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- PDB-2y2d: crystal structure of AmpD holoenzyme -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2y2d
タイトルcrystal structure of AmpD holoenzyme
要素1,6-ANHYDRO-N-ACETYLMURAMYL-L-ALANINE AMIDASE AMPD
キーワードHYDROLASE / PEPTIDOGLYCAN AMIDASE / AMIDASE_2 FAMILY / ACTIVATION MECHANISM
機能・相同性
機能・相同性情報


N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase / peptidoglycan turnover / N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase activity / peptidoglycan catabolic process / cell wall organization / metal ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
: / Lysozyme-like / Peptidoglycan recognition protein-like / Ami_2 / N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase / N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase domain / N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase/PGRP domain superfamily / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
1,6-anhydro-N-acetylmuramyl-L-alanine amidase AmpD
類似検索 - 構成要素
生物種CITROBACTER FREUNDII (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Carrasco-Lopez, C. / Rojas-Altuve, A. / Zhang, W. / Hesek, D. / Lee, M. / Barbe, S. / Andre, I. / Silva-Martin, N. / Martinez-Ripoll, M. / Mobashery, S. / Hermoso, J.A.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2011
タイトル: Crystal Structures of Bacterial Peptidoglycan Amidase Ampd and an Unprecedented Activation Mechanism.
著者: Carrasco-Lopez, C. / Rojas-Altuve, A. / Zhang, W. / Hesek, D. / Lee, M. / Barbe, S. / Andre, I. / Ferrer, P. / Silva-Martin, N. / Castro, G.R. / Martinez-Ripoll, M. / Mobashery, S. / Hermoso, J.A.
履歴
登録2010年12月14日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02011年7月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年9月14日Group: Database references
改定 1.22023年12月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 1,6-ANHYDRO-N-ACETYLMURAMYL-L-ALANINE AMIDASE AMPD
B: 1,6-ANHYDRO-N-ACETYLMURAMYL-L-ALANINE AMIDASE AMPD
C: 1,6-ANHYDRO-N-ACETYLMURAMYL-L-ALANINE AMIDASE AMPD
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)62,8106
ポリマ－62,6143
非ポリマー1963
水15,547863
1
A: 1,6-ANHYDRO-N-ACETYLMURAMYL-L-ALANINE AMIDASE AMPD
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,9372
ポリマ－20,8711
非ポリマー651
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: 1,6-ANHYDRO-N-ACETYLMURAMYL-L-ALANINE AMIDASE AMPD
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,9372
ポリマ－20,8711
非ポリマー651
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
C: 1,6-ANHYDRO-N-ACETYLMURAMYL-L-ALANINE AMIDASE AMPD
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,9372
ポリマ－20,8711
非ポリマー651
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)67.691, 67.691, 92.805
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number145
Space group name H-MP32

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要素

#1: タンパク質 1,6-ANHYDRO-N-ACETYLMURAMYL-L-ALANINE AMIDASE AMPD / AMPD / N-ACETYLMURAMOYL-L-ALANINE AMIDASE


分子量: 20871.361 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) CITROBACTER FREUNDII (バクテリア)
発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 参照: UniProt: P82974, N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase
#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 863 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2 Å3/Da / 溶媒含有率: 37 % / 解説: NONE
結晶化pH: 6 / 詳細: 0.1 M TRIS PH 6.0, 0.1 M LI2SO4, 28% PEG 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 0.97625
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2010年3月14日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97625 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→35.8 Å / Num. obs: 32155 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 11.4 % / Biso Wilson estimate: 16.05 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.11 / Net I/σ(I): 23
反射 シェル解像度: 2→2.11 Å / 冗長度: 11.2 % / Rmerge(I) obs: 0.48 / Mean I/σ(I) obs: 5.6 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(PHENIX.REFINE)精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2Y28

2y28


解像度: 2→9.997 Å / SU ML: 0.35 / σ(F): 0.07 / 位相誤差: 25.47 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2783 2272 7.2 %
Rwork0.2055 --
obs0.2108 31624 99.21 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 99 Å2 / ksol: 0.553 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 18.63 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.1123 Å20 Å20 Å2
2--2.1123 Å20 Å2
3----4.2247 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→9.997 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4224 0 3 863 5090
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0114365
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1955976
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d18.2711542
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.078630
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006795
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.0002-2.0710.30142310.22162845X-RAY DIFFRACTION97
2.071-2.15320.31532450.21922876X-RAY DIFFRACTION98
2.1532-2.25010.32932450.21642942X-RAY DIFFRACTION99
2.2501-2.36720.30342440.20622872X-RAY DIFFRACTION99
2.3672-2.51340.30122220.1982972X-RAY DIFFRACTION100
2.5134-2.70390.27252220.20422962X-RAY DIFFRACTION100
2.7039-2.96950.28652190.2012953X-RAY DIFFRACTION100
2.9695-3.38450.2442180.18392997X-RAY DIFFRACTION100
3.3845-4.21040.24321990.18212981X-RAY DIFFRACTION100
4.2104-9.99740.24942270.22742952X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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