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- PDB-2y20: The mechanisms of HAMP-mediated signaling in transmembrane recept... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2y20
タイトルThe mechanisms of HAMP-mediated signaling in transmembrane receptors - the A291I mutant
要素UNCHARACTERIZED PROTEIN
キーワードMEMBRANE PROTEIN / TRANSMEMBRANE SIGNALLING
機能・相同性
機能・相同性情報


histidine kinase / phosphorelay signal transduction system / kinase activity / metal ion binding / identical protein binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
HAMP domain in histidine kinase / : / HAMP domain / HAMP (Histidine kinases, Adenylyl cyclases, Methyl binding proteins, Phosphatases) domain / HAMP domain profile. / HAMP domain / Helicase, Ruva Protein; domain 3 / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種ARCHAEOGLOBUS FULGIDUS (古細菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.65 Å
データ登録者Zeth, K. / Ferris, H.U. / Hulko, M. / Lupas, A.N.
引用ジャーナル: Structure / 年: 2011
タイトル: The Mechanisms of Hamp-Mediated Signaling in Transmembrane Receptors.
著者: Ferris, H.U. / Dunin-Horkawicz, S. / Mondejar, L.G. / Hulko, M. / Hantke, K. / Martin, J. / Schultz, J.E. / Zeth, K. / Lupas, A.N. / Coles, M.
履歴
登録2010年12月12日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02011年7月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年11月16日Group: Database references
改定 1.22024年5月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ncs_dom_lim / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr1_symmetry / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: UNCHARACTERIZED PROTEIN
B: UNCHARACTERIZED PROTEIN
C: UNCHARACTERIZED PROTEIN
D: UNCHARACTERIZED PROTEIN
E: UNCHARACTERIZED PROTEIN
F: UNCHARACTERIZED PROTEIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,36915
ポリマ－38,7806
非ポリマー5899
水3,603200
1
A: UNCHARACTERIZED PROTEIN
B: UNCHARACTERIZED PROTEIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,0584
ポリマ－12,9272
非ポリマー1312
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1860 Å2
ΔGint-84.9 kcal/mol
Surface area6230 Å2
手法PISA
2
C: UNCHARACTERIZED PROTEIN
D: UNCHARACTERIZED PROTEIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,1235
ポリマ－12,9272
非ポリマー1963
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1930 Å2
ΔGint-108.3 kcal/mol
Surface area6100 Å2
手法PISA
3
E: UNCHARACTERIZED PROTEIN
F: UNCHARACTERIZED PROTEIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,1886
ポリマ－12,9272
非ポリマー2624
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1990 Å2
ΔGint-136.1 kcal/mol
Surface area6470 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)48.490, 64.760, 93.110
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
31C
41D
51E
61F

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: ILE / Beg label comp-ID: ILE / End auth comp-ID: VAL / End label comp-ID: VAL / Refine code: 5 / Auth seq-ID: 280 - 328 / Label seq-ID: 7 - 55

Dom-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
1AA
2BB
3CC
4DD
5EE
6FF

-
要素

#1: タンパク質
UNCHARACTERIZED PROTEIN / AF1503


分子量: 6463.403 Da / 分子数: 6 / 断片: HAMP DOMAIN, RESIDUES 278-331 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ARCHAEOGLOBUS FULGIDUS (古細菌) / 解説: GENOMIC DNA / プラスミド: GST-FUSION / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: O28769
#2: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 200 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 1.68 Å3/Da / 溶媒含有率: 26.95 % / 解説: NONE
結晶化pH: 4.6
詳細: 20 MM MOPS, 100 MM NACL, 0.1 M ZN ACETATE, 12% PEG 4000, PH 4.6.

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 1
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.65→30 Å / Num. obs: 33647 / % possible obs: 99.1 % / Observed criterion σ(I): 2.7 / 冗長度: 6.2 % / Rmerge(I) obs: 0.09 / Net I/σ(I): 22.7
反射 シェル解像度: 1.65→1.7 Å / 冗長度: 6.1 % / Rmerge(I) obs: 0.55 / Mean I/σ(I) obs: 2.7 / % possible all: 99.3

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.5.0109精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: NONE

解像度: 1.65→29.81 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.959 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.941 / SU B: 4.865 / SU ML: 0.083 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.115 / ESU R Free: 0.116 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.236 1775 5 %RANDOM
Rwork0.189 ---
obs0.191 33647 98.3 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 27.5 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.03 Å20 Å20 Å2
2---0.04 Å20 Å2
3---0.01 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.65→29.81 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2576 0 9 200 2785
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0240.0222714
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.0871.9863690
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.175378
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg26.54823.514111
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.29315557
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.6091531
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1480.2457
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0110.0211959
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.2631.51737
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.06922847
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.3633977
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it5.4444.5818
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / 数: 340 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Dom-IDAuth asym-IDタイプRms dev position (Å)Weight position
1Amedium positional0.510.5
2Bmedium positional0.460.5
3Cmedium positional0.510.5
4Dmedium positional0.80.5
5Emedium positional0.460.5
6Fmedium positional0.420.5
1Amedium thermal2.342
2Bmedium thermal2.092
3Cmedium thermal2.912
4Dmedium thermal2.082
5Emedium thermal2.442
6Fmedium thermal2.482
LS精密化 シェル解像度: 1.65→1.69 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.285 152 -
Rwork0.243 2485 -
obs--99.43 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.7346-0.5841-0.67351.88590.11851.8081-0.0017-0.0137-0.2375-0.1396-0.04470.2048-0.0051-0.32630.04640.04020.002-0.0040.069-0.00870.0915-19.8514.812-16.668
21.31440.652-0.59441.92290.83676.503-0.0952-0.007-0.2876-0.07890.0285-0.04060.30850.05550.06660.06190.0190.00770.0217-0.00250.0925-12.192-1.209-18.68
33.3749-1.34483.58765.30771.30595.5118-0.1229-0.33050.0013-0.01990.1833-0.041-0.1278-0.1583-0.06040.04750.05010.01560.2626-0.03280.0688-6.756.346-9.132
41.44740.99741.91271.60632.77446.75690.0250.19240.0238-0.0711-0.037-0.0017-0.0835-0.03320.01190.06250.04050.00360.0793-0.00450.0595-10.4417.283-29.3
53.6870.89351.54351.61490.00894.37290.02960.21840.24610.0098-0.04940.0654-0.253-0.16560.01970.06450.0358-0.01650.04730.00830.067-14.3214.677-23.047
611.8154-1.33627.56.38596.348613.12050.10430.22190.2503-0.2263-0.2482-0.014-0.2029-0.06460.14390.154-0.06740.02780.0842-0.01250.067-11.06321.519-10.818
73.7737-0.32294.62010.7719-1.33836.91230.30780.5835-0.0508-0.1144-0.2325-0.01750.56470.917-0.07520.19970.0858-0.03640.2033-0.02260.119313.708-0.055-7.171
83.4826-1.1397-0.18382.89591.248910.02030.0866-0.0764-0.15340.1478-0.03890.08220.8505-0.1167-0.04780.1244-0.0015-0.01890.0435-0.02570.05344.32-1.023-8.264
90.0522-0.3133-0.83312.09445.760916.0467-0.0170.00090.00740.31960.1115-0.03341.0680.4169-0.09450.24360.144-0.0160.1047-0.03640.06577.287-2.815-22.287
104.2775-0.44762.06921.52750.350413.3955-0.20080.38140.54790.0214-0.0729-0.072-0.83410.06150.27370.09710.0189-0.04520.07850.02140.11895.9911.494-14.695
111.54080.56954.44587.2611-3.050416.9708-0.40970.17140.38620.2946-0.2778-0.0289-1.15530.69270.68750.2244-0.0658-0.27560.13190.05840.443314.37412.92-7.009
124.2769-3.2392-5.01515.51084.955719.82760.01180.34120.2848-0.23840.1071-0.3188-0.79140.9187-0.11890.0574-0.1106-0.01860.43020.10530.178217.1998.867-20.589
135.043-3.17685.272119.65838.015512.7952-0.27760.4550.3917-1.0580.4079-1.0773-1.07050.9245-0.13030.1891-0.06290.03220.07310.01680.178824.2867.4682.964
144.44581.1374-1.08061.2832-1.48273.0773-0.10560.2723-0.0998-0.22560.00430.00560.34460.08340.10120.10440.0268-0.00560.0364-0.01180.066824.787-7.286-0.817
1525.40478.39518.474215.7316-4.759315.31370.03821.3384-2.8005-0.73940.2505-0.93082.04480.3682-0.28870.54970.03980.16590.1116-0.18590.484926.274-21.177-2.926
162.07393.03950.44187.74511.16922.9578-0.0403-0.3578-0.16780.0303-0.1096-0.27720.22440.29390.150.0780.0565-0.00460.16180.02480.08226.078-8.65212.572
173.3373-4.3317-2.55337.26210.07388.8959-0.0270.05320.1374-0.03340.1105-0.2414-0.0567-0.6129-0.08350.09220.08080.01080.1438-0.00070.100917.423-5.1912.504
181.73920.54153.41799.0404-0.03646.89060.3548-0.2444-0.1653-0.37770.00680.26940.8317-0.5051-0.36170.256-0.0883-0.00720.10450.02090.132215.038-17.8627.516
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A279 - 299
2X-RAY DIFFRACTION2A300 - 319
3X-RAY DIFFRACTION3A320 - 330
4X-RAY DIFFRACTION4B276 - 293
5X-RAY DIFFRACTION5B294 - 323
6X-RAY DIFFRACTION6B324 - 331
7X-RAY DIFFRACTION7C275 - 300
8X-RAY DIFFRACTION8C301 - 319
9X-RAY DIFFRACTION9C320 - 330
10X-RAY DIFFRACTION10D279 - 302
11X-RAY DIFFRACTION11D303 - 316
12X-RAY DIFFRACTION12D317 - 330
13X-RAY DIFFRACTION13E274 - 280
14X-RAY DIFFRACTION14E281 - 321
15X-RAY DIFFRACTION15E322 - 330
16X-RAY DIFFRACTION16F274 - 300
17X-RAY DIFFRACTION17F301 - 316
18X-RAY DIFFRACTION18F317 - 330

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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