PDB-2y1r: Structure of MecA121 & ClpC N-domain complex

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2y1r

タイトル

Structure of MecA121 & ClpC N-domain complex

要素

ADAPTER PROTEIN MECA 1
NEGATIVE REGULATOR OF GENETIC COMPETENCE CLPC/MECB

キーワード

TRANSCRIPTION / PROTEOLYSIS

機能・相同性

機能・相同性情報

negative regulation of establishment of competence for transformation / negative regulation of sporulation resulting in formation of a cellular spore / establishment of competence for transformation / sporulation resulting in formation of a cellular spore / protein-macromolecule adaptor activity / ATP hydrolysis activity / ATP binding
類似検索 - 分子機能

生物種

BACILLUS SUBTILIS (枯草菌)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 2.595 Å

データ登録者

Wang, F. / Mei, Z.Q. / Wang, J.W. / Shi, Y.G.

引用

ジャーナル: Nature / 年: 2011
タイトル: Structure and Mechanism of the Hexameric Meca-Clpc Molecular Machine.
著者: Wang, F. / Mei, Z. / Qi, Y. / Yan, C. / Hu, Q. / Wang, J. / Shi, Y.

履歴

登録	2010年12月10日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2011年3月16日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年5月8日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.3	2017年6月28日	Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_source / Item: _diffrn_source.type
改定 1.4	2023年12月20日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2y1r.cif.gz	706.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2y1r.ent.gz	587.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2y1r.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	2y1r_validation.pdf.gz	597.7 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2y1r_full_validation.pdf.gz	697.7 KB	表示
XML形式データ	2y1r_validation.xml.gz	75.1 KB	表示
CIF形式データ	2y1r_validation.cif.gz	97.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/y1/2y1r ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/y1/2y1r	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2y1qSC 3pxgC 3pxiC 3jtpS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6bti-1 7cdb-2 2fal-d 4bob-d 4c79-2 3k2p-2 3k2p-1 5ivu-1 1jfv-d 3i86-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#80 - 2006年8月 AAA+プロテアーゼ (AAA+ Proteases) 類似性 (4) #176 - 2014年8月ダイニン (Dynein) 類似性 (4) #150 - 2012年6月スライディングクランプ (Sliding Clamps) 類似性 (1)

登録構造単位

A: NEGATIVE REGULATOR OF GENETIC COMPETENCE CLPC/MECB

B: NEGATIVE REGULATOR OF GENETIC COMPETENCE CLPC/MECB

C: NEGATIVE REGULATOR OF GENETIC COMPETENCE CLPC/MECB

D: NEGATIVE REGULATOR OF GENETIC COMPETENCE CLPC/MECB

E: NEGATIVE REGULATOR OF GENETIC COMPETENCE CLPC/MECB

F: NEGATIVE REGULATOR OF GENETIC COMPETENCE CLPC/MECB

G: NEGATIVE REGULATOR OF GENETIC COMPETENCE CLPC/MECB

H: NEGATIVE REGULATOR OF GENETIC COMPETENCE CLPC/MECB

I: ADAPTER PROTEIN MECA 1

J: ADAPTER PROTEIN MECA 1

K: ADAPTER PROTEIN MECA 1

L: ADAPTER PROTEIN MECA 1

M: ADAPTER PROTEIN MECA 1

N: ADAPTER PROTEIN MECA 1

O: ADAPTER PROTEIN MECA 1

P: ADAPTER PROTEIN MECA 1

ヘテロ分子

225 kDa, 16 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: NEGATIVE REGULATOR OF GENETIC COMPETENCE CLPC/MECB

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
16.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: NEGATIVE REGULATOR OF GENETIC COMPETENCE CLPC/MECB

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
16.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

3

C: NEGATIVE REGULATOR OF GENETIC COMPETENCE CLPC/MECB

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
16.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

4

D: NEGATIVE REGULATOR OF GENETIC COMPETENCE CLPC/MECB

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
16.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

5

E: NEGATIVE REGULATOR OF GENETIC COMPETENCE CLPC/MECB

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
16.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

6

F: NEGATIVE REGULATOR OF GENETIC COMPETENCE CLPC/MECB

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
16.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

7

G: NEGATIVE REGULATOR OF GENETIC COMPETENCE CLPC/MECB

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
16.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

8

H: NEGATIVE REGULATOR OF GENETIC COMPETENCE CLPC/MECB

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
16.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

9

I: ADAPTER PROTEIN MECA 1

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
11.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

10

J: ADAPTER PROTEIN MECA 1

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
11.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

11

K: ADAPTER PROTEIN MECA 1

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
11.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

12

L: ADAPTER PROTEIN MECA 1

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
11.5 kDa, 1 ポリマー

13

M: ADAPTER PROTEIN MECA 1

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
11.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

14

N: ADAPTER PROTEIN MECA 1

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
11.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

15

O: ADAPTER PROTEIN MECA 1

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
11.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

16

P: ADAPTER PROTEIN MECA 1

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
11.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	110.020, 124.720, 149.830
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:
NCSドメイン領域:

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Selection details
1	1	1	CHAIN A AND (RESSEQ 3:142 OR RESSEQ 500:500 OR RESSEQ 600:600 )
2	1	1	CHAIN B AND (RESSEQ 4:142 OR RESSEQ 500:500 OR RESSEQ 600:600 )
3	1	1	CHAIN C AND (RESSEQ 4:142 OR RESSEQ 500:500 OR RESSEQ 600:600 )
4	1	1	CHAIN D AND (RESSEQ 3:143 OR RESSEQ 500:500 OR RESSEQ 600:600 )
5	1	1	CHAIN E AND (RESSEQ 4:142 OR RESSEQ 500:500 OR RESSEQ 600:600 )
6	1	1	CHAIN F AND (RESSEQ 3:68 OR RESSEQ 76:142 OR RESSEQ 500:500 OR RESSEQ 600:600 )
7	1	1	CHAIN G AND (RESSEQ 4:142 OR RESSEQ 500:500 OR RESSEQ 600:600 )
8	1	1	CHAIN H AND (RESSEQ 4:73 OR RESSEQ 74:142 OR RESSEQ 500:500 OR RESSEQ 600:600 )
1	1	2	CHAIN I AND (RESSEQ 125:218 )
2	1	2	CHAIN J AND (RESSEQ 124:218 )
3	1	2	CHAIN K AND (RESSEQ 126:217 )
4	1	2	CHAIN L AND (RESSEQ 126:218 )
5	1	2	CHAIN M AND (RESSEQ 126:146 OR RESSEQ 149:217 )
6	1	2	CHAIN N AND (RESSEQ 125:145 OR RESSEQ 150:217 )
7	1	2	CHAIN O AND (RESSEQ 127:147 OR RESSEQ 150:217 )
8	1	2	CHAIN P AND (RESSEQ 125:218 )

NCSアンサンブル:

ID
1
2

#1: タンパク質	NEGATIVE REGULATOR OF GENETIC COMPETENCE CLPC/MECB / CLPC 分子量: 16229.666 Da / 分子数: 8 / 断片: N-DOMAIN, RESIDUES 1-149 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) BACILLUS SUBTILIS (枯草菌) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 参照: UniProt: P37571
#2: タンパク質	ADAPTER PROTEIN MECA 1 / MECA121 分子量: 11533.901 Da / 分子数: 8 / 断片: RESIDUES 121-218 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) BACILLUS SUBTILIS (枯草菌) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 参照: UniProt: P37958
#3: 化合物	ChemComp-SRT / S,R MESO-TARTARIC ACID 分子量: 150.087 Da / 分子数: 16 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₆O₆
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 120 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.31 Å³/Da / 溶媒含有率: 46.85 % / 解説: NONE
結晶化	詳細: 20%(W/V) POLYETHYLENE GLYCOL 3350, 300MM AMMONIUM TARTRATE AND 6MM N-NONYL-BETA-D-MALTOPYRANOSIDE

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.5418
検出器	タイプ: RIGAKU HTC / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2009年7月27日 / 詳細: MIRRORS
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.59→50 Å / Num. obs: 60699 / % possible obs: 94.1 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 3.5 % / B_iso Wilson estimate: 56.4 Å² / R_merge(I) obs: 0.1 / Net I/σ(I): 9.17
反射シェル	解像度: 2.59→2.75 Å / 冗長度: 2.79 % / R_merge(I) obs: 0.57 / Mean I/σ(I) obs: 1.91 / % possible all: 79.6

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(PHENIX.REFINE)	精密化
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRIES 3JTP, 2Y1Q

3jtp

2y1q

解像度: 2.595→47.928 Å / SU ML: 0.33 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 30.8 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2582	2914	4.8 %
R_work	0.2134	-	-
obs	0.2157	60613	94.1 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 25.441 Å² / k_sol: 0.354 e/Å³

原子変位パラメータ

B_iso mean: 57.12 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-10.0285 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	1.4364 Å²	0 Å²
3-	-	-	-11.8393 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.595→47.928 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	13833	0	160	120	14113

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.051	15959
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.48	21061
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	18.212	5525
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.072	2318
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	2565

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Refine-ID	タイプ	Rms dev position (Å)
1	1	A	1085	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL
1	2	B	1085	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.062
1	3	C	1085	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.055
1	4	D	1090	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.059
1	5	E	1085	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.045
1	6	F	1039	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.063
1	7	G	1085	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.055
1	8	H	1085	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.059
2	1	I	767	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL
2	2	J	767	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.055
2	3	K	752	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.055
2	4	L	758	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.061
2	5	M	737	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.05
2	6	N	728	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.058
2	7	O	734	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.056
2	8	P	767	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.055

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.5947-2.6373	0	0	0.3291	1898	X-RAY DIFFRACTION	63
2.6373-2.6827	0	0	0.2995	2570	X-RAY DIFFRACTION	84
2.6827-2.7315	0	0	0.2839	2658	X-RAY DIFFRACTION	88
2.7315-2.784	0.3292	567	0.2898	2151	X-RAY DIFFRACTION	90
2.784-2.8409	0	0	0.2787	2770	X-RAY DIFFRACTION	91
2.8409-2.9026	0	0	0.2776	2862	X-RAY DIFFRACTION	93
2.9026-2.9701	0	0	0.2617	2853	X-RAY DIFFRACTION	94
2.9701-3.0444	0.3221	524	0.2676	2371	X-RAY DIFFRACTION	96
3.0444-3.1267	0	0	0.2601	2928	X-RAY DIFFRACTION	96
3.1267-3.2187	0	0	0.2314	2915	X-RAY DIFFRACTION	97
3.2187-3.3226	0.3104	218	0.2274	2766	X-RAY DIFFRACTION	97
3.3226-3.4413	0.2794	278	0.2293	2671	X-RAY DIFFRACTION	97
3.4413-3.579	0	0	0.2145	2943	X-RAY DIFFRACTION	96
3.579-3.7418	0	0	0.2023	2991	X-RAY DIFFRACTION	98
3.7418-3.939	0.2527	446	0.1808	2563	X-RAY DIFFRACTION	97
3.939-4.1857	0	0	0.1631	3033	X-RAY DIFFRACTION	99
4.1857-4.5087	0.1982	378	0.154	2695	X-RAY DIFFRACTION	99
4.5087-4.962	0	0	0.1533	3079	X-RAY DIFFRACTION	99
4.962-5.679	0	0	0.1883	3099	X-RAY DIFFRACTION	100
5.679-7.1511	0.2465	314	0.1955	2835	X-RAY DIFFRACTION	100
7.1511-47.9362	0.1859	189	0.1749	3048	X-RAY DIFFRACTION	98

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.4516	-0.5597	0.1586	0.6668	-0.2492	1.3412	-0.2406	-0.0503	0.1098	0.184	-0.0365	-0.1055	-0.1403	-0.0035	0.1178	0.09	0.0114	-0.0287	0.0728	-0.0181	0.0653	-27.7279	9.2212	33.9541
2	0.395	-0.0368	-0.2334	0.2279	-0.259	1.2124	-0.1691	-0.0433	-0.218	-0.0243	-0.1195	-0.0987	0.1691	0.3079	0.0723	0.0217	-0.037	0.0447	0.1235	-0.0097	0.1173	-27.1724	-13.4354	2.1408
3	0.6787	-0.312	-0.0995	0.3761	-0.1881	0.7413	-0.1436	0.1158	-0.1233	0.119	0.0564	0.1322	0.0144	-0.4525	0.0494	0.0893	-0.0601	0.1167	0.2066	-0.1139	0.2933	-58.2476	-18.3091	9.0971
4	1.4192	-0.0407	0.1817	0.3708	0.1116	0.5137	-0.4093	-0.4542	-0.1927	-0.1983	0.089	0.1858	0.015	-0.3885	0.0927	0.0124	0.1277	-0.179	0.1817	-0.0999	0.0213	-57.2699	16.5114	24.4915
5	0.8466	-0.0722	-0.2895	0.1071	0.0884	0.4995	-0.1509	-0.1931	-0.3029	-0.0274	-0.1424	0.0807	0.0539	-0.0673	0.1852	0.184	0.0928	0.113	0.2317	-0.055	0.2655	-3.4907	-8.3179	34.3203
6	0.4317	-0.288	-0.5869	1.3718	0.6037	1.0934	-0.2216	0.191	0.1352	0.0906	0.0088	0.5657	0.1154	-0.3827	0.151	0.095	-0.0374	-0.0149	0.3667	0.0007	0.2536	-3.9982	14.5117	3.0399
7	1.4456	-0.3991	-0.0352	0.6083	-0.119	0.1029	-0.2132	0.3217	0.0618	-0.0651	0.1343	-0.0824	-0.0394	0.0297	0.0534	0.1032	-0.0077	-0.0567	0.1508	0.0386	0.1589	26.867	18.1091	8.8907
8	1.1003	-0.301	-0.1893	0.3337	0.1486	0.713	-0.3876	-0.4356	-0.1704	0.1279	0.1029	0.1192	0.2545	0.3581	0.1696	0.1303	0.0956	0.149	0.2025	0.0952	0.339	25.8908	-16.7719	24.6376
9	1.0844	0.3488	0.0179	0.4467	-0.0672	0.0391	-0.0133	-0.5345	0.1779	0.1668	-0.0997	-0.0076	0.1013	-0.1183	0.0578	0.2349	0.0234	0.0504	0.2231	0.0541	0.0557	-43.7808	-6.3946	44.4221
10	0.1614	-0.2695	-0.0294	1.146	0.4955	1.2038	0.1428	0.0231	0.0629	-0.0615	-0.2434	-0.0252	-0.2249	-0.4586	0.0635	0.1937	0.0062	-0.025	0.1485	0.015	0.06	-41.0136	2.9775	-9.8271
11	0.4453	0.3576	-0.2727	0.3313	-0.175	0.7879	-0.082	-0.088	-0.3552	0.0937	-0.1	-0.2288	0.4702	-0.1366	0.278	0.3239	-0.0397	0.1294	0.0819	0.0692	0.2269	-43.9304	-27.3225	27.373
12	1.4912	-0.5087	0.3452	0.1719	-0.0731	1.0682	0.0526	0.0422	0.5796	-0.1044	-0.0656	-0.186	-0.4624	-0.1948	0.0385	0.3045	0.0345	-0.0338	0.0006	0.0806	0.0596	-40.9198	23.9802	7.3526
13	0.8632	0.1	-0.2594	0.3261	0.12	0.46	0.1136	-0.4684	-0.0969	0.1657	-0.0183	-0.1291	-0.2711	0.7495	-0.1048	0.3021	0.0444	-0.0025	0.4052	-0.0222	0.129	13.4132	6.824	44.4861
14	0.537	0.0952	0.0794	0.3934	0.0912	0.0157	-0.0091	0.5317	0.0219	-0.1188	0.0707	0.1285	-0.0868	0.1845	-0.0369	0.1948	-0.0814	-0.0049	0.28	-0.1245	0.0614	9.3412	-2.8524	-9.4871
15	0.6499	-0.0186	-0.451	0.0992	0.2567	0.9229	0.181	-0.286	0.2498	0.2809	-0.1531	0.1655	-0.2024	0.0135	-0.0264	0.3983	0.0385	-0.0172	0.124	-0.0838	0.1651	13.1807	27.3141	27.4239
16	1.564	-0.0554	-0.3652	-0.025	0.0366	0.5215	-0.083	-0.2124	-0.8978	0.0519	-0.1596	0.2341	0.1177	0.2582	0.1577	0.2051	0.0362	0.1451	-0.2402	-0.3122	0.4774	9.1618	-23.9481	7.7566

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	CHAIN A
2	X-RAY DIFFRACTION	2	CHAIN B
3	X-RAY DIFFRACTION	3	CHAIN C
4	X-RAY DIFFRACTION	4	CHAIN D
5	X-RAY DIFFRACTION	5	CHAIN E
6	X-RAY DIFFRACTION	6	CHAIN F
7	X-RAY DIFFRACTION	7	CHAIN G
8	X-RAY DIFFRACTION	8	CHAIN H
9	X-RAY DIFFRACTION	9	CHAIN I
10	X-RAY DIFFRACTION	10	CHAIN J
11	X-RAY DIFFRACTION	11	CHAIN K
12	X-RAY DIFFRACTION	12	CHAIN L
13	X-RAY DIFFRACTION	13	CHAIN M
14	X-RAY DIFFRACTION	14	CHAIN N
15	X-RAY DIFFRACTION	15	CHAIN O
16	X-RAY DIFFRACTION	16	CHAIN P

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)