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- PDB-2y8n: Crystal structure of glycyl radical enzyme -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2y8n
タイトルCrystal structure of glycyl radical enzyme
要素
  • 4-HYDROXYPHENYLACETATE DECARBOXYLASE LARGE SUBUNIT
  • 4-HYDROXYPHENYLACETATE DECARBOXYLASE SMALL SUBUNIT
キーワードLYASE / RADICAL CHEMISTRY / METALLOENZYME / IRON-SULFUR CENTER
機能・相同性
機能・相同性情報


4-hydroxyphenylacetate decarboxylase / 4-hydroxyphenylacetate decarboxylase activity / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / metal ion binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Ubiquitin Ligase Nedd4; Chain: W; - #100 / 4-hydroxyphenylacetate decarboxylase small gamma subunit, C-terminal / 4-hydroxyphenylacetate decarboxylase small gamma subunit, N-terminal / : / High potential iron-sulfur protein like / 4-Hydroxyphenylacetate decarboxylase subunit gamma N-terminal / : / Pyruvate formate lyase domain / Pyruvate formate lyase-like / Pyruvate formate-lyase domain profile. ...Ubiquitin Ligase Nedd4; Chain: W; - #100 / 4-hydroxyphenylacetate decarboxylase small gamma subunit, C-terminal / 4-hydroxyphenylacetate decarboxylase small gamma subunit, N-terminal / : / High potential iron-sulfur protein like / 4-Hydroxyphenylacetate decarboxylase subunit gamma N-terminal / : / Pyruvate formate lyase domain / Pyruvate formate lyase-like / Pyruvate formate-lyase domain profile. / Glycine radical / Glycine radical domain / Glycine radical domain profile. / Anaerobic Ribonucleotide-triphosphate Reductase Large Chain / Anaerobic Ribonucleotide-triphosphate Reductase Large Chain - #20 / Ubiquitin Ligase Nedd4; Chain: W; / Single Sheet / Alpha-Beta Barrel / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
IRON/SULFUR CLUSTER / 4-hydroxyphenylacetate decarboxylase small subunit / 4-hydroxyphenylacetate decarboxylase glycyl radical subunit
類似検索 - 構成要素
生物種CLOSTRIDIUM SCATOLOGENES (バクテリア)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.75 Å
データ登録者Martins, B.M. / Blaser, M. / Feliks, M. / Ullmann, G.M. / Selmer, T.
引用ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / 年: 2011
タイトル: Structural Basis for a Kolbe-Type Decarboxylation Catalyzed by a Glycyl Radical Enzyme.
著者: Martins, B.M. / Blaser, M. / Feliks, M. / Ullmann, G.M. / Buckel, W. / Selmer, T.
履歴
登録2011年2月8日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02011年9月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年10月19日Group: Database references
改定 1.22017年7月5日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_source / Item: _diffrn_source.type
改定 1.32019年10月16日Group: Data collection / Experimental preparation / Other
カテゴリ: exptl_crystal_grow / pdbx_database_status / reflns_shell
Item: _exptl_crystal_grow.method / _pdbx_database_status.status_code_sf / _reflns_shell.Rmerge_I_obs
改定 1.42023年12月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 4-HYDROXYPHENYLACETATE DECARBOXYLASE LARGE SUBUNIT
B: 4-HYDROXYPHENYLACETATE DECARBOXYLASE SMALL SUBUNIT
C: 4-HYDROXYPHENYLACETATE DECARBOXYLASE LARGE SUBUNIT
D: 4-HYDROXYPHENYLACETATE DECARBOXYLASE SMALL SUBUNIT
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)221,6058
ポリマ－220,1984
非ポリマー1,4074
水38,0842114
1


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area12310 Å2
ΔGint-136.2 kcal/mol
Surface area56330 Å2
手法PISA
2
A: 4-HYDROXYPHENYLACETATE DECARBOXYLASE LARGE SUBUNIT
B: 4-HYDROXYPHENYLACETATE DECARBOXYLASE SMALL SUBUNIT
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)110,8024
ポリマ－110,0992
非ポリマー7032
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4310 Å2
ΔGint-60.2 kcal/mol
Surface area29930 Å2
手法PISA
3
C: 4-HYDROXYPHENYLACETATE DECARBOXYLASE LARGE SUBUNIT
D: 4-HYDROXYPHENYLACETATE DECARBOXYLASE SMALL SUBUNIT
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)110,8024
ポリマ－110,0992
非ポリマー7032
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4270 Å2
ΔGint-60.8 kcal/mol
Surface area30130 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)132.280, 227.760, 148.010
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-2338-

HOH

21C-2303-

HOH

31C-2698-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 4-HYDROXYPHENYLACETATE DECARBOXYLASE LARGE SUBUNIT / GLYCYL RADICAL ENZYME / 4-HYDROXYPHENYLACETATE DECARBOXYLASE GLYCYL RADICAL SUBUNIT / P- ...GLYCYL RADICAL ENZYME / 4-HYDROXYPHENYLACETATE DECARBOXYLASE GLYCYL RADICAL SUBUNIT / P-HYDROXYPHENYLACETATE DECARBOXYLASE LARGE SUBUNIT


分子量: 100745.500 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) CLOSTRIDIUM SCATOLOGENES (バクテリア)
解説: GERMAN COLLECTION OF MICROORGANISMS / プラスミド: PASK-IBA7 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / Variant (発現宿主): ROSETTA
参照: UniProt: Q38HX4, 4-hydroxyphenylacetate decarboxylase
#2: タンパク質 4-HYDROXYPHENYLACETATE DECARBOXYLASE SMALL SUBUNIT / GLYCYL RADICAL ENZYME / P-HYDROXYPHENYLACETATE DECARBOXYLASE SMALL SUBUNIT


分子量: 9353.634 Da / 分子数: 2 / Fragment: NONE / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) CLOSTRIDIUM SCATOLOGENES (バクテリア)
解説: GERMAN COLLECTION OF MICROORGANISMS / プラスミド: PASK-IBA7 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / Variant (発現宿主): ROSETTA
参照: UniProt: Q38HX3, 4-hydroxyphenylacetate decarboxylase
#3: 化合物
ChemComp-SF4 / IRON/SULFUR CLUSTER


分子量: 351.640 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe4S4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 2114 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 5

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.53 Å3/Da / 溶媒含有率: 54 % / 解説: NONE
結晶化手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8
詳細: 22 % PEG MME 550, 30 MM MGCL2, 100 MM TRIS/HCL PH 7.5 - 8.4 .

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: ENRAF-NONIUS FR591 / 波長: 1.5418
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 詳細: MIRRORS
放射モノクロメーター: MIRRORS / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.75→29.18 Å / Num. obs: 217979 / % possible obs: 98 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 5 % / Biso Wilson estimate: 17.09 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.09 / Net I/σ(I): 15.5
反射 シェル解像度: 1.75→1.81 Å / Rmerge(I) obs: 0.399 / Mean I/σ(I) obs: 5.7 / % possible all: 95

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解析

ソフトウェア
名称分類
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
AMoRE位相決定
SHARP位相決定
PHENIX精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1R9D

1r9d


解像度: 1.75→29.184 Å / SU ML: 0.23 / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 22.98 / 立体化学のターゲット値: ML
詳細: FIRST 29 RESIDUES IN CHAINS A, C DISORDERED. DISORDERED REGIONS WERE MODELED STEREOCHEMICALLY.
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2278 10962 5 %
Rwork0.1843 --
obs0.1865 217979 97.68 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 54.149 Å2 / ksol: 0.348 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.175 Å20 Å20 Å2
2---0.2602 Å20 Å2
3---0.4352 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.75→29.184 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数14948 0 32 2114 17094
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00715354
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.08520790
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d17.7915572
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0732218
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0052682
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.75-1.81250.367610520.341520050X-RAY DIFFRACTION95
1.8125-1.88510.350210630.309720182X-RAY DIFFRACTION96
1.8851-1.97090.297810670.262220264X-RAY DIFFRACTION96
1.9709-2.07480.26911290.222220383X-RAY DIFFRACTION97
2.0748-2.20470.243710710.19620592X-RAY DIFFRACTION97
2.2047-2.37490.229910750.175820674X-RAY DIFFRACTION98
2.3749-2.61370.22810700.167220938X-RAY DIFFRACTION99
2.6137-2.99160.221611270.161221022X-RAY DIFFRACTION99
2.9916-3.76780.188211020.148221230X-RAY DIFFRACTION100
3.7678-29.18840.172512060.136621682X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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