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- PDB-2y8r: Crystal structure of apo AMA1 mutant (Tyr230Ala) from Toxoplasma ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2y8r
タイトルCrystal structure of apo AMA1 mutant (Tyr230Ala) from Toxoplasma gondii
要素APICAL MEMBRANE ANTIGEN, PUTATIVE
キーワードMEMBRANE PROTEIN / MOVING JUNCTION / INVASION
機能・相同性
機能・相同性情報


extracellular region / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Complement Module; domain 1 - #70 / Apical membrane antigen 1 / Apical membrane antigen 1 / Apical membrane antigen 1 / Hepatocyte Growth Factor / Hepatocyte Growth Factor / Complement Module; domain 1 / 3-Layer(bba) Sandwich / Ribbon / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Apical membrane antigen 1 / Apical membrane antigen 1
類似検索 - 構成要素
生物種TOXOPLASMA GONDII (トキソプラズマ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.45 Å
データ登録者Tonkin, M.L. / Roques, M. / Lamarque, M.H. / Pugniere, M. / Douguet, D. / Crawford, J. / Lebrun, M. / Boulanger, M.J.
引用ジャーナル: Science / 年: 2011
タイトル: Host Cell Invasion by Apicomplexan Parasites: Insights from the Co-Structure of Ama1 with a Ron2 Peptide
著者: Tonkin, M.L. / Roques, M. / Lamarque, M.H. / Pugniere, M. / Douguet, D. / Crawford, J. / Lebrun, M. / Boulanger, M.J.
履歴
登録2011年2月10日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02011年8月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年4月3日Group: Data collection / Derived calculations ...Data collection / Derived calculations / Other / Source and taxonomy
カテゴリ: entity_src_gen / pdbx_database_proc ...entity_src_gen / pdbx_database_proc / pdbx_database_status / struct_conn
Item: _entity_src_gen.pdbx_host_org_cell_line / _pdbx_database_status.recvd_author_approval / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 1.22020年7月29日Group: Data collection / Derived calculations ...Data collection / Derived calculations / Other / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_database_status / pdbx_entity_nonpoly / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.name / _chem_comp.type ..._chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_entity_nonpoly.name / _struct_conn.pdbx_role
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: APICAL MEMBRANE ANTIGEN, PUTATIVE
B: APICAL MEMBRANE ANTIGEN, PUTATIVE
D: APICAL MEMBRANE ANTIGEN, PUTATIVE
E: APICAL MEMBRANE ANTIGEN, PUTATIVE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)192,5708
ポリマ－191,6854
非ポリマー8854
水9,530529
1
A: APICAL MEMBRANE ANTIGEN, PUTATIVE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,1432
ポリマ－47,9211
非ポリマー2211
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: APICAL MEMBRANE ANTIGEN, PUTATIVE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,1432
ポリマ－47,9211
非ポリマー2211
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
D: APICAL MEMBRANE ANTIGEN, PUTATIVE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,1432
ポリマ－47,9211
非ポリマー2211
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
4
E: APICAL MEMBRANE ANTIGEN, PUTATIVE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,1432
ポリマ－47,9211
非ポリマー2211
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)67.520, 76.090, 88.780
Angle α, β, γ (deg.)71.89, 73.37, 73.50
Int Tables number1
Space group name H-MP1

-
要素

#1: タンパク質
APICAL MEMBRANE ANTIGEN, PUTATIVE / AMA1 / APICAL MEMBRANE ANTIGEN 1


分子量: 47921.363 Da / 分子数: 4 / 断片: DOMAINS I/II/III, RESIDUES 64-484 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) TOXOPLASMA GONDII (トキソプラズマ)
細胞株 (発現宿主): High Five / 発現宿主: TRICHOPLUSIA NI (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: B9QC59, UniProt: B6KAM0*PLUS
#2: 糖
ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 529 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
構成要素の詳細ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, TYR 230 TO ALA ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN B, TYR 230 TO ALA ...ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, TYR 230 TO ALA ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN B, TYR 230 TO ALA ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN D, TYR 230 TO ALA ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN E, TYR 230 TO ALA

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.12 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.89 % / 解説: NONE
結晶化詳細: 21% PEG3350, 100 MM TRIS PH 7.4

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL9-2 / 波長: 0.9795
検出器タイプ: MARMOSAIC 325 mm CCD / 検出器: CCD
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.35→38.59 Å / Num. obs: 63415 / % possible obs: 96.9 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 2.4 % / Rmerge(I) obs: 0.1 / Net I/σ(I): 7.2
反射 シェル解像度: 2.35→2.48 Å / 冗長度: 2.4 % / Rmerge(I) obs: 0.46 / Mean I/σ(I) obs: 1.9 / % possible all: 96.1

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.5.0109精密化
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.45→38.59 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.921 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.839 / SU B: 13.133 / SU ML: 0.298 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 2.724 / ESU R Free: 0.382 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.30493 2834 5.1 %RANDOM
Rwork0.2116 ---
obs0.21635 53192 96.98 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 28.849 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.03 Å2-0.03 Å2-0.02 Å2
2--0 Å20.01 Å2
3----0.01 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.45→38.59 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数12567 0 56 529 13152
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0140.02213009
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6221.95117670
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.36151586
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg39.30224.665626
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg19.411152092
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.4251562
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1070.21843
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.02110116
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.7041.57965
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.299212866
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.79835044
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.9024.54802
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.45→2.513 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.4 207 -
Rwork0.3 3908 -
obs--96.23 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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