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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2y20 | ||||||
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タイトル | The mechanisms of HAMP-mediated signaling in transmembrane receptors - the A291I mutant | ||||||
要素 | UNCHARACTERIZED PROTEIN | ||||||
キーワード | MEMBRANE PROTEIN / TRANSMEMBRANE SIGNALLING | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | ARCHAEOGLOBUS FULGIDUS (古細菌) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.65 Å | ||||||
データ登録者 | Zeth, K. / Ferris, H.U. / Hulko, M. / Lupas, A.N. | ||||||
引用 | ジャーナル: Structure / 年: 2011 タイトル: The Mechanisms of Hamp-Mediated Signaling in Transmembrane Receptors. 著者: Ferris, H.U. / Dunin-Horkawicz, S. / Mondejar, L.G. / Hulko, M. / Hantke, K. / Martin, J. / Schultz, J.E. / Zeth, K. / Lupas, A.N. / Coles, M. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 2y20.cif.gz | 150.3 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb2y20.ent.gz | 122.6 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 2y20.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 2y20_validation.pdf.gz | 468.2 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 2y20_full_validation.pdf.gz | 472.9 KB | 表示 | |
XML形式データ | 2y20_validation.xml.gz | 16.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 2y20_validation.cif.gz | 24.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/y2/2y20 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/y2/2y20 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCSドメイン:
NCSドメイン領域: Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: ILE / Beg label comp-ID: ILE / End auth comp-ID: VAL / End label comp-ID: VAL / Refine code: 5 / Auth seq-ID: 280 - 328 / Label seq-ID: 7 - 55
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 6463.403 Da / 分子数: 6 / 断片: HAMP DOMAIN, RESIDUES 278-331 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ARCHAEOGLOBUS FULGIDUS (古細菌) / 解説: GENOMIC DNA / プラスミド: GST-FUSION / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: O28769 #2: 化合物 | ChemComp-ZN / #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 1.68 Å3/Da / 溶媒含有率: 26.95 % / 解説: NONE |
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結晶化 | pH: 4.6 詳細: 20 MM MOPS, 100 MM NACL, 0.1 M ZN ACETATE, 12% PEG 4000, PH 4.6. |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 1 |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.65→30 Å / Num. obs: 33647 / % possible obs: 99.1 % / Observed criterion σ(I): 2.7 / 冗長度: 6.2 % / Rmerge(I) obs: 0.09 / Net I/σ(I): 22.7 |
反射 シェル | 解像度: 1.65→1.7 Å / 冗長度: 6.1 % / Rmerge(I) obs: 0.55 / Mean I/σ(I) obs: 2.7 / % possible all: 99.3 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: NONE 解像度: 1.65→29.81 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.959 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.941 / SU B: 4.865 / SU ML: 0.083 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.115 / ESU R Free: 0.116 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 27.5 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.65→29.81 Å
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拘束条件 |
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