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- PDB-2y35: Crystal structure of Xrn1-substrate complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2y35
タイトルCrystal structure of Xrn1-substrate complex
要素
  • DT11 (5'-D(*TP*TP*TP*TP*TP*TP*TP*TP*TP*TP*TP)-3'
  • LD22664P
キーワードHYDROLASE/DNA / HYDROLASE-DNA COMPLEX / RNA DEGRADATION / EXONUCLEASE 5'-3' / RNA INTERFERENCE
機能・相同性
機能・相同性情報


regulatory ncRNA-mediated post-transcriptional gene silencing => GO:0035194 / positive regulation of imaginal disc growth / imaginal disc fusion, thorax closure / regulation of cytoplasmic mRNA processing body assembly / : / dorsal closure / imaginal disc-derived wing morphogenesis / 5'-3' RNA exonuclease activity / nuclear-transcribed mRNA catabolic process, non-stop decay / rRNA catabolic process ...regulatory ncRNA-mediated post-transcriptional gene silencing => GO:0035194 / positive regulation of imaginal disc growth / imaginal disc fusion, thorax closure / regulation of cytoplasmic mRNA processing body assembly / : / dorsal closure / imaginal disc-derived wing morphogenesis / 5'-3' RNA exonuclease activity / nuclear-transcribed mRNA catabolic process, non-stop decay / rRNA catabolic process / regulatory ncRNA-mediated post-transcriptional gene silencing / nuclear-transcribed mRNA catabolic process, nonsense-mediated decay / nuclear-transcribed mRNA catabolic process / mRNA catabolic process / wound healing / P-body / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 5'-リン酸モノエステル産生エキソリボヌクレアーゼ / spermatogenesis / negative regulation of gene expression / negative regulation of apoptotic process / RNA binding / nucleus / metal ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
5-3 exonuclease XRN1, DCP1-binding motif / 5-3 exonuclease XRN1 DCP1-binding motif / : / : / 5'-3' exoribonuclease 1 / Xrn1, D1 domain / Exoribonuclease Xrn1, D2/D3 domain / 5'-3' exoribonuclease 1, SH3-like domain / Xrn1 SH3-like domain / Exoribonuclease Xrn1 D1 domain ...5-3 exonuclease XRN1, DCP1-binding motif / 5-3 exonuclease XRN1 DCP1-binding motif / : / : / 5'-3' exoribonuclease 1 / Xrn1, D1 domain / Exoribonuclease Xrn1, D2/D3 domain / 5'-3' exoribonuclease 1, SH3-like domain / Xrn1 SH3-like domain / Exoribonuclease Xrn1 D1 domain / Exoribonuclease Xrn1 D2/D3 domain / Xrn1, N-terminal / 5'-3' exoribonuclease / Xrn1, helical domain / XRN 5'-3' exonuclease N-terminus / Xrn1 helical domain
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / 5'-3' exoribonuclease 1 / 5'-3' exoribonuclease 1
類似検索 - 構成要素
生物種DROSOPHILA MELANOGASTER (キイロショウジョウバエ)
SYTHETIC CONSTRUCT (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 3.2 Å
データ登録者Jinek, M. / Coyle, S.M. / Doudna, J.A.
引用ジャーナル: Mol.Cell / 年: 2011
タイトル: Coupled 5' Nucleotide Recognition and Processivity in Xrn1-Mediated Mrna Decay.
著者: Jinek, M. / Coyle, S.M. / Doudna, J.A.
履歴
登録2010年12月18日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02011年3月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年8月3日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.22024年5月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: LD22664P
B: DT11 (5'-D(*TP*TP*TP*TP*TP*TP*TP*TP*TP*TP*TP)-3'
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)135,7213
ポリマ－135,6972
非ポリマー241
水30617
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)149.990, 149.990, 154.860
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number94
Space group name H-MP42212

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要素

#1: タンパク質 LD22664P / PACMAN / ISOFORM A / XRN1


分子量: 132395.969 Da / 分子数: 1 / 断片: RESIDUES 1-1140 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) DROSOPHILA MELANOGASTER (キイロショウジョウバエ)
プラスミド: PFASTBAC1 / 細胞株 (発現宿主): SF9
発現宿主: SPODOPTERA FRUGIPERDA (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: Q9VWI1, UniProt: E1JJR3*PLUS, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 5'-リン酸モノエステル産生エキソリボヌクレアーゼ
#2: DNA鎖 DT11 (5'-D(*TP*TP*TP*TP*TP*TP*TP*TP*TP*TP*TP)-3'


分子量: 3301.163 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) SYTHETIC CONSTRUCT (人工物)
#3: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 17 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
構成要素の詳細ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, ASP 207 TO ALA

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.22 Å3/Da / 溶媒含有率: 62 % / 解説: NONE
結晶化pH: 6.5 / 詳細: 0.1 M MES PH 6.2, 1% (V/V) PEG 300.

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.2.2 / 波長: 1.016246
検出器タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2010年4月18日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.016246 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.2→100 Å / Num. obs: 29498 / % possible obs: 99.1 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 7.2 % / Biso Wilson estimate: 76.04 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.1 / Net I/σ(I): 20
反射 シェル解像度: 3.2→3.28 Å / 冗長度: 7 % / Rmerge(I) obs: 0.83 / Mean I/σ(I) obs: 2.52 / % possible all: 95.7

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解析

ソフトウェア
名称分類
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHENIX位相決定
autoSHARP位相決定
PHENIX精密化
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散
開始モデル: NONE

解像度: 3.2→74.995 Å / SU ML: 0.39 / σ(F): 2 / 位相誤差: 27.31 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2711 1180 4 %
Rwork0.2246 --
obs0.2265 29498 99.1 %
溶媒の処理減衰半径: 0.83 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 47.1 Å2 / ksol: 0.299 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 79.2 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--2.8673 Å20 Å20 Å2
2---2.8673 Å20 Å2
3---5.7346 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.2→74.995 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8104 65 1 17 8187
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0118692
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.01711450
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.9173002
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0661287
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0051463
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.2004-3.3460.32871420.29363393X-RAY DIFFRACTION97
3.346-3.52240.3261460.27373516X-RAY DIFFRACTION100
3.5224-3.74310.33541460.26153502X-RAY DIFFRACTION100
3.7431-4.03210.25961470.22263516X-RAY DIFFRACTION100
4.0321-4.43780.2651470.19573533X-RAY DIFFRACTION100
4.4378-5.07990.23361480.17633543X-RAY DIFFRACTION99
5.0799-6.39960.24171490.2193579X-RAY DIFFRACTION99
6.3996-75.01560.26741550.23153736X-RAY DIFFRACTION98
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.16330.5232-0.71191.9343-0.26891.0429-0.02860.27490.0394-0.57010.00250.19860.1882-0.20550.01180.19810.11070.0024-0.1885-0.0075-0.106256.841212.201128.98
20.6339-0.8275-0.12942.45430.13422.51050.0265-0.12620.17020.03310.064-0.0192-0.1255-0.0460.00120.12220.01450.11970.0999-0.03390.193453.277135.437260.5939
30.25650.12320.02910.13980.17570.32710.236-0.23830.07270.3969-0.3332-0.165-0.52190.6051-0.00020.3288-0.27020.04830.4401-0.0860.781384.974853.039346.4821
41.4591-0.99330.08331.4125-0.82111.17790.11880.29650.0998-0.3612-0.3288-0.3569-0.0973-0.0521-0.01460.32260.08340.06280.04030.02330.108244.163554.902521.9932
50.79490.14790.80730.4360.1990.8255-0.1056-0.11180.2845-0.0891-0.14080.0335-0.18990.10250.00020.390.01040.13890.20480.06090.555165.293549.745738.2554
60.01920.00360.00260.0092-0.01250.02040.0036-0.4380.25830.4428-0.250.2373-0.001-0.40370.00181.43020.00840.16841.46370.21360.805351.149320.25123.8996
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1(CHAIN A AND RESID 1:632)
2X-RAY DIFFRACTION2(CHAIN A AND RESID 633:799)
3X-RAY DIFFRACTION3(CHAIN A AND (RESID 802:850 OR RESID 1031:1045))
4X-RAY DIFFRACTION4(CHAIN A AND RESID 851:1026)
5X-RAY DIFFRACTION5(CHAIN A AND RESID 1046:1140)
6X-RAY DIFFRACTION6CHAIN B

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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