PDB-2y7j: Structure of human phosphorylase kinase, gamma 2

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2y7j

タイトル

Structure of human phosphorylase kinase, gamma 2

要素

PHOSPHORYLASE B KINASE GAMMA CATALYTIC CHAIN, TESTIS/LIVER ISOFORM

キーワード

TRANSFERASE

機能・相同性

機能・相同性情報

phosphorylase kinase / phosphorylase kinase activity / phosphorylase kinase complex / positive regulation of glycogen catabolic process / glycogen catabolic process / tau-protein kinase activity / Glycogen breakdown (glycogenolysis) / glycogen metabolic process / generation of precursor metabolites and energy / calmodulin binding ...
類似検索 - 分子機能

生物種

HOMO SAPIENS (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.5 Å

データ登録者

Muniz, J.R.C. / Shrestha, A. / Savitsky, P. / Wang, J. / Rellos, P. / Fedorov, O. / Burgess-Brown, N. / Brenner, B. / Berridge, G. / Elkins, J.M. ...

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: Structure of Human Phosphorylase Kinase, Gamma 2
著者: Muniz, J.R.C. / Shrestha, A. / Savitsky, P. / Wang, J. / Rellos, P. / Fedorov, O. / Burgess-Brown, N. / Brenner, B. / Berridge, G. / Elkins, J.M. / Krojer, T. / Vollmar, M. / Che, K.H. / von ...

履歴

登録	2011年1月31日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2011年2月9日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年10月12日	Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Refinement description / Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.2	2018年1月24日	Group: Database references / カテゴリ: citation_author / Item: _citation_author.name
改定 1.3	2024年5月8日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Structure summary カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / entity / pdbx_database_status / pdbx_entity_nonpoly / struct_site Item: _chem_comp.name / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.name / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _entity.pdbx_description / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_entity_nonpoly.name / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2y7j.cif.gz	469.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2y7j.ent.gz	386.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2y7j.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	2y7j_validation.pdf.gz	1.4 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2y7j_full_validation.pdf.gz	1.4 MB	表示
XML形式データ	2y7j_validation.xml.gz	45.6 KB	表示
CIF形式データ	2y7j_validation.cif.gz	61.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/y7/2y7j ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/y7/2y7j	HTTPS FTP

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関連構造データ

類似構造データ	1kqn-d 5mx5-1 1kqo-d 5ef1-d 6m2m-d 5msj-4 5mx5-2 5msj-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#44 - 2003年8月カルモジュリン (Calmodulin) 類似性 (1) #196 - 2016年4月鉛の毒 (Lead Poisoning) 類似性 (1) #28 - 2002年4月炭疽毒素 (Anthrax Toxin) 類似性 (1)

登録構造単位

A: PHOSPHORYLASE B KINASE GAMMA CATALYTIC CHAIN, TESTIS/LIVER ISOFORM

B: PHOSPHORYLASE B KINASE GAMMA CATALYTIC CHAIN, TESTIS/LIVER ISOFORM

C: PHOSPHORYLASE B KINASE GAMMA CATALYTIC CHAIN, TESTIS/LIVER ISOFORM

D: PHOSPHORYLASE B KINASE GAMMA CATALYTIC CHAIN, TESTIS/LIVER ISOFORM

ヘテロ分子

171 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	87.790, 91.420, 164.480
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

非結晶学的対称性 (NCS)

NCS oper: (Code: given
Matrix: (-0.3344, -0.8966, 0.2904), (-0.8178, 0.1229, -0.5622), (0.4684, -0.4255, -0.7743)
ベクター: 9.4139, 5.1678, 12.3336)

#1: タンパク質	PHOSPHORYLASE B KINASE GAMMA CATALYTIC CHAIN, TESTIS/LIVER ISOFORM / PHOSPHORYLASE KINASE GAMMA 2 / PHK-GAMMA-T / PSK-C3 / PHOSPHORYLASE KINASE SUBUNIT GAMMA-2 分子量: 42420.254 Da / 分子数: 4 / 断片: RESIDUES 6-293 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): R-LA / 参照: UniProt: P15735, phosphorylase kinase
#2: 化合物	ChemComp-B49 / N-[2-(diethylamino)ethyl]-5-[(Z)-(5-fluoro-2-oxo-1,2-dihydro-3H-indol-3-ylidene)methyl]-2,4-dimethyl-1H-pyrrole-3-carbo xamide / SUNITINIB / N-[2-(ジエチルアミノ)エチル]-2,4-ジメチル-5-(2-オキソ-5-フルオロインドリン-3-イリデンメチル)(以下略) 分子量: 398.474 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₂H₂₇FN₄O₂ / コメント: 薬剤, 抗がん剤, 阻害剤*YM
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 283 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.95 Å³/Da / 溶媒含有率: 36.99 % / 解説: NONE
結晶化	詳細: 25% PEG 3350; 0.1 M BIS-TRIS 5.5

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.9763
検出器	タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2010年12月8日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9763 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.5→63.32 Å / Num. obs: 46408 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 3.5 % / B_iso Wilson estimate: 56.58 Å² / R_merge(I) obs: 0.04 / Net I/σ(I): 9.5
反射シェル	解像度: 2.5→2.64 Å / 冗長度: 3.1 % / R_merge(I) obs: 0.56 / Mean I/σ(I) obs: 2 / % possible all: 98.6

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
BUSTER	2.8.0	精密化
MOSFLM		データ削減
SCALA		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.5→61.14 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.9393 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.919 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2159	2343	5.05 %	RANDOM
R_work	0.1819	-	-	-
obs	0.1836	46353	-	-

原子変位パラメータ

B_iso mean: 51.11 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.3782 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-2.9162 Å²	0 Å²
3-	-	-	3.2943 Å²

Refine analyze

Luzzati coordinate error obs: 0.306 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.5→61.14 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	8940	0	116	283	9339

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数	Restraint function	Weight
X-RAY DIFFRACTION	t_bond_d	0.01	9318	HARMONIC	2
X-RAY DIFFRACTION	t_angle_deg	1.08	12635	HARMONIC	2
X-RAY DIFFRACTION	t_dihedral_angle_d		4273	SINUSOIDAL	2
X-RAY DIFFRACTION	t_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTION	t_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTION	t_trig_c_planes		248	HARMONIC	2
X-RAY DIFFRACTION	t_gen_planes		1386	HARMONIC	5
X-RAY DIFFRACTION	t_it		9318	HARMONIC	20
X-RAY DIFFRACTION	t_nbd		1	SEMIHARMONIC	5
X-RAY DIFFRACTION	t_omega_torsion	3.2
X-RAY DIFFRACTION	t_other_torsion	2.89
X-RAY DIFFRACTION	t_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTION	t_chiral_improper_torsion		1188	SEMIHARMONIC	5
X-RAY DIFFRACTION	t_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_distance
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_angle
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTION	t_ideal_dist_contact		10788	SEMIHARMONIC	4

LS精密化シェル

解像度: 2.5→2.56 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2722	183	5.57 %
R_work	0.2133	3100	-
all	0.2166	3283	-

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.549	0.1333	0.1551	2.3057	0.8495	2.4548	-0.1063	0.074	0.0532	0.0745	0.0161	0.265	-0.2144	-0.0373	0.0902	-0.081	0.0178	0.001	0.014	0.0348	-0.0961	-24.5224	-3.1174	47.2739
2	2.0918	-2.9002	2.0709	0.6875	1.1794	0	0.0137	-0.0505	-0.175	0.019	0.103	-0.1399	-0.0245	0.2315	-0.1167	-0.0303	0.152	0.0258	0.1951	-0.0389	-0.0943	-10.0438	-24.7278	33.1752
3	0.6004	-0.6737	0.3588	2.2751	0.1994	2.9994	0.0502	-0.022	0.1798	0.221	-0.047	0.1868	0.4079	0.1184	-0.0033	-0.0438	0.0116	-0.0414	-0.0669	-0.0248	-0.1138	-25.2961	-19.9314	41.7306
4	3.0857	0.6114	0.3025	0.8666	-0.1809	0	0.0168	0.0382	0.0288	0.1774	-0.1072	0.0401	0.0701	-0.1287	0.0904	-0.1272	-0.1009	-0.1152	-0.0112	0.007	0.2985	-43.4873	-20.7281	36.8591
5	0	-1.3302	0.0251	4.3493	1.1135	3.5009	0.0656	0.1161	-0.0252	-0.4808	-0.0907	0.5442	0.4256	-0.0588	0.025	0.0219	-0.0146	-0.0812	-0.0282	-0.0092	-0.0983	-31.2986	-22.4086	28.2363
6	3.3249	-1.2141	1.054	2.9897	-0.9141	6.4938	-0.0227	0.4148	-0.3923	-0.084	-0.0377	0.0355	0.5442	0.5083	0.0604	0.0585	0.0456	-0.0655	-0.138	-0.1211	-0.2295	-24.6404	-29.9401	26.2073
7	2.3497	-0.4532	1.5748	1.1648	-0.5183	2.5747	0.1458	-0.0184	0.0357	0.0796	-0.0549	-0.3538	-0.1084	0.1848	-0.0909	-0.0599	-0.0098	0.0108	-0.1043	-0.044	-0.0695	-2.036	-3.2267	-6.7566
8	1.206	-2.9104	2.732	1.9945	-2.9104	0.9978	-0.0248	0.0161	0.1956	-0.2038	-0.0851	0.2739	-0.2393	0.144	0.1099	0.1789	-0.152	0.0049	0.0391	-0.1414	-0.0088	3.1159	14.1691	-3.9376
9	2.224	2.9104	2.1676	0	2.8478	2.857	-0.0128	-0.133	0.1808	-0.2134	0.1116	-0.0957	-0.0628	0.2266	-0.0988	0.0032	-0.0337	0.0051	-0.023	-0.0576	-0.0245	7.2251	0.9966	-2.8629
10	0.9018	0.3679	1.1381	4.3122	1.7724	2.2577	-0.0064	0.2091	-0.3028	-0.4253	0.4113	-0.343	0.4388	0.1757	-0.405	-0.0736	-0.0425	-0.0281	-0.0344	-0.0037	-0.0413	11.7813	1.1243	12.7587
11	0.1286	1.4167	-0.1977	7.0637	2.2715	0	0.0943	0.0756	0.0545	0.3661	0.166	0.0143	-0.1648	0.0612	-0.2603	-0.0447	-0.0662	-0.0214	0.0163	0.0291	-0.1135	11.6413	15.3745	18.5428
12	3.2538	1.8735	-0.3743	7.2407	-0.4479	8.2135	0.0112	-0.5065	-0.4714	0.5442	0.0935	-0.3617	-0.1597	0.3735	-0.1047	-0.0285	-0.1084	-0.152	-0.1337	-0.0155	-0.2131	14.5938	6.4037	27.6853
13	1.9222	0.0511	-0.3002	0.5961	-0.3424	2.3247	0.0592	0.0601	-0.0353	0.0666	-0.0516	-0.0689	0.0735	-0.0664	-0.0076	0.0069	0.0144	-0.0745	-0.0608	-0.0351	-0.0833	-20.2557	-1.0067	-10.6763
14	2.3568	0.6995	0.0428	3.3277	-0.024	3.0768	0.1151	0.1016	0.2923	0.2187	0.0252	0.18	-0.2195	-0.4897	-0.1402	-0.0507	0.0782	-0.0347	-0.0043	0.0273	-0.1076	-38.2396	3.1254	-1.4931
15	1.1118	1.8381	-2.1376	2.7507	-0.9891	0.8239	-0.023	0.0619	0.0422	0.0134	0.08	0.0301	0.0436	-0.0678	-0.057	0.1574	-0.152	-0.1511	-0.1085	0.001	0.0981	-39.4227	-20.0129	-1.7411
16	0.5306	0.1108	0.0622	1.1984	-2.6265	1.1888	0.0121	0.0189	0.0179	0.4965	0.2688	0.4756	-0.2185	-0.5442	-0.2808	0.036	0.0459	-0.0097	-0.0531	0.0235	-0.0723	-39.5436	-8.2769	11.4855
17	2.8807	-1.1365	-0.4917	0	-1.0062	2.2666	-0.0225	-0.0383	0.1146	0.0429	-0.0598	-0.0124	-0.0644	0.0056	0.0822	0.0538	0.1024	0.152	0.0433	0.152	-0.0449	-48.3382	1.8129	18.098
18	3.2495	-2.9104	-1.2829	1.5165	0.9907	2.7522	0.0054	0.1323	0.0552	0.1775	0.0974	0.4286	-0.1689	-0.5423	-0.1028	-0.2212	0.0708	0.0496	0.1627	0.1059	-0.006	-52.8069	-0.7229	4.6583
19	0.2669	0.9278	-0.0875	4.8411	-0.3621	3.7281	0.0366	0.3491	-0.0594	0.0698	0.1661	-0.0949	-0.1686	0.3721	-0.2027	-0.1578	0.038	0.018	0.0195	-0.0098	-0.1145	-26.6932	15.9233	45.2118
20	1.7555	-1.9173	-0.1909	2.4302	0.3748	1.4543	0.005	0.0469	-0.0267	0.0255	-0.0018	0.0493	-0.0255	-0.0133	-0.0032	-0.04	0.0302	-0.0433	0.1312	0.0755	0.2247	-4.8567	15.3474	45.9389
21	1.3729	0.5868	-2.9104	0.9147	-1.1745	3.2483	0.1081	-0.2461	0.2101	0.0082	0.1626	0.1006	-0.3901	0.421	-0.2707	-0.1273	-0.0701	-0.0025	0.05	-0.0322	-0.1236	-19.8356	25.785	42.6683
22	8.3155	0.3133	-0.9866	2.1522	-0.2099	4.1445	0.2466	0.4758	0.5442	-0.109	0.0511	0.37	-0.2527	-0.5442	-0.2977	-0.1851	-0.0229	0.0249	-0.0131	0.0708	-0.1184	-19.4548	30.9288	27.3812
23	8.3155	2.6403	-2.3055	0.5254	0.1159	0.0261	0.1226	0.5299	0.1525	-0.1127	0.096	0.036	-0.1449	-0.1316	-0.2186	-0.0828	-0.0142	-0.0388	0.1403	0.0096	-0.1128	-5.2456	30.5557	23.1368
24	7.8335	-0.4026	-2.9104	4.3395	-1.1665	8.3155	0.1222	0.5442	0.5217	-0.256	0.0227	0.2824	-0.224	-0.0795	-0.1448	-0.304	0.0095	-0.0083	0.1526	0.152	-0.2687	-11.9287	33.5418	13.559

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	(CHAIN A AND RESID 10 - 118)
2	X-RAY DIFFRACTION	2	(CHAIN A AND RESID 119 - 131)
3	X-RAY DIFFRACTION	3	(CHAIN A AND RESID 132 - 178)
4	X-RAY DIFFRACTION	4	(CHAIN A AND RESID 179 - 186)
5	X-RAY DIFFRACTION	5	(CHAIN A AND RESID 187 - 232)
6	X-RAY DIFFRACTION	6	(CHAIN A AND RESID 233 - 292)
7	X-RAY DIFFRACTION	7	(CHAIN B AND RESID 11 - 55)
8	X-RAY DIFFRACTION	8	(CHAIN B AND RESID 56 - 82)
9	X-RAY DIFFRACTION	9	(CHAIN B AND RESID 83 - 110)
10	X-RAY DIFFRACTION	10	(CHAIN B AND RESID 111 - 183)
11	X-RAY DIFFRACTION	11	(CHAIN B AND RESID 184 - 229)
12	X-RAY DIFFRACTION	12	(CHAIN B AND RESID 230 - 293)
13	X-RAY DIFFRACTION	13	(CHAIN C AND RESID 10 - 111)
14	X-RAY DIFFRACTION	14	(CHAIN C AND RESID 112 - 178)
15	X-RAY DIFFRACTION	15	(CHAIN C AND RESID 179 - 186)
16	X-RAY DIFFRACTION	16	(CHAIN C AND RESID 187 - 246)
17	X-RAY DIFFRACTION	17	(CHAIN C AND RESID 247 - 257)
18	X-RAY DIFFRACTION	18	(CHAIN C AND RESID 258 - 292)
19	X-RAY DIFFRACTION	19	(CHAIN D AND RESID 11 - 55)
20	X-RAY DIFFRACTION	20	(CHAIN D AND RESID 56 - 72)
21	X-RAY DIFFRACTION	21	(CHAIN D AND RESID 73 - 111)
22	X-RAY DIFFRACTION	22	(CHAIN D AND RESID 112 - 183)
23	X-RAY DIFFRACTION	23	(CHAIN D AND RESID 184 - 231)
24	X-RAY DIFFRACTION	24	(CHAIN D AND RESID 232 - 293)

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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