PDB-2y5e: BARLEY LIMIT DEXTRINASE IN COMPLEX WITH ALPHA-CYCLODEXTRIN

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2y5e

タイトル

BARLEY LIMIT DEXTRINASE IN COMPLEX WITH ALPHA-CYCLODEXTRIN

要素

LIMIT DEXTRINASE

キーワード

HYDROLASE / STARCH / PULLULANASE / DEBRANCHING ENZYME / GLYCOSIDE HYDROLASE 13

機能・相同性

機能・相同性情報

pullulanase activity / polysaccharide catabolic process / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

HORDEUM VULGARE (オオムギ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.49 Å

データ登録者

Vester-Christensen, M.B. / Hachem, M.A. / Svensson, B. / Henriksen, A.

引用

ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2010
タイトル: Crystal Structure of an Essential Enzyme in Seed Starch Degradation: Barley Limit Dextrinase in Complex with Cyclodextrins.
著者: Vester-Christensen, M.B. / Abou Hachem, M. / Svensson, B. / Henriksen, A.

履歴

登録	2011年1月13日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
置き換え	2011年1月26日	ID: 2X4C
改定 1.0	2011年1月26日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2012年11月21日	Group: Database references / Non-polymer description
改定 1.2	2018年1月17日	Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_source / Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site
改定 2.0	2020年7月29日	Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Non-polymer description / Other / Structure summary カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / entity_name_com / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_database_status / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_molecule_features / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_conn_angle / struct_asym / struct_conn / struct_conn_type / struct_site / struct_site_gen Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.occupancy / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight / _chem_comp.id / _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.formula_weight / _entity.pdbx_description / _entity.pdbx_number_of_molecules / _entity.src_method / _entity.type / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_asym.entity_id 解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.1	2023年12月20日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

Remark 700

SHEET DETERMINATION METHOD: DSSP THE SHEETS PRESENTED AS "AF" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW ...

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2y5e.cif.gz	353.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2y5e.ent.gz	285.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2y5e.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	2y5e_validation.pdf.gz	964.4 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2y5e_full_validation.pdf.gz	972.8 KB	表示
XML形式データ	2y5e_validation.xml.gz	33.3 KB	表示
CIF形式データ	2y5e_validation.cif.gz	46.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/y5/2y5e ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/y5/2y5e	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	2y4sC 2x4b PDB 未公開エントリS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	4j3s-d 4j3v-d 4j3u-1 4u8e-1 2y4s-d 3a9x-d 2gdq-d 4u8f-1 2e7i-1 6tkz-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: LIMIT DEXTRINASE

ヘテロ分子

99.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	174.840, 85.610, 61.120
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 96.83, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

-
タンパク質 / 糖 , 2種, 2分子 A

#1: タンパク質

LIMIT DEXTRINASE

分子量: 97444.156 Da / 分子数: 1 / 断片: RESIDUES 22-904 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

HORDEUM VULGARE (オオムギ) / 発現宿主:

PICHIA PASTORIS (菌類) / 株 (発現宿主): GS115 / 参照: UniProt: O48541, pullulanase

#2: 多糖

Cyclohexakis-(1-4)-(alpha-D-glucopyranose) / alpha-cyclodextrin

タイプ: oligosaccharide, Oligosaccharide / クラス: 薬物デリバリー / 分子量: 990.860 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: cyclic oligosaccharide / 参照: alpha-cyclodextrin

-
非ポリマー , 4種, 229分子

#3: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#4: 化合物	ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン分子量: 40.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#5: 化合物	ChemComp-IOD / IODIDE ION / ヨ-ジド分子量: 126.904 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: I
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 218 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

構成要素の詳細	ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, LYS 102 TO ARG
配列の詳細	4 AMINO ACID DISCREPANCIES. THE SEQUENCE STRETCH BETWEEN RESIDUES 484-486 REFLECTS THAT THE CLONED ...4 AMINO ACID DISCREPANCIES. THE SEQUENCE STRETCH BETWEEN RESIDUES 484-486 REFLECTS THAT THE CLONED CDNA IS FROM AN OFFSPRING OF THE UNP O48541 SOURCE AND THEREFORE A NATURAL VARIETY

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実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶	マシュー密度: 2.2 Å³/Da / 溶媒含有率: 44.5 % / 解説: NONE
結晶化	pH: 6.6 / 詳細: 30% (W/V) PEG 3350, 0.3 M NAI, pH 6.6

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データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: MAX II / ビームライン: I911-5 / 波長: 1.03908
検出器	タイプ: MARRESEARCH SX-165 / 検出器: CCD / 日付: 2009年5月29日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.03908 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.48→35.9 Å / Num. obs: 30821 / % possible obs: 98.1 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.7 % / B_iso Wilson estimate: 34.31 Å² / R_merge(I) obs: 0.09 / Net I/σ(I): 13.1
反射シェル	解像度: 2.48→2.61 Å / 冗長度: 3.1 % / R_merge(I) obs: 0.43 / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / % possible all: 87.7

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(PHENIX.REFINE)	精密化
MOSFLM		データ削減
SCALA		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2X4B

2x4b
PDB 未公開エントリ

解像度: 2.49→33.468 Å / SU ML: 0.3 / σ(F): 0.01 / 位相誤差: 16.19 / 立体化学のターゲット値: ML
詳細: DISORDERED REGIONS WERE NOT INCLUDED IN THE MODEL. LAST REFINEMENT ROUND DID NOT INCLUDE RFREE.

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.226	1532	5 %
R_work	0.1752	-	-
obs	0.1752	30660	92.74 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 30.53 Å² / k_sol: 0.338 e/Å³

原子変位パラメータ

B_iso mean: 39.7 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-2.8696 Å²	0 Å²	4.8937 Å²
2-	-	-2.3125 Å²	0 Å²
3-	-	-	5.1821 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.49→33.468 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6685	0	82	218	6985

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.002	6926
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.647	9429
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	18.424	2546
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.044	1014
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.002	1227

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.4865-2.5148	0.2961	1029	X-RAY DIFFRACTION	49
2.5148-2.5443	0.2752	1755	X-RAY DIFFRACTION	85
2.5443-2.5754	0.2515	1715	X-RAY DIFFRACTION	85
2.5754-2.608	0.2381	1816	X-RAY DIFFRACTION	87
2.608-2.6423	0.237	1761	X-RAY DIFFRACTION	86
2.6423-2.6784	0.2335	1794	X-RAY DIFFRACTION	86
2.6784-2.7167	0.2319	1826	X-RAY DIFFRACTION	88
2.7167-2.7572	0.2202	1833	X-RAY DIFFRACTION	89
2.7572-2.8003	0.2167	1828	X-RAY DIFFRACTION	88
2.8003-2.8462	0.212	1884	X-RAY DIFFRACTION	91
2.8462-2.8952	0.2028	1795	X-RAY DIFFRACTION	90
2.8952-2.9478	0.1995	2003	X-RAY DIFFRACTION	95
2.9478-3.0045	0.2017	1887	X-RAY DIFFRACTION	93
3.0045-3.0658	0.211	1935	X-RAY DIFFRACTION	94
3.0658-3.1324	0.2114	1992	X-RAY DIFFRACTION	96
3.1324-3.2052	0.1975	2002	X-RAY DIFFRACTION	97
3.2052-3.2853	0.1919	1987	X-RAY DIFFRACTION	97
3.2853-3.374	0.1715	2038	X-RAY DIFFRACTION	99
3.374-3.4732	0.1643	2031	X-RAY DIFFRACTION	98
3.4732-3.5852	0.1526	2006	X-RAY DIFFRACTION	98
3.5852-3.7132	0.1596	2026	X-RAY DIFFRACTION	98
3.7132-3.8617	0.1413	2049	X-RAY DIFFRACTION	99
3.8617-4.0371	0.1256	2080	X-RAY DIFFRACTION	99
4.0371-4.2496	0.1271	2015	X-RAY DIFFRACTION	99
4.2496-4.5152	0.1226	2052	X-RAY DIFFRACTION	99
4.5152-4.8629	0.1241	2043	X-RAY DIFFRACTION	99
4.8629-5.3505	0.1295	2058	X-RAY DIFFRACTION	99
5.3505-6.1206	0.1601	2070	X-RAY DIFFRACTION	99
6.1206-7.6958	0.1708	2038	X-RAY DIFFRACTION	100
7.6958-33.4714	0.1675	2045	X-RAY DIFFRACTION	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.7682	0.9068	-0.7301	1.4056	-0.401	1.0205	-0.04	0.5913	0.2947	-0.1034	0.1455	0.5635	0.0218	-0.5077	-0.0854	0.2739	-0.0427	-0.0515	0.618	0.0107	0.4198	14.9913	2.606	8.0715
2	1.8882	1.4216	-1.6128	1.2596	-0.6478	3.3174	-0.0138	1.1068	0.7117	0.161	0.4855	0.3155	0.2302	-0.5544	-0.2802	0.2823	-0.2213	0.0027	0.6982	-0.0245	0.4086	14.5491	-4.7329	1.1845
3	0.6594	0.249	-0.3234	0.5826	-0.1906	0.5363	-0.0892	-0.0095	0.0059	0.1539	0.0827	0.1885	-0.0362	-0.0877	0.0093	0.1348	-0.0028	0.0423	0.0687	-0.0332	0.2396	24.3457	-2.3875	32.4716
4	1.4381	0.6162	0.7303	0.2982	0.1866	3.8349	0.0113	-0.2964	-0.1209	0.2416	0.0595	0.3908	0.4471	-0.5795	0.01	0.2227	-0.0021	0.105	0.1391	-0.0058	0.329	23.6086	-4.5792	38.4057
5	0.7343	-0.2236	0.4469	0.1961	-0.3049	0.5143	-0.0939	-0.0243	-0.3795	0.0638	0.2039	0.1374	-0.1571	-0.012	-0.0984	0.2411	-0.0405	0.0843	0.1114	-0.0856	0.2718	33.0688	-7.4154	33.5164
6	0.7955	-0.2054	0.0697	0.2451	-0.1484	0.8549	0.078	-0.1137	-0.0025	0.16	-0.0534	0.0361	-0.0401	0.2153	-0.0265	0.1674	-0.0075	-0.0222	0.106	-0.0083	0.1167	60.6856	-2.8424	34.4642
7	0.6171	-0.2644	-0.5273	0.3195	-0.0017	0.7685	-0.1676	0.0974	-0.1738	0.1033	0.0681	0.0937	0.313	0.0414	0.0322	0.2073	0.0429	0.0136	0.0638	-0.0144	0.1149	55.6954	-10.7612	29.1244
8	0.9353	-0.0163	-0.299	0.1221	0.1636	0.5881	-0.0693	-0.0359	-0.3291	0.0796	-0.111	0.1098	0.1266	0.1736	0.1447	0.1882	0.0408	0.0388	0.0016	-0.0488	0.1913	53.2643	-12.4351	28.4945
9	0.9474	0.0702	-0.3735	0.3603	-0.1914	0.3951	-0.022	0.1082	0.0357	0.1132	0.0081	0.0109	-0.0024	-0.0302	-0.0171	0.1218	0.0053	0.0173	0.0741	-0.0317	0.1418	40.2512	2.7724	21.2107
10	1.1504	0.5049	0.3189	0.2611	0.1225	1.1407	0.0066	0.1778	0.2019	-0.2177	0.0119	0.0814	0.1104	0.1147	-0.0113	0.1603	-0.0228	0.0067	0.0885	0.0164	0.0867	49.8548	8.6549	9.08
11	0.3128	-0.0059	0.2331	0.467	-0.3096	0.578	-0.062	0.2995	-0.1313	0.0089	-0.1805	0.004	0.11	0.0236	-0.0137	0.166	0.0029	0.0703	0.312	-0.0751	0.1227	69.495	-0.6546	-2.1666
12	0.867	0.1512	-0.9171	0.3464	-0.1264	1.1715	-0.0997	0.375	0.1235	-0.0004	0.1769	-0.0324	0.1813	-0.1693	-0.0458	0.1615	-0.0729	0.0029	0.2772	0.0205	0.1545	61.16	15.4147	4.2065
13	0.6786	0.0013	-0.4763	0.5867	0.087	1.0093	-0.0694	0.163	-0.0908	-0.0338	-0.0224	-0.1524	0.1434	0.2639	0.0515	0.1291	0.0605	0.0169	0.1783	-0.0347	0.1776	69.0831	-7.7026	15.666
14	1.5461	-0.0612	-0.3465	0.7394	-0.0335	0.4897	0.1737	0.3633	0.3511	-0.0545	-0.0419	-0.263	-0.2609	0.0317	-0.0794	0.2341	-0.0784	0.0248	0.2539	0.058	0.3185	73.4681	22.6566	12.2416
15	0.1267	0.1686	0.1048	0.8446	0.0101	0.5641	0.0834	0.0072	-0.103	-0.0201	-0.1872	-0.324	0.0129	0.3332	0.0816	0.114	-0.0804	-0.0282	0.3797	0.046	0.2596	85.0026	13.2066	13.5424

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	CHAIN A AND (RESSEQ 3:101)
2	X-RAY DIFFRACTION	2	CHAIN A AND (RESSEQ 102:113)
3	X-RAY DIFFRACTION	3	CHAIN A AND (RESSEQ 114:167)
4	X-RAY DIFFRACTION	4	CHAIN A AND (RESSEQ 168:194)
5	X-RAY DIFFRACTION	5	CHAIN A AND (RESSEQ 195:237)
6	X-RAY DIFFRACTION	6	CHAIN A AND (RESSEQ 238:293)
7	X-RAY DIFFRACTION	7	CHAIN A AND (RESSEQ 294:328)
8	X-RAY DIFFRACTION	8	CHAIN A AND (RESSEQ 329:398)
9	X-RAY DIFFRACTION	9	CHAIN A AND (RESSEQ 399:518)
10	X-RAY DIFFRACTION	10	CHAIN A AND (RESSEQ 519:546)
11	X-RAY DIFFRACTION	11	CHAIN A AND (RESSEQ 547:591)
12	X-RAY DIFFRACTION	12	CHAIN A AND (RESSEQ 592:636)
13	X-RAY DIFFRACTION	13	CHAIN A AND (RESSEQ 637:773)
14	X-RAY DIFFRACTION	14	CHAIN A AND (RESSEQ 774:817)
15	X-RAY DIFFRACTION	15	CHAIN A AND (RESSEQ 818:885)

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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