PDB-2y4z: Structure of the amino-terminal capsid restriction escape mutatio...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2y4z

タイトル

Structure of the amino-terminal capsid restriction escape mutation N- MLV L10W

要素

CAPSID PROTEIN P30

キーワード

VIRAL PROTEIN / RESTRICTION

機能・相同性

機能・相同性情報

viral budding via host ESCRT complex / host multivesicular body / viral nucleocapsid / structural constituent of virion / host cell plasma membrane / RNA binding / zinc ion binding / membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

MURINE LEUKEMIA VIRUS (ネズミ白血病ウイルス)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 2.001 Å

データ登録者

Goldstone, D.C. / Holden-Dye, K. / Ohkura, S. / Stoye, J.P. / Taylor, I.A.

引用

ジャーナル: Plos Pathog. / 年: 2011
タイトル: Novel Escape Mutants Suggest an Extensive Trim5Alpha Binding Site Spanning the Entire Outer Surface of the Murine Leukemia Virus Capsid Protein.
著者: Ohkura, S. / Goldstone, D.C. / Yap, M.W. / Holden-Dye, K. / Taylor, I.A. / Stoye, J.P.

履歴

登録	2011年1月11日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2011年11月23日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年12月20日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

Remark 650

HELIX DETERMINATION METHOD: PROVIDED BY DEPOSITOR

Remark 700

SHEET DETERMINATION METHOD: PROVIDED BY DEPOSITOR

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2y4z.cif.gz	70.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2y4z.ent.gz	52.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2y4z.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/y4/2y4z ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/y4/2y4z	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1u7kS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	6jrp-4 1bhl-d 6jrp-2 6jrp-3 4ph2-1 4id1-d 4l9d-d 3p04-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: CAPSID PROTEIN P30

ヘテロ分子

16.2 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	71.880, 33.647, 59.320
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 111.91, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-2002- HOH
2	1	A-2080- HOH

#1: タンパク質	CAPSID PROTEIN P30 / CA 分子量: 16105.835 Da / 分子数: 1 / 断片: N-TERMINAL DOMAIN, RESIDUES 215-346 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) MURINE LEUKEMIA VIRUS (ネズミ白血病ウイルス) 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P03336
#2: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 99 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
構成要素の詳細	ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, LEU 224 TO TRP
配列の詳細	THE MUTATION MENTIONED IN REMARK 400 AND THE SEQADV RECORD CORRESPONDS TO RESIDUE 10 OF THE PROTEIN SEQUENCE.

-
実験

実験	手法: X線回折

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.06 Å³/Da / 溶媒含有率: 40 % / 解説: NONE

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: 回転陽極 / 波長: 1.5418
検出器	タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2→25 Å / Num. obs: 9015 / % possible obs: 99.6 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 3.4 % / B_iso Wilson estimate: 29.07 Å² / R_merge(I) obs: 0.04 / Net I/σ(I): 25.1
反射シェル	解像度: 2→2.07 Å / 冗長度: 2.9 % / R_merge(I) obs: 0.18 / Mean I/σ(I) obs: 6.3 / % possible all: 97

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(PHENIX.REFINE)	精密化
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1U7K (CHAIN A)

1u7k

解像度: 2.001→24.681 Å / SU ML: 0.25 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 22.93 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2438	428	4.8 %
R_work	0.1742	-	-
obs	0.1774	9013	99.36 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 39.319 Å² / k_sol: 0.364 e/Å³

原子変位パラメータ

B_iso mean: 36.3 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.1625 Å²	0 Å²	5.4381 Å²
2-	-	-4.1237 Å²	0 Å²
3-	-	-	3.9611 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.001→24.681 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1080	0	6	99	1185

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.009	1122
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.977	1530
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	17.367	415
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.071	162
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	203

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.0008-2.2902	0.2663	146	0.1797	2774	X-RAY DIFFRACTION	98
2.2902-2.8847	0.262	141	0.1669	2855	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8847-24.6826	0.2264	141	0.1728	2956	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.6652	-0.6585	-2.309	9.2744	5.8804	4.9235	0.0633	0.2692	-0.2783	1.0112	-0.5196	0.3072	0.5658	-0.3901	0.31	0.1907	-0.0227	-0.0144	0.1727	0.0348	0.2454	29.2748	-10.4574	5.0534
2	1.4498	-1.7811	-0.5315	2.2047	0.5314	0.7034	0.0096	-0.0667	-0.3394	0.2765	0.0569	0.5445	-0.0665	-0.1528	-0.0781	0.1597	0.043	0.0179	0.2748	0.0345	0.3011	14.8967	3.1952	5.5167
3	2.692	1.0692	-1.7507	0.6278	-0.9133	2.6383	0.4584	-0.3887	-0.4677	0.482	-0.352	0.4526	-0.4944	-0.2664	-0.1814	0.3615	0.0117	0.1011	0.277	0.0867	0.2614	17.0248	6.3706	16.6209
4	2.8547	-0.8413	0.5729	1.2593	1.0344	1.5441	0.1098	0.0593	-0.2979	0.2275	0.1938	0.1723	0.0241	0.0404	-0.2121	0.1987	0.0217	0.0479	0.1504	0.0414	0.1776	23.5764	8.2202	7.3483
5	6.3447	-0.3289	-0.2792	0.6222	0.2574	4.4578	0.0999	-0.3248	0.7997	0.7184	-0.0323	0.0991	-0.9279	0.1447	-0.2296	0.3907	-0.0419	0.0941	0.1729	-0.0416	0.2367	27.2221	17.6758	15.4562
6	1.0208	0.2266	1.4768	2.557	1.0204	2.3374	0.514	-0.502	-0.7206	0.0498	-0.1447	-0.8613	-0.2372	2.5695	-0.3166	0.33	-0.165	0.0393	0.8209	-0.0752	0.7673	41.2902	11.7136	26.4125
7	1.6361	-0.8563	-2.5794	2.1557	0.8064	4.2417	0.6017	-0.4043	0.2062	0.328	0.0602	0.3687	-0.434	0.4267	-0.3917	0.3094	-0.1096	0.1101	0.3956	-0.0744	0.2525	41.4273	15.0916	16.3192
8	1.2887	-0.5716	-1.7497	3.9802	-0.2486	2.8659	0.1266	-0.12	-0.0954	0.047	-0.1187	-0.5822	-0.0929	0.1904	0.0381	0.1496	-0.0094	-0.0259	0.1938	0.0262	0.1715	35.8142	2.9813	9.0468
9	6.6795	-4.836	-1.6827	4.5549	0.8935	0.5154	-0.2476	-1.4342	-0.0985	0.3904	0.7269	0.3798	-0.2402	0.2606	-0.4318	0.3956	0.0306	0.0828	0.3592	0.0177	0.1396	22.9741	13.303	21.6577

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	(CHAIN A AND RESID 1:10)
2	X-RAY DIFFRACTION	2	(CHAIN A AND RESID 11:29)
3	X-RAY DIFFRACTION	3	(CHAIN A AND RESID 30:48)
4	X-RAY DIFFRACTION	4	(CHAIN A AND RESID 49:65)
5	X-RAY DIFFRACTION	5	(CHAIN A AND RESID 66:79)
6	X-RAY DIFFRACTION	6	(CHAIN A AND RESID 80:86)
7	X-RAY DIFFRACTION	7	(CHAIN A AND RESID 87:96)
8	X-RAY DIFFRACTION	8	(CHAIN A AND RESID 97:119)
9	X-RAY DIFFRACTION	9	(CHAIN A AND RESID 120:135)

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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