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万見
- PDB-2y6j: X-2 engineered mutated CBM4-2 Carbohydrate Binding Module from a ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2y6j
タイトルX-2 engineered mutated CBM4-2 Carbohydrate Binding Module from a Thermostable Rhodothermus marinus Xylanase
要素XYLANASE
キーワードHYDROLASE
機能・相同性
機能・相同性情報


hydrolase activity, acting on glycosyl bonds / xylan catabolic process / hydrolase activity, hydrolyzing O-glycosyl compounds / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Secretion system C-terminal sorting domain / Carbohydrate-binding, CenC-like / Carbohydrate binding domain / Glycosyl hydrolases family 10 (GH10) domain profile. / Glycoside hydrolase family 10 / Glycoside hydrolase family 10 domain / Glycosyl hydrolase family 10 / Glycosyl hydrolase family 10 / Galactose-binding domain-like / Galactose-binding-like domain superfamily ...Secretion system C-terminal sorting domain / Carbohydrate-binding, CenC-like / Carbohydrate binding domain / Glycosyl hydrolases family 10 (GH10) domain profile. / Glycoside hydrolase family 10 / Glycoside hydrolase family 10 domain / Glycosyl hydrolase family 10 / Glycosyl hydrolase family 10 / Galactose-binding domain-like / Galactose-binding-like domain superfamily / Glycoside hydrolase superfamily / Jelly Rolls / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Xylanase / Xylanase
類似検索 - 構成要素
生物種RHODOTHERMUS MARINUS (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.7 Å
データ登録者von Schantz, L. / Hakansson, M. / Logan, D.T. / Walse, B. / Osterlin, J. / Nordberg-Karlsson, E. / Ohlin, M.
引用ジャーナル: Glycobiology / 年: 2012
タイトル: Structural basis for carbohydrate-binding specificity--a comparative assessment of two engineered carbohydrate-binding modules.
著者: von Schantz, L. / Hakansson, M. / Logan, D.T. / Walse, B. / Osterlin, J. / Nordberg-Karlsson, E. / Ohlin, M.
履歴
登録2011年1月24日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02012年3月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年8月1日Group: Database references
改定 1.22018年1月17日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: audit_author / citation ...audit_author / citation / citation_author / diffrn_source
Item: _audit_author.name / _citation.journal_id_ISSN ..._audit_author.name / _citation.journal_id_ISSN / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation_author.name / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site
改定 1.32023年12月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: XYLANASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,9462
ポリマ－17,9061
非ポリマー401
水3,621201
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)48.360, 49.680, 62.150
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 XYLANASE / CBM4-2


分子量: 17905.717 Da / 分子数: 1 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) RHODOTHERMUS MARINUS (バクテリア)
発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): K-12 / Variant (発現宿主): T7 EXPRESS
参照: UniProt: Q6V8M0, UniProt: Q7WTN6*PLUS, endo-1,4-beta-xylanase
#2: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 201 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
構成要素の詳細ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, TRP 68 TO PHE ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, ASP 69 TO ASN ...ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, TRP 68 TO PHE ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, ASP 69 TO ASN ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, GLU 71 TO GLN ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, PHE 75 TO LEU ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, TRP 90 TO ARG ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, PHE 109 TO LEU ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, GLN 110 TO ASP ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, GLU 117 TO HIS
配列の詳細THIS CONSTRUCT STARTS WITH M (POSITION 1) AND ENDS WITH ONE L

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.1 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.2 % / 解説: NONE
結晶化pH: 6.5 / 詳細: 1.4 M SODIUM CITRATE PH 6.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: MAX II / ビームライン: I911-2 / 波長: 1.04
検出器タイプ: MARRESEARCH SX-165 / 検出器: CCD / 日付: 2007年12月13日 / 詳細: MIRRORS
放射モノクロメーター: GERMANIUM CRYSTAL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.04 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.7→17 Å / Num. obs: 16932 / % possible obs: 99.5 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.5 % / Rmerge(I) obs: 0.06 / Net I/σ(I): 15.6
反射 シェル解像度: 1.7→1.74 Å / Rmerge(I) obs: 0.57 / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / % possible all: 99.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
REFMAC位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1K42

1k42


解像度: 1.7→17 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.971 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.948 / SU B: 2.04 / SU ML: 0.066 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.102 / ESU R Free: 0.106 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.201 853 5 %RANDOMN
Rwork0.153 ---
obs0.156 16078 94.4 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WTH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 14 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.25 Å20 Å20 Å2
2---1.18 Å20 Å2
3----1.07 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.7→17 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1259 0 1 201 1461
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0150.0221320
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.02814
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4671.9311821
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.95732008
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.7065176
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg39.2425.48462
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.43915187
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.545155
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0990.2216
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.0211525
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02258
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.931.5845
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.2641.5346
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.65521382
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.5543475
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.1994.5433
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.7→1.74 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.278 64 -
Rwork0.259 1106 -
obs--96.5 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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