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- PDB-2y8q: Structure of the regulatory fragment of mammalian AMPK in complex... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2y8q
タイトルStructure of the regulatory fragment of mammalian AMPK in complex with one ADP
要素
  • (5'-AMP-ACTIVATED PROTEIN KINASE SUBUNIT ...) x 2
  • 5'-AMP-ACTIVATED PROTEIN KINASE CATALYTIC SUBUNIT ALPHA-1
キーワードTRANSFERASE / ADP / NUCLEOTIDE-BINDING
機能・相同性
機能・相同性情報


eukaryotic elongation factor-2 kinase activator activity / Energy dependent regulation of mTOR by LKB1-AMPK / Regulation of TP53 Activity through Phosphorylation / Macroautophagy / TP53 Regulates Metabolic Genes / [hydroxymethylglutaryl-CoA reductase (NADPH)] kinase / [hydroxymethylglutaryl-CoA reductase (NADPH)] kinase activity / regulation of stress granule assembly / AMPK inhibits chREBP transcriptional activation activity / positive regulation of mitochondrial transcription ...eukaryotic elongation factor-2 kinase activator activity / Energy dependent regulation of mTOR by LKB1-AMPK / Regulation of TP53 Activity through Phosphorylation / Macroautophagy / TP53 Regulates Metabolic Genes / [hydroxymethylglutaryl-CoA reductase (NADPH)] kinase / [hydroxymethylglutaryl-CoA reductase (NADPH)] kinase activity / regulation of stress granule assembly / AMPK inhibits chREBP transcriptional activation activity / positive regulation of mitochondrial transcription / histone H2BS36 kinase activity / cold acclimation / AMP-activated protein kinase activity / lipid droplet disassembly / Lipophagy / regulation of carbon utilization / positive regulation of skeletal muscle tissue development / CAMKK-AMPK signaling cascade / import into nucleus / regulation of vesicle-mediated transport / nucleotide-activated protein kinase complex / negative regulation of hepatocyte apoptotic process / positive regulation of fatty acid oxidation / Energy dependent regulation of mTOR by LKB1-AMPK / positive regulation of T cell mediated immune response to tumor cell / Carnitine shuttle / tau-protein kinase / protein kinase regulator activity / negative regulation of TOR signaling / Activation of PPARGC1A (PGC-1alpha) by phosphorylation / response to caffeine / positive regulation of protein targeting to mitochondrion / regulation of glycolytic process / protein localization to lipid droplet / negative regulation of tubulin deacetylation / Macroautophagy / AMP binding / cholesterol biosynthetic process / lipid biosynthetic process / cellular response to stress / fatty acid oxidation / motor behavior / energy homeostasis / cellular response to ethanol / fatty acid homeostasis / negative regulation of lipid catabolic process / cellular response to nutrient levels / response to UV / cellular response to glucose starvation / Activation of AMPK downstream of NMDARs / positive regulation of adipose tissue development / positive regulation of protein localization / negative regulation of TORC1 signaling / positive regulation of autophagy / positive regulation of gluconeogenesis / negative regulation of insulin receptor signaling pathway / regulation of microtubule cytoskeleton organization / cellular response to calcium ion / positive regulation of glycolytic process / response to activity / positive regulation of D-glucose import / response to gamma radiation / Translocation of SLC2A4 (GLUT4) to the plasma membrane / TP53 Regulates Metabolic Genes / cellular response to glucose stimulus / response to hydrogen peroxide / regulation of circadian rhythm / ADP binding / neuron cellular homeostasis / positive regulation of T cell activation / autophagy / response to estrogen / Wnt signaling pathway / cellular response to hydrogen peroxide / cellular response to xenobiotic stimulus / glucose metabolic process / fatty acid biosynthetic process / rhythmic process / glucose homeostasis / cellular response to prostaglandin E stimulus / positive regulation of cold-induced thermogenesis / cellular response to oxidative stress / Regulation of TP53 Activity through Phosphorylation / cellular response to hypoxia / protein phosphorylation / non-specific serine/threonine protein kinase / protein kinase activity / negative regulation of translation / nuclear speck / ciliary basal body / apical plasma membrane / response to xenobiotic stimulus / axon / negative regulation of gene expression / protein serine kinase activity / neuronal cell body / protein serine/threonine kinase activity / positive regulation of cell population proliferation / dendrite / chromatin binding
類似検索 - 分子機能
Kinase associated domain 1, KA1 / PRKAA1, UBA-like autoinhibitory domain / 5'-AMP-activated protein kinase alpha 1 catalytic subunit, C-terminal / : / AMP-activated protein kinase, alpha subunit, autoinhibitory domain / : / Association with the SNF1 complex (ASC) domain / ASC domain superfamily / : / 5'-AMP-activated protein kinase beta subunit, interaction domain ...Kinase associated domain 1, KA1 / PRKAA1, UBA-like autoinhibitory domain / 5'-AMP-activated protein kinase alpha 1 catalytic subunit, C-terminal / : / AMP-activated protein kinase, alpha subunit, autoinhibitory domain / : / Association with the SNF1 complex (ASC) domain / ASC domain superfamily / : / 5'-AMP-activated protein kinase beta subunit, interaction domain / 5'-AMP-activated protein kinase beta subunit, interation domain / AMPK, C-terminal adenylate sensor domain / Adenylate sensor of SNF1-like protein kinase / AMP-activated protein kinase, glycogen-binding domain / Glycogen recognition site of AMP-activated protein kinase / KA1 domain/Ssp2, C-terminal / TATA-Binding Protein / Domain in cystathionine beta-synthase and other proteins. / CBS domain superfamily / CBS domain / CBS domain / CBS domain profile. / Immunoglobulin E-set / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Immunoglobulin-like fold / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADENOSINE MONOPHOSPHATE / 5'-AMP-activated protein kinase subunit beta-2 / 5'-AMP-activated protein kinase catalytic subunit alpha-1 / 5'-AMP-activated protein kinase subunit gamma-1
類似検索 - 構成要素
生物種RATTUS NORVEGICUS (ドブネズミ)
HOMO SAPIENS (ヒト)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Xiao, B. / Sanders, M.J. / Underwood, E. / Heath, R. / Mayer, F. / Carmena, D. / Jing, C. / Walker, P.A. / Eccleston, J.F. / Haire, L.F. ...Xiao, B. / Sanders, M.J. / Underwood, E. / Heath, R. / Mayer, F. / Carmena, D. / Jing, C. / Walker, P.A. / Eccleston, J.F. / Haire, L.F. / Saiu, P. / Howell, S.A. / Aasland, R. / Martin, S.R. / Carling, D. / Gamblin, S.J.
引用ジャーナル: Nature / 年: 2011
タイトル: Structure of Mammalian Ampk and its Regulation by Adp
著者: Xiao, B. / Sanders, M.J. / Underwood, E. / Heath, R. / Mayer, F. / Carmena, D. / Jing, C. / Walker, P.A. / Eccleston, J.F. / Haire, L.F. / Saiu, P. / Howell, S.A. / Aasland, R. / Martin, S.R. ...著者: Xiao, B. / Sanders, M.J. / Underwood, E. / Heath, R. / Mayer, F. / Carmena, D. / Jing, C. / Walker, P.A. / Eccleston, J.F. / Haire, L.F. / Saiu, P. / Howell, S.A. / Aasland, R. / Martin, S.R. / Carling, D. / Gamblin, S.J.
履歴
登録2011年2月9日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02011年3月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年11月28日Group: Database references / Version format compliance
改定 1.22023年12月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 5'-AMP-ACTIVATED PROTEIN KINASE CATALYTIC SUBUNIT ALPHA-1
B: 5'-AMP-ACTIVATED PROTEIN KINASE SUBUNIT BETA-2
E: 5'-AMP-ACTIVATED PROTEIN KINASE SUBUNIT GAMMA-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)67,7365
ポリマ－66,9623
非ポリマー7742
水1,00956
1


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7650 Å2
ΔGint-45.3 kcal/mol
Surface area25270 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)49.026, 119.918, 130.150
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 5'-AMP-ACTIVATED PROTEIN KINASE CATALYTIC SUBUNIT ALPHA-1 / AMPK SUBUNIT ALPHA-1


分子量: 19486.824 Da / 分子数: 1 / 断片: RESIDUES 406-555 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) RATTUS NORVEGICUS (ドブネズミ) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌)
参照: UniProt: P54645, non-specific serine/threonine protein kinase

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5'-AMP-ACTIVATED PROTEIN KINASE SUBUNIT ... , 2種, 2分子 BE

#2: タンパク質 5'-AMP-ACTIVATED PROTEIN KINASE SUBUNIT BETA-2 / AMPK SUBUNIT BETA-2


分子量: 10040.813 Da / 分子数: 1 / 断片: RESIDUES 187-272 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 参照: UniProt: O43741
#3: タンパク質 5'-AMP-ACTIVATED PROTEIN KINASE SUBUNIT GAMMA-1 / AMPK GAMMA1 / AMPK SUBUNIT GAMMA-1 / AMPKG


分子量: 37434.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) RATTUS NORVEGICUS (ドブネズミ) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 参照: UniProt: P80385

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非ポリマー , 3種, 58分子

#4: 化合物 ChemComp-ADP / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP


分子量: 427.201 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O10P2 / コメント: ADP, エネルギー貯蔵分子*YM
#5: 化合物 ChemComp-AMP / ADENOSINE MONOPHOSPHATE / AMP


分子量: 347.221 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H14N5O7P / コメント: AMP*YM
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 56 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

非ポリマーの詳細ADENOSINE MONOPHOSPHATE (AMP): BINDING SITE 4 ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE (ADP): BINDING SITE 1
配列の詳細THE DNA SEQUENCE WITH HIS-TAG, MSHHHHHHSGLVPRG AND THE ARTIFACTS, SMA (393-395) AND NSCTVN (545-550) ...THE DNA SEQUENCE WITH HIS-TAG, MSHHHHHHSGLVPRG AND THE ARTIFACTS, SMA (393-395) AND NSCTVN (545-550) AS A RESULT OF CLONING STRATEGY. B 186 METHIONINE IS AN ARTIFACT, CREATED BY CLONING.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.86 Å3/Da / 溶媒含有率: 62 % / 解説: NONE

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU / 波長: 1.5418
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2009年1月12日 / 詳細: MIRRORS
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.8→20 Å / Num. obs: 17426 / % possible obs: 93.8 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 2.7 % / Rmerge(I) obs: 0.04 / Net I/σ(I): 12.4
反射 シェル解像度: 2.8→2.9 Å / 冗長度: 2.6 % / Rmerge(I) obs: 0.36 / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / % possible all: 93.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.5精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
AMoRE位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2V8Q

2v8q


解像度: 2.8→20 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.928 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.905 / SU B: 32.605 / SU ML: 0.288 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 1.108 / ESU R Free: 0.382 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.275 952 5.2 %RANDOM
Rwork0.232 ---
obs0.234 17426 93.8 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 68.458 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.89 Å20 Å20 Å2
2--3.52 Å20 Å2
3----1.63 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.8→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3881 0 50 56 3987
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.0224020
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6441.9785456
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.0245474
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.35823.314172
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg20.27515716
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.1381525
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1010.2633
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.0212924
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.5271.52398
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.98623921
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.03831622
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it1.8324.51535
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.8→2.871 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.46 57 -
Rwork0.394 1261 -
obs--92.62 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.85111.5587-0.36733.4229-4.20447.8242-0.14540.054-0.0025-0.4112-0.1909-0.23230.77090.29330.33630.26450.08550.05560.13330.02880.152717.32344.53351.199
210.70052.4117-4.74230.5539-1.05142.13810.016-0.8534-0.24870.0339-0.1473-0.06730.02250.50570.13130.22160.0467-0.05750.59280.27140.383435.80162.02533.546
32.044-0.36460.48222.9646-1.67096.7351-0.08660.23640.15890.39850.12070.2224-0.7524-0.2395-0.03410.12450.04120.03270.09240.06740.206411.19471.9730.068
45.0311-0.3783-0.894.4093-1.04115.8891-0.10960.18070.1355-0.00190.06010.0429-0.28860.14180.04960.1148-0.0479-0.04740.05050.06060.104816.44677.23210.402
51.00510.4031-0.6861.5606-0.95973.0291-0.0829-0.1609-0.4669-0.1916-0.2801-0.26650.23430.63150.3630.15960.04710.02980.36110.09080.396132.2762.93414.424
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A393 - 469
2X-RAY DIFFRACTION1A524 - 550
3X-RAY DIFFRACTION1B190 - 221
4X-RAY DIFFRACTION1B233 - 272
5X-RAY DIFFRACTION2E48 - 128
6X-RAY DIFFRACTION3E23 - 47
7X-RAY DIFFRACTION3E129 - 183
8X-RAY DIFFRACTION4E184 - 203
9X-RAY DIFFRACTION4E275 - 326
10X-RAY DIFFRACTION5E204 - 274
11X-RAY DIFFRACTION5E1327 - 1328
12X-RAY DIFFRACTION5A2001 - 2006
13X-RAY DIFFRACTION5B2001 - 2011
14X-RAY DIFFRACTION5E2001 - 2039

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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