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- PDB-2y7d: Crystal structure of the 3-keto-5-aminohexanoate cleavage enzyme ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2y7d
タイトルCrystal structure of the 3-keto-5-aminohexanoate cleavage enzyme (Kce) from Candidatus Cloacamonas acidaminovorans (orthorombic form)
要素3-KETO-5-AMINOHEXANOATE CLEAVAGE ENZYME
キーワードLYASE / ALDOLASE
機能・相同性
機能・相同性情報


(5S)-5-amino-3-oxohexanoate:acetyl-CoA ethylamine transferase / L-lysine fermentation / 3-keto-5-aminohexanoate cleavage activity / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
3-keto-5-aminohexanoate cleavage enzyme / beta-keto acid cleavage enzyme / Aldolase class I / Aldolase-type TIM barrel / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
3-keto-5-aminohexanoate cleavage enzyme
類似検索 - 構成要素
生物種CANDIDATUS CLOACAMONAS ACIDAMINOVORANS (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.59 Å
データ登録者Bellinzoni, M. / Alzari, P.M.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2011
タイトル: 3-Keto-5-Aminohexanoate Cleavage Enzyme: A Common Fold for an Uncommon Claisen-Type Condensation.
著者: Bellinzoni, M. / Bastard, K. / Perret, A. / Zaparucha, A. / Perchat, N. / Vergne, C. / Wagner, T. / De Melo-Minardi, R.C. / Artiguenave, F. / Cohen, G.N. / Weissenbach, J. / Salanoubat, M. / Alzari, P.M.
履歴
登録2011年1月31日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02011年6月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年8月10日Group: Database references / Version format compliance
改定 1.22024年5月1日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_sheet / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_sheet.number_strands / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
Remark 700 SHEET DETERMINATION METHOD: DSSP THE SHEETS PRESENTED AS "AA" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW ... SHEET DETERMINATION METHOD: DSSP THE SHEETS PRESENTED AS "AA" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW IS ACTUALLY AN 8-STRANDED BARREL THIS IS REPRESENTED BY A 9-STRANDED SHEET IN WHICH THE FIRST AND LAST STRANDS ARE IDENTICAL. THE SHEETS PRESENTED AS "BA" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW IS ACTUALLY AN 8-STRANDED BARREL THIS IS REPRESENTED BY A 9-STRANDED SHEET IN WHICH THE FIRST AND LAST STRANDS ARE IDENTICAL. THE SHEETS PRESENTED AS "CA" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW IS ACTUALLY AN 8-STRANDED BARREL THIS IS REPRESENTED BY A 9-STRANDED SHEET IN WHICH THE FIRST AND LAST STRANDS ARE IDENTICAL. THE SHEETS PRESENTED AS "DA" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW IS ACTUALLY AN -3-STRANDED BARREL THIS IS REPRESENTED BY A -2-STRANDED SHEET IN WHICH THE FIRST AND LAST STRANDS ARE IDENTICAL.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 3-KETO-5-AMINOHEXANOATE CLEAVAGE ENZYME
B: 3-KETO-5-AMINOHEXANOATE CLEAVAGE ENZYME
C: 3-KETO-5-AMINOHEXANOATE CLEAVAGE ENZYME
D: 3-KETO-5-AMINOHEXANOATE CLEAVAGE ENZYME
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)124,79710
ポリマ－124,3514
非ポリマー4466
水17,583976
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area9270 Å2
ΔGint-187.7 kcal/mol
Surface area39200 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)74.870, 100.820, 147.430
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(0.9562, 0.0184, -0.292), (0.0156, -0.9998, -0.012), (-0.2922, 0.0069, -0.9563)10.0615, 82.5649, 73.8171
2given(-1, 0.0035, 0.0059), (0.0033, 0.9997, -0.0254), (-0.006, -0.0254, -0.9997)0.0799, 1.1511, 76.773
3given(-0.9573, 0.025, 0.2879), (-0.0111, -0.9987, 0.05), (0.2888, 0.0447, 0.9564)-11.7588, 79.9189, -0.128

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要素

#1: タンパク質
3-KETO-5-AMINOHEXANOATE CLEAVAGE ENZYME


分子量: 31087.818 Da / 分子数: 4 / 断片: RESIDUES 2-276 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) CANDIDATUS CLOACAMONAS ACIDAMINOVORANS (バクテリア)
プラスミド: PCRT7/CT-TOPO / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): PLYSS / 参照: UniProt: B0VHH0
#2: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 976 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.24 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.22 % / 解説: NONE
結晶化pH: 7.5
詳細: 30% PEG8000, 0.08 M NA ACETATE, 100 MM NA-HEPES PH 7.5 .

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データ収集

回折平均測定温度: 110 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 1 / 波長: 0.9724
検出器タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2008年3月27日 / 詳細: KIRKPATRICK-BAEZ PAIR OF BI-MORPH MIRRORS
放射モノクロメーター: CHANNEL CUT MONOCHROMATOR CRYSTAL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9724 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.59→19.47 Å / Num. obs: 147835 / % possible obs: 99.3 % / Observed criterion σ(I): 3 / 冗長度: 6.7 % / Biso Wilson estimate: 20.28 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.07 / Net I/σ(I): 16.5
反射 シェル解像度: 1.59→1.68 Å / 冗長度: 4.5 % / Rmerge(I) obs: 0.5 / Mean I/σ(I) obs: 3 / % possible all: 95.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.9.3精密化
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
AMoRE位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PARTIAL MODEL FROM SEMET MAD PHASING IN DIFFERENT SPACE GROUP

解像度: 1.59→19.45 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9652 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.9586 / SU R Cruickshank DPI: 0.074 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.076 / SU Rfree Blow DPI: 0.072 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.07
詳細: IDEAL-DIST CONTACT TERM CONTACT SETUP. RESIDUE TYPES WITHOUT CCP4 ATOM TYPE IN LIBRARY=ZN GOL. NUMBER OF ATOMS WITH PROPER CCP4 ATOM TYPE=9408. NUMBER WITH APPROX DEFAULT CCP4 ATOM TYPE=12. ...詳細: IDEAL-DIST CONTACT TERM CONTACT SETUP. RESIDUE TYPES WITHOUT CCP4 ATOM TYPE IN LIBRARY=ZN GOL. NUMBER OF ATOMS WITH PROPER CCP4 ATOM TYPE=9408. NUMBER WITH APPROX DEFAULT CCP4 ATOM TYPE=12. NUMBER TREATED BY BAD NON-BONDED CONTACTS=4.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.174 7448 5.04 %RANDOM
Rwork0.1577 ---
obs0.1585 147744 98.51 %-
原子変位パラメータBiso mean: 22.8 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.6188 Å20 Å20 Å2
2---3.3384 Å20 Å2
3---0.7196 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.154 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.59→19.45 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8367 0 16 976 9359
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.018619HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg111720HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d4037SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes212HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes1271HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it8619HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd0SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion4.17
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion2.61
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion1201SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies12HARMONIC1
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact10757SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 1.59→1.63 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2165 496 5.51 %
Rwork0.1982 8505 -
all0.1992 9001 -
obs--98.51 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.6162-0.0150.20370.18780.07730.63590.001-0.10730.06480.0213-0.0150.0345-0.0403-0.03070.014-0.0052-0.00180.0094-0.0356-0.0189-0.0314-15.448349.564257.1132
20.74530.073-0.18810.2426-0.04120.6886-0.02780.111-0.0698-0.00180.01530.02720.0499-0.04710.0125-0.01440.00550.0078-0.0494-0.0151-0.0359-20.526332.558824.1071
30.6017-0.03110.12390.2174-0.16790.7108-0.0030.11290.06340.0245-0.009-0.0341-0.10290.02410.0120.01690.00310.0049-0.0430.0168-0.031715.658648.763618.3453
40.5395-0.0665-0.23970.24630.09440.7147-0.0041-0.0975-0.04670.0020.0032-0.02960.00370.04350.0009-0.0124-0.0044-0.0007-0.03290.0084-0.029420.848432.903851.8165
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1CHAIN A
2X-RAY DIFFRACTION2CHAIN B
3X-RAY DIFFRACTION3CHAIN C
4X-RAY DIFFRACTION4CHAIN D

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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