO,S.GUSAROV,A.KOVALENKO,P.A.KOLLMAN.精密化
NMRPipe構造決定
NMRView構造決定
ARIA1.2構造決定
Amber構造決定
精密化手法: ARIA / ソフトェア番号: 1
詳細: 20 ARIA-CALCULATED STRUCTURES WERE CHOSEN BASED UPON LOW RESTRAINT VIOLATION AND LOW ENERGY FOR REFINEMENT WITH AMBER
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: LEAST RESTRAINT VIOLATION, LOW ENERGY, AGREEMENT WITH CHEMICAL SHIFTS CALCULATED BY NUCHEMICS
計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 10

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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